rrm.hmm

hmmer源程序

HMMER2.0
NAME  rrm
DESC  
LENG  72
ALPH  Amino
RF    no
CS    no
MAP   yes
COM   ../src/hmmbuild -F rrm.hmm rrm.slx
COM   ../src/hmmcalibrate rrm.hmm
NSEQ  70
DATE  Wed Jul  8 08:13:25 1998
CKSUM 2768
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EVD   -53.840649   0.214434
HMM        A      C      D      E      F      G      H      I      K      L      M      N      P      Q      R      S      T      V      W      Y    
         m->m   m->i   m->d   i->m   i->i   d->m   d->d   b->m   m->e
          -21      *  -6129
     1  -1234   -371  -8214  -7849  -5304  -8003  -7706   2384  -7769   2261   -681  -7660  -7694  -7521  -7816  -7346  -5543   1527  -6974  -6639     1
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     -    -11 -11284 -12326   -894  -1115   -701  -1378    -21      * 
     2  -3634  -3460  -5973  -5340   3521  -2129  -4036   -831  -2054  -1257  -2663  -4822  -5229  -4557  -4735  -1979  -1569  -1476  -3893   3439     2
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -11 -11284 -12326   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     3  -5570    838  -8268  -7958  -5637  -8152  -8243   2427  -7947   -461   -539  -7805  -7843  -7878  -8124  -7550  -5559   3130  -7481  -7000     3
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     4  -1146  -4797  -1564  -2630  -1480   2769  -2963  -1850    992  -4812  -3887    737  -4397   -120    793   -205  -1019  -4418  -4981  -1059     4
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     6  -6898  -6238  -9292  -8703   -410  -9176  -7772    820  -8535   3071   -753  -8917  -8033  -7171  -7955  -8614  -6722      5  -6136  -6414     6
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     8  -3329  -4799   -805    543    789  -4303    572  -4868    140  -1087  -3888   -603   1691    530    183   -162    293  -2124   2317   2037     9
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     9   -373  -4801   2182   1353  -1426     44   -407  -1928   -366  -4817  -3891   1263  -4395  -1080   -666    295     50  -1947  -4985    397    10
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    10    450   1883  -5953  -5317  -1256  -1301  -4027   1322  -1847   -283   1542  -4802  -5206  -1502  -4713  -4241   2143   1615  -3893  -3551    11
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    11  -1786  -4835   1027   -807  -5155  -1278  -2989  -4907   -410  -4850  -3924    957  -4421   -943   -250    670   3048  -4456  -5017  -4333    12
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    12  -3329  -4802   1324   2670  -5123  -4302  -2961  -4874    732  -2424  -3891   -457   -262    553    250   -694   -989  -4424   1772  -1014    13
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
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    13   -325  -4802   1515   2286  -5123  -2017    868  -4874    260  -2865  -1087  -2938  -4395   2006   -810    492  -1754  -4424  -4985  -4302    14
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    14   -337  -4801   2075   1854  -5121   -723   -567  -1924     73   -634   -194  -1227  -4396   1588  -3049   -212   -414  -4422     -5  -4302    15
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    15  -6843  -6192  -9252  -8675   -481  -9132  -7773   1557  -8511   2856    467  -8869  -8024  -7180  -7953  -8566  -6676    459  -6154  -6421    16
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    16      5  -4654  -1525    936    444  -4347  -3013  -1809   2193   -441  -3760   -441  -4438  -2577   1775    -91  -3285  -1104    180   -259    17
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
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    17    -97  -4802   2341   1548  -5123  -2042  -2961  -4874   -347  -2479   -194     -5   -726   1566    807  -1858     42  -4424  -4985  -4302    18
     -   -146   -501    232     42   -381    398    105   -627    210   -463   -721    275    393     44     95    361    116   -370   -295   -242 
     -    -45  -5457 -12327  -1928   -440   -701  -1378      *      * 
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12 -11285 -12327   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    19  -2191    733  -7910  -7364   4360  -7323  -5649  -1557  -7016   -750   -407  -6877  -7039  -6263  -6681  -6482  -5572  -4211  -4950  -1019    24
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12 -11285 -12328   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -13 -11286 -12328   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    21  -1216  -4802   -289   1083  -1452   -655   -584  -4874   1345  -4818  -3891    964   1488   2130  -3049   -310    107  -2012  -4985  -1334    26
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
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    22    -45   1344  -1667   -843   2933  -2146    400    582  -4479  -1948  -2709   -506  -5117   -436  -1764  -4119  -3523    -96    215   2616    27
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     -    -13 -11286 -12328   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    23   -556  -4294  -4426  -1796   -273   3377  -4149  -4100  -4273  -2279  -3695   -562    298  -4067  -4575  -1940  -3954  -3921  -4866    -77    28
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
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    24   -376  -4801   -143   1004  -1426    805    279  -1771    821  -1486  -3890   -527   2002    126     45   -287  -1679   -617  -4985  -4302    29
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     -    -13 -11286 -12328   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    25  -3608   -178  -1585  -1970    660  -5154  -4024   2773   -894   -985   -386  -4796  -1707  -4528  -4707   -609  -1823   2145  -3893  -1100    30
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -13 -11286 -12328   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    26   -673   -173  -3429   1042  -4598  -2161  -3110    535   1570      9    283   -508  -4517   -255    382  -1924    313   1407  -4706  -4127    31
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -13 -11286 -12328   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -13 -11286 -12329   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    30  -1277  -3441  -5893  -1776  -1155  -5147   -513   1829  -1993   1189   1888  -1484   -703  -4503  -1652  -1974  -3546   2209  -3898  -3554    35
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -14 -11287 -12329   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    31  -1299    746  -5893  -1992  -1190  -5147   -524   1691    424    -60   2330  -4774    111  -4503   -132    248  -1571   1419  -3898    -19    36
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -14 -11287 -12329   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    32  -3370  -4477  -3387     50   -560  -1979   -449    -51   1375   -681    233   1068    701  -1040   1343  -1845    543   -480    -10   1246    37
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -   -240 -11287  -2797   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    33  -3122  -4595   3395   -593  -4916  -1399    589  -1433    360  -4611   -290    780  -1313     35  -1369  -1782  -3061  -1712  -4778  -4095    38
     -   -151   -504    236     42   -380    396    122   -618    211   -468   -714    274    392     45     98    355    123   -373   -299   -248 
     -   -841  -2976  -1709  -1966   -426  -3668   -118      *      *