rrm.hmm

这是一个基于HMM 模型的生物多序列比对算法的linux实现版本。hmmer

    36   -910  -2356   1159   1228   1231  -1845   -535  -2402   1262  -2363  -1453   1307  -1959    -86   -651   -790   -852  -1969  -2539   1518    54
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     .     -8  -8039  -9081   -894  -1115  -4804    -53      *      * 
    37  -1099  -2524   -937    888  -2834  -2064   2027  -2568   1720   -117  -1620   1180  -2160   -267   -765   -986   1530  -2141  -2708  -2044    55
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     .     -6  -8399  -9441   -894  -1115  -4767    -54      *      * 
    38    235  -2729    703    788  -3049    223   -886  -2800   -475  -2746  -1822   -850   1424   1228   -985    385   1396  -2351  -2915  -2230    56
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     .     -5  -8686  -9729   -894  -1115  -1069   -935      *      * 
    39   -700  -4332   -848   -249  -4652  -1581  -2493  -1503   1869  -4348    556  -2470   1337    695   1753    213    248  -1559  -4516   -771    57
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E    -35 -10758  -5421   -894  -1115  -1195   -828      *      * 
    40    261  -4711   -766   1352   -381   -593  -2877   -409    129   -553  -3801   1185   -530   1096   -444   -107   -230    125  -4896  -1159    58
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11181 -12223   -894  -1115  -2259   -338      *      * 
    41  -3332  -4804   -266  -1352  -1285   -573   1070  -1856     94  -1034  -3893    693  -1621  -1012   -796    -42   3040  -4426  -4988  -4305    59
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11278 -12320   -894  -1115  -2412   -300      *      * 
    42   -700  -4863    333   -363  -5184   2525   -526  -1783   1384  -1745  -1075    844  -4458  -1045   -288  -1109  -1656  -4485  -5047  -1079    60
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11341 -12383   -894  -1115  -1798   -489      *      * 
    43  -1172  -4941  -1557   -978   -603  -1467    369  -5013   1954  -1803    139    307    133    945   2036    160   -396  -2174  -5125  -1379    61
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11425 -12467   -894  -1115  -2153   -367      *      * 
    44   -766    548  -4072  -3514    -30  -1388    708  -1753   -535   -693   -216   1222   1100  -3294   -286   2283    209  -3672  -4562  -4089    62
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     S     -1 -11466 -12509   -894  -1115   -924  -1080      *      * 
    45  -2030  -5056   -425  -2898   -209  -2289   -317  -5120   2371  -1002     10    254   -677   -468   2287   -733   -566  -1327  -5243  -1405    63
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11559 -12601   -894  -1115   -133  -3508      *      * 
    46  -3709   -478  -1486  -3139  -1677   3251   -865  -2175   -901  -2798  -4003    413    402  -1330     -1  -3653  -3648  -2158  -5137  -4528    64
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    47  -3901    493  -2084  -1422   3079  -5305    100   -845   -824  -1161     47  -1681  -5367     76  -1853   -895   -625    157   -197   2653    65
     -   -147   -500    232     45   -381    398    111   -627    210   -467   -721    275    393     45     98    359    117   -367   -295   -250 
     C    -18  -6390 -12684  -2198   -355   -701  -1378      *      * 
    48   2530   2195  -7363  -7063  -5396   2351  -5852   -623  -6670  -2653  -4603  -5982  -6144  -6243  -6417  -2409  -2154   -359  -5898  -5593    71
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    49  -2230  -3786  -6302  -5666   4039  -5506  -4377   -645  -2108  -1078  -2988  -5151  -5556  -4884  -1886  -2366  -1143   -672  -4243   1796    72
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    50  -1604    877  -8576  -8264  -6059  -8440  -8511   1855  -8244   -398   -860  -8092  -8163  -8212  -8428  -7826  -5871   3314  -7851  -7323    73
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    51   -579  -5144    386   2160  -5465  -4645   -873  -1018    675  -3028  -4233    266  -4738    601    424    -82   1330   -935  -5327  -1448    74
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    52  -7789   -427  -8717  -8877   4014  -8544  -4968  -5804  -8476  -2590    903  -7303  -8291  -7255  -7885  -7792  -7647  -1406  -4199   2905    75
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    53    294  -5144   1172   1874   -905  -1521    942  -1481    949  -2782  -4233   -271   -458   -130   -424   -618    572   -932  -5327  -4644    76
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    54  -3672  -5145   1936     61  -5467  -4646   -792  -5217    217  -5161  -4234   1953  -4739    -97    -14   1514   1249  -2329  -5329  -1477    77
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    55  -1001  -5136  -1209   1440  -1655  -2269   1514   -739   1051   -828     10  -1549   1185    501   -508    130  -1281    403  -5321     14    78
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    56   -141  -5143   1634   2313  -5463  -1920   -847  -1167  -1176  -2873  -1144   -776   -609  -1383   1036    197  -1750   -566   -388  -1420    79
