fn3.hmm

这是一个基于HMM 模型的生物多序列比对算法的linux实现版本。hmmer

HMMER2.0  [2.1.4]
NAME  fn3
LENG  84
ALPH  Amino
RF    no
CS    no
MAP   yes
COM   ../binaries/hmmbuild -F fn3.hmm fn3.seed
NSEQ  109
DATE  Sat Apr 29 15:36:08 2000
CKSUM 9857
XT      -8455     -4  -1000  -1000  -8455     -4  -8455     -4 
NULT      -4  -8455
NULE     595  -1558     85    338   -294    453  -1158    197    249    902  -1085   -142    -21   -313     45    531    201    384  -1998   -644 
HMM        A      C      D      E      F      G      H      I      K      L      M      N      P      Q      R      S      T      V      W      Y    
         m->m   m->i   m->d   i->m   i->i   d->m   d->d   b->m   m->e
          -13      *  -6769
     1  -1712  -4227  -5498   -865  -4208  -2901  -1274   -566  -2467    395  -3420  -4836   3619  -1858  -4835  -1203  -1345   -131  -4660  -1520     1
     -   -150   -501    232     46   -382    399    104   -628    211   -461   -722    274    395     44     95    358    118   -368   -296   -251 
     -   -142  -3413 -12964    -19  -6286   -701  -1378    -13      * 
     2   -626  -5402   1665   -881  -5720    541  -3570  -5469  -3152   -906  -4492   -539   1858  -1555  -2021   1928   -595  -1313  -5587  -1487     3
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11922 -12964   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     3   1982  -5408  -2052    103  -5729  -1682  -3568  -5480    246  -3106  -4497  -1099   2207    785   -341    -15   -969   -591  -5592  -1728     4
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11922 -12964   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     4  -1926  -4681  -2749  -6730  -4830  -6496  -5599   -144  -6364  -1674  -3977  -6224   3833  -6035  -1363  -5637  -2263   1172  -5463  -5108     5
     -   -148   -501    232     42   -382    397    104   -620    209   -460   -713    274    394     44     98    358    116   -371   -296   -251 
     -   -124  -3599 -12990    -21  -6130   -701  -1378      *      * 
     5  -1312   -699  -1390    365   -156    656   -278  -5500    196  -1273  -1315  -1810   -383   1165   1059    988   1349  -1727   -330  -1786     7
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -14 -11948  -6745   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     6   -952  -5420   1492   -589  -2060    995   -241   -588  -1239  -1246  -4509   2702   -765    546    117  -1666  -1058  -5042  -5603  -1781     8
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11935 -12977   -894  -1115   -373  -2136      *      * 
     7  -1910  -4186  -1403   -683    554  -5930  -4807    398  -5685   2189    658  -5576    664  -5305  -5486  -5017  -4309   1814  -4661  -4323     9
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -22 -11948  -6043   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     8  -1843   -858  -1320   -329  -1890  -1639   2015  -1004    837  -3190  -4500   -528  -5007   1351   1283    933   1453    118  -5594  -4912    10
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11926 -12968   -894  -1115   -288  -2468      *      * 
     9   1390    190  -6595  -5959   1799   -625  -4670    917  -2544    -64   -175  -5444  -2246   -521  -2424  -1906  -2445   2071   -270  -4193    11
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    10  -1212   -976   -129    110  -5720  -2845   -164    383    351   -777    230  -1215  -2266   -366    198   1223   1864    -91   -385  -1640    12
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    11    357  -5433   1583   1276   -488    484  -1040  -5505  -1949  -5449  -4522   1509    419   -407   -723    -10   -541   -211  -5616  -1543    13
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -54 -11948  -4764   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    12   -185   -872  -1228   -815  -5284  -4981  -3657   1656  -1247     39   -279     70   -732    313    214   -878    364   1866  -5347  -4747    14
     -   -147   -503    232     43   -379    402    103   -625    210   -467   -723    275    395     42     93    360    117   -369   -297   -247 
     -   -243  -2693 -12936   -347  -2227   -156  -3286      *      * 
    13  -1722  -5433   -171   -632  -5754    984  -3592  -5504  -1911  -2306  -1336   1274  -5027    757     52   1088   2327  -5055   -461   -684    17
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    14    545  -5433    984    806  -5754   -286   -134  -5505  -1324  -3076  -4522   -291   1593  -1508  -1328   1511    638  -1810    257  -1616    18
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -13 -11948  -6839   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    15  -3956  -5429   1465  -1445  -5750   -533   -126  -5501  -1258  -5445  -4519   1773  -5022  -3128    -91   1187   2378  -1884  -5613    197    19
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11935 -12978   -894  -1115   -384  -2097      *      * 
    16   -620  -5433  -1185     95  -2048   -386  -1155  -5505   -255  -5449  -4522    345  -5027   -387   -680   2481   1173  -1235   -453    371    20
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    17    545  -4080  -6600  -5964    979  -2741  -1162   1755  -5559   1775   1268  -5448  -5852  -5182  -5359  -4887  -2301   1502  -4538  -1461    21
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    18   -945   -842  -1435   -275  -1139  -2672    314   -366   -905    -66   -427   -211  -2235    675    461    548   1698   1036   -558   -670    22
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    19  -1902   -670  -6964  -6348    188  -2623  -5112   1707  -5963   1935   -237  -5851  -6235  -5596  -5776  -5302  -2390   2324  -4960  -4615    23
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    20   -657  -5433  -2278     72  -5754  -1781   1065  -5505   -429  -1282   -368    683  -5027    935    654   2126   1335  -5055   -468  -4933    24
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    21  -8231  -7330  -9169  -9336     78  -9016  -5428  -2450  -8949  -2065  -5190  -7783  -2409  -7649  -8320  -8300  -8080  -6572   6181  -3498    25
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    22  -1358  -5432    305    919  -2019  -2615   -276  -1003    511   -826  -1303     41  -2076   1069    -82   1302   1506  -1283  -5615  -1694    26
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    23   1017  -5398  -3827   -347  -5703   -777    618   -939     30  -1608  -4491  -1916   2739   -944    109   -308   -293   -499    474  -1759    27
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -     -1 -11948 -12990   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    24      7  -5362  -1347  -1387  -5651  -1257  -3617  -2388   -460   -727  -1300  -1005   3338  -1501  -3712    558  -1388   -154  -5565  -4903    28
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -   -649 -11948  -1466   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    25   -313  -4824    738    903    489  -1961   -319  -1743    600   -730  -3913   -512   1182  -1049    456     69   1061  -1200  -5008  -1017    29
     -   -149   -513    256     52   -380    388    111   -628    204   -474   -734    271    397     57     90    357    118   -370   -308   -236