fn3.hmm

这是一个基于HMM 模型的生物多序列比对算法的linux实现版本。hmmer

     -  -2828   -458  -2930   -849  -1169  -4461    -67      *      * 
    26  -1035   -178    227  -2617  -4671   2074    534  -1574  -1120   -142   -607    230   1117    -92     -7    -60  -1463   -921    262   -829    34
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     -     -1 -11120 -12162   -894  -1115   -167  -3197      *      * 
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11883 -12925   -894  -1115   -135  -3482      *      * 
    28    586  -5425    -81    -53  -5742   2298  -3595   -991  -1451  -2142  -1249   -623  -2318  -1468     -5   1095   -941   -277  -5610  -1606    36
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
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    31   -980   -681   1466     40   -545  -5057  -3737   -672   -560    -87  -1269   -558  -5145    282    -90    219   2049    -46   -417  -1694    39
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     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
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     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
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    36   -740   -868    121   1136  -1117  -4863    456   -330    599  -1234  -4412  -3505  -4956   1505    886    120   1536  -1114  -5511   -101    44
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
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     -   -149   -489    232     45   -381    398    105   -627    210   -467   -711    277    393     48     95    359    117   -370   -295   -250 
     -  -1797  -3160   -736   -733  -1328    -10  -7215      *      * 
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -   -116 -11889  -3697   -894  -1115   -146  -3378      *      * 
    42  -3855  -5327   1599     16  -1927   1687  -1100  -5398  -1840  -1553  -4416   2295  -4922   -736    263     13   -364   -765  -5511  -1538    52
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -   -155 -11948  -3299   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    45  -2194  -5287   1087   1415  -5608    870   -907  -2395    349   -427  -4376   -492    291   1176   -317    355    -70  -2410    771  -4787    55
     -   -148   -444    225     63   -389    400    108   -622    197   -475   -727    259    408     43    103    350    102   -361   -222   -237 
     -  -1290   -759 -12836  -1725   -520  -1218   -811      *      * 
    46   -157    337    519    798  -1912  -1225    -68   -653    114   -297   -291  -1697    725   -732  -1940   -255     36    -19   3575  -4817    66
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
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     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
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    48  -1345  -5433  -1224   1817  -5754  -2557   2299  -2518  -1322  -5449  -1196    460   -410    547    474    477    796    -85   1521   -203    68
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    49   -735   -922   -865     99   1424  -1378   -968    800    125    368   -298  -1091  -5130   1044    487  -1699   -652    820  -5380    495    69
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    50  -2548  -5416    476   -926   -786  -4939   -202    333   -743  -1027    220   1772   -491    302    391    547   1705   -327  -5604  -4926    70
     -   -146   -501    231     42   -382    399    104   -628    211   -467   -722    274    394     47     94    361    116   -362   -296   -251 
     -    -54  -4771 -12990  -1430   -669   -701  -1378      *      * 
    51   -125  -4491   -206   -447  -1977  -1822  -4130   1477  -2342    582  -1108   -162  -2226  -3990   -445  -1290    -16   2224  -4885  -4452    74
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    52   -392   -879   1247   -518  -1099   -606   -233  -5499      1  -2146  -4519  -1046   2266  -3134   -723   1223    288    -67  -5614  -4932    75
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    53    110  -5432   -786    -62  -5753   1386  -3592  -2570    485  -1099  -4521   1153   1199  -1503   1373    399  -3899  -2642   1101  -1717    76
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    54   -933  -5432    792   -584  -5753   -910   1029  -2570  -3173  -5448  -4522   1505    989    185   -764   1043   1675    261  -5616  -1615    77
     -   -149   -502    231     43   -383    404    104   -628    208   -461   -722    276    392     47     94    357    121   -371   -296   -251 
     -    -62  -4587 -12990  -1650   -554   -701  -1378      *      * 
    55    528  -5430  -2070   1507  -5750  -4935    -27  -1606    194   -768  -4520  -3570   -147   1018   -439    182   1977   -290  -5614  -4932    82
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -   -531 -11948  -1701   -894  -1115   -701  -1378      *      *