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    57    397   -642   2370    782  -1819     93   -852  -2167  -2927  -2706  -1040   -291  -2126    423  -3428   1295   -683  -1543  -5268   -636    80
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    58   3056  -3783  -6299  -5663   -617  -5503  -4375  -1074  -5258  -1171   1496  -5148  -5553  -1855  -2149   -500   -304     33  -4241  -1297    81
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    59    209   -573   1016   1604  -5465  -1966   -792   -304   1162  -1412  -4233    571  -1837   1303   -111  -2225    743  -2280  -5327  -4644    82
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    60    994  -5141    565    -83  -1740  -4646    693  -2288   2342  -1443  -1038    178  -4739   -566    596    -97  -1094  -1488  -5325   -377    83
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    61   3262   2020  -6694  -6082   -687  -5927  -4850   -126  -5698  -2502   -659  -5582  -5963  -5332  -5512  -1610  -4263   -114  -4698  -4352    84
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    62  -1537  -3785  -6300  -5664   -786  -5505  -4376   2171    652   1595    833  -5150  -5555   -869  -1636  -2574  -3898   1605  -4242  -1298    85
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    63     57  -5144   1387   1323  -5465  -2264  -3303   -780    812  -1898  -4233    131  -4738   1747   1061    108  -1766   -907  -5327   -793    86
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H   -310 -11642  -2372   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    64   1233    705    139   1044  -1390   -413   -504  -4926    814  -1849   -873    617  -4450    473   -254    605    234  -2178    137  -4356    87
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11332 -12374   -894  -1115   -123  -3612      *      * 
    65   -375    873  -6218  -1441    516  -5480  -4348  -3270   -294   2247   2716  -5104  -5531   -342  -2306  -4562  -1171   -333  -4233    564    88
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11626 -12668   -894  -1115   -382  -2105      *      * 
    66  -2168  -5145   1778  -1715  -5466  -1556   1110  -5217   -347  -5161  -4234   3166   -102   1100   -928   -613  -1766  -4767  -5328   -411    89
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    67  -1458  -5144  -1823    270   -984   2973    159  -5216    311  -5160  -4233    841  -4738  -1432   -954   -817   -981  -4766  -5328   -609    90
     -   -148   -501    232     42   -379    397    104   -627    216   -467   -722    274    395     48     95    358    116   -365   -296   -251 
     H   -157  -3284 -12684    -21  -6140   -701  -1378      *      * 
    68   -674  -5080  -1101   -628    453  -1645   1133    200   1615  -1341    445  -3310  -4756    953   1117    -19    662  -1560  -5281    955    92
     -   -149   -500    232     43   -381    398    105   -627    210   -466   -721    275    396     45     95    359    120   -366   -295   -250 
     H    -20  -6226 -12684  -1519   -619   -701  -1378      *      * 
    69  -3696   -785    -17   1147    150  -1499  -3377    543   1044   -698    461   -736   -351    445   -584   -975    753     89    793    475    96
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    70  -3956  -3787  -1147  -2465   2321  -2554  -4371   1615  -2185   1495   -817  -5139  -2093  -4870  -2110  -2380  -1415   1282  -4244    800    97
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    71  -1015   -904    926    188   -880   1152   -650  -5215    677   -786    923   1723   -676    247    421  -1028  -1335  -4766  -5327    275    98
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    72  -2168  -5150    604  -1054  -5471   2761   -702  -5222   -918  -2141  -4239   1981  -4742   -142  -1740    262  -2027  -4772  -5333  -4650    99
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    73  -1412    853  -3523  -1169   -883  -4647   1925  -5199   1786  -1944   -937    588  -4740    633   2507   -312   -306  -4755  -5321   -528   100
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    74   -301   -498  -1749   1022   -866  -4653  -3313  -1356   1140  -1447  -4209    233   1336   -200    701  -1399   1158    451  -5307   -378   101
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     T     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    75  -1685    926  -1227  -5667  -1443  -2425  -4376   2317  -5261   1910    668  -5151  -2133  -1673  -5061  -2536  -2110   1189     -5  -3899   102
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    76  -2255  -5128   -302    363   -784  -2353   1398  -2058   1512   -314   -275  -1693  -1200   -571   1806   -524    252   -175   -255    793   103
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    77   -633    879  -2198  -5620  -1457  -5498  -4367   1846  -2705   -311  -2992  -5128  -1361  -1689   -695  -1593     53   2770  -4246  -3903   104
     -      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      * 
     C      *      *      *      *      *      *      *      *      0 
//