multexon-4.xml

来自「General Hidden Markov Model Library 一个通用」· XML 代码 · 共 993 行 · 第 1/2 页

<?xml version="1.0" ?>
<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns" xmlns:gd="gdnamespace" xmlns:hmm="http://www.ghmm.org/xml/" >
  <key for="node" gd:type="HigherDiscreteProbDist" id="emissions"/>
  <hmm:class hmm:high="10" hmm:low="0">
    <map>
      <symbol code="0">N</symbol>
      <symbol code="1">T+</symbol>
      <symbol code="2">P+</symbol>
      <symbol code="3">A+</symbol>
      <symbol code="4">&lt;+</symbol>
      <symbol code="5">&gt;+</symbol>
      <symbol code="6">L+</symbol>
      <symbol code="7">R+</symbol>
      <symbol code="8">S+</symbol>
      <symbol code="9">E+</symbol>
      <symbol code="10">I+</symbol>
    </map>
  </hmm:class>
  <hmm:alphabet hmm:high="4" hmm:low="0" hmm:type="discrete">
    <map>
      <symbol code="0">A</symbol>
      <symbol code="1">C</symbol>
      <symbol code="2">G</symbol>
      <symbol code="3">T</symbol>
      <symbol code="4">N</symbol>
    </map>
  </hmm:alphabet>
  <graph>
    <node id="1">
      <data key="label">Intergenic</data>
      <data key="class">0</data>
      <data key="initial">1.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="50.0" y="450.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="2">
      <data key="label">A+</data>
      <data key="class">4</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="300.0" y="50.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.765600519734, 0.234399480266, 0.0, 0.0, 0.0</data>
    </node>
    <node id="3">
      <data key="label">G+</data>
      <data key="class">4</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="300.0" y="100.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0</data>
    </node>
    <node id="4">
      <data key="label">T+</data>
      <data key="class">4</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="300.0" y="150.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="5">
      <data key="label">T</data>
      <data key="class">5</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="300.0" y="750.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0</data>
    </node>
    <node id="6">
      <data key="label">A</data>
      <data key="class">5</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="250.0" y="800.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0</data>
    </node>
    <node id="7">
      <data key="label">G</data>
      <data key="class">5</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="250.0" y="850.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0</data>
    </node>
    <node id="8">
      <data key="label">G</data>
      <data key="class">5</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="300.0" y="800.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0</data>
    </node>
    <node id="9">
      <data key="label">A</data>
      <data key="class">5</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="300.0" y="850.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0</data>
    </node>
    <node id="10">
      <data key="label">Promoter+</data>
      <data key="class">0</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="50.0" y="50.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="11">
      <data key="label">5'UTR</data>
      <data key="class">0</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="150.0" y="50.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="12">
      <data key="label">PolyA+</data>
      <data key="class">3</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="50.0" y="900.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="13">
      <data key="label">3'UTR+</data>
      <data key="class">1</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="150.0" y="900.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="14">
      <data key="label">Esngl+s0</data>
      <data key="class">8</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="400.0" y="300.0"/>
      </data>
      <data key="order">1</data>
      <data key="tiedto">15</data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="15">
      <data key="label">Esngl+s1</data>
      <data key="class">8</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="400.0" y="350.0"/>
      </data>
      <data key="order">1</data>
      <data key="tiedto">22</data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="16">
      <data key="label">Esngl+s2</data>
      <data key="class">8</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="400.0" y="400.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="17">
      <data key="label">Esngl+0</data>
      <data key="class">8</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="400.0" y="450.0"/>
      </data>
      <data key="order">2</data>
      <data key="tiedto">22</data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2,
0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="18">
      <data key="label">Esngl+1</data>
      <data key="class">8</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="350.0" y="500.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="19">
      <data key="label">Esngl+2</data>
      <data key="class">8</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="400.0" y="550.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="20">
      <data key="label">Einit+s0</data>
      <data key="class">6</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="500.0" y="250.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="21">
      <data key="label">Einit+s1</data>
      <data key="class">6</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="500.0" y="200.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="22">
      <data key="label">EInit+s2</data>
      <data key="class">6</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="500.0" y="150.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="23">
      <data key="label">Einit+0</data>
      <data key="class">6</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="500.0" y="50.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="24">
      <data key="label">Einit+1</data>
      <data key="class">6</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="550.0" y="100.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="25">
      <data key="label">Einit+2</data>
      <data key="class">6</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="600.0" y="50.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="26">
      <data key="label">Eterm+s0</data>
      <data key="class">8</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="500.0" y="600.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="27">
      <data key="label">Eterm+s1</data>
      <data key="class">0</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="500.0" y="650.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="28">
      <data key="label">Eterm+s2</data>
      <data key="class">7</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="500.0" y="700.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="29">
      <data key="label">Eterm+0</data>
      <data key="class">7</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="500.0" y="750.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="30">
      <data key="label">Eterm+1</data>
      <data key="class">7</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="450.0" y="800.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="31">
      <data key="label">Eterm+2</data>
      <data key="class">7</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="400.0" y="750.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="32">
      <data key="label">I0+don1</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="50.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="33">
      <data key="label">I0+don2</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="100.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="34">
      <data key="label">I0+</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="150.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="35">
      <data key="label">I0+acc1</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="200.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="36">
      <data key="label">I0+acc2</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="250.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="37">
      <data key="label">I1+don1</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="350.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="38">
      <data key="label">I1+don2</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="400.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="39">
      <data key="label">I1+</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="450.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="40">
      <data key="label">I1+acc1</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="500.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="41">
      <data key="label">I1+acc2</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="550.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="42">
      <data key="label">I2+don1</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="650.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="43">
      <data key="label">I2+don2</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="700.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="44">
      <data key="label">I2+</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="750.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="45">
      <data key="label">I2+acc1</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="800.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="46">
      <data key="label">I2+acc2</data>
      <data key="class">10</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="900.0" y="850.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="47">
      <data key="label">E0+s0</data>
      <data key="class">9</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="1350.0" y="250.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>
    </node>
    <node id="48">
      <data key="label">E0+s1</data>
      <data key="class">9</data>
      <data key="initial">0.0</data>
      <data key="ngeom">
        <pos x="1350.0" y="150.0"/>
      </data>
      <data key="emissions">0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2</data>