rrm.hmm

这是一个基于HMM 模型的生物多序列比对算法的linux实现版本。hmmer

HMMER2.0  [2.2g]
NAME  rrm
ACC   PF00076
DESC  RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)
LENG  77
ALPH  Amino
RF    no
CS    yes
MAP   yes
COM   ../src/hmmbuild -F rrm.hmm rrm.sto
COM   hmmcalibrate rrm.hmm
COM   hmmcalibrate --cpu 0 --num 5000 rrm.hmm
NSEQ  90
DATE  Tue Apr 29 11:01:43 2003
CKSUM 8325
GA    15.2 0.0
TC    15.2 0.3
XT      -8455     -4  -1000  -1000  -8455     -4  -8455     -4 
NULT      -4  -8455
NULE     595  -1558     85    338   -294    453  -1158    197    249    902  -1085   -142    -21   -313     45    531    201    384  -1998   -644 
EVD   -44.976292   0.254831
HMM        A      C      D      E      F      G      H      I      K      L      M      N      P      Q      R      S      T      V      W      Y    
         m->m   m->i   m->d   i->m   i->i   d->m   d->d   b->m   m->e
          -16      *  -6492
     1  -1084    390  -8597  -8255  -5793  -8424  -8268   2395  -8202   2081  -1197  -8080  -8115  -8020  -8297  -7789  -5911   1827  -7525  -7140     1
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378    -16      * 
     2  -2140  -3785  -6293  -2251   3226  -2495   -727   -638  -2421   -545   -675  -5146  -5554  -4879  -1183  -2536  -1928    267     76   3171     2
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     3  -2542    458  -8584  -8273  -6055  -8452  -8531   2304  -8255   -324    101  -8104  -8170  -8221  -8440  -7840  -5878   3145  -7857  -7333     3
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     4  -1505  -5144  -1922   -558  -1842   2472  -3303  -2213   1099  -5160  -4233    372  -4738   -530   1147    168    498  -4766  -5327  -1476     4
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     5  -3724  -5184    300  -3013  -1655   1803  -3353  -5245  -1569  -2686  -4276   3495  -1963  -1331  -1054  -1472  -3664  -4803  -5369     -2     5
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     6  -1569  -6106  -8967  -8363    555  -8531  -7279    654  -8092   2953    -94  -8220  -7908  -1643  -7682  -7771  -6460    -59  -6191  -6284     6
     -   -151   -504    230     45   -380    399    101   -621    211   -470   -713    278    399     48     91    360    113   -364   -299   -254 
     E   -178  -3113 -12684  -1600   -578   -701  -1378      *      * 
     7   -409  -5130   -215  -2987  -1709   -956    690  -5188   -395  -5144  -4224    729   3054  -2862  -3409    354   1293  -1381  -5321  -4644    13
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     8  -3674  -5118  -1004    639    420  -4652    176  -2050    404  -1039   -935     16   1755    168    147   -275    198  -1472   1889   1977    14
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     9   -408  -5134   2415   1299   -950    -66   -767  -1296  -2889  -1843  -4224   1084   -968  -1439  -1854    540   -314  -2304  -5320    -60    15
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    10    586   1804  -6294   -631  -1627  -1671  -4374   1029  -2223   -162   1172  -5147  -5554  -1870  -5058  -2327   1741   1687  -4242    687    16
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    11  -2134  -5144    845  -1187  -1652  -1667  -3303  -5216   -513   -801  -4233   1026  -1873   -543   -619    575   2956  -4766  -5327  -4644    17
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    12  -3671  -5144   1091   2489  -1652  -2234   -613  -2170    736  -1364  -4233   -448   -197   1030   -116   -639  -1349  -4766   1408   -424    18
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     T     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    13   -139  -5144   1642   2051  -5465  -1429    503  -5216    530  -3223  -1447   -672  -4738   1875     73    318  -2111  -4766  -5327  -4644    19
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    14   -122  -5142   2117   1851  -5462  -1085   -933  -2288     33   -526   -556   -741  -4738   1222  -3392   -175    -13  -2228   -370  -4643    20
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    15  -7175  -6527  -9596  -9028   -232  -9481  -8154   1635  -8870   2831   -816  -9215  -8388  -7557  -8326  -8917  -7014    705  -6536  -6798    21
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     C    -19 -11642  -6295   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    16   -654  -5013  -1860    729    726  -2316   -688  -1184   1801   -277  -4115   -790  -4754  -2885   1825   -463  -1784   -442   -227   1362    22
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11624 -12666   -894  -1115  -1520   -619      *      * 
    17    156  -5127   2136   1476  -5448  -1504  -3286  -5199    301  -1955   -539   -894  -1057   1509    524   -467    301  -4749  -5310  -4627    23
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11624 -12666   -894  -1115   -355  -2197      *      * 
    18    -49  -3785  -6295   -490   1591  -5504    920   1218  -2312   1810     49  -5147  -5554  -4880  -2068  -1575   -764   -207    -54   1201    24
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    19  -1516    962  -6738  -6118   4230  -2323  -4741  -1819  -5718   -295    162  -5595  -5977  -5294  -5502  -5054  -4347  -3561  -4499   -386    25
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    20     66  -5142  -3519    977  -5463   1170  -3304  -2365   1047  -2653  -4232   -150  -4738    557    447   1868  -1288  -2163  -5326  -1696    26
     -   -147   -500    232     42   -381    398    105   -627    212   -464   -721    275    393     45     95    360    117   -367   -295   -250 
     H    -19  -6287 -12684  -2206   -352   -701  -1378      *      * 
    21  -1055  -5144    363    870  -1814   -295     89  -2404   1817  -5160  -4233    811   1390   1737  -1607   -671   -664  -2375  -5327  -1696    32
     -   -149   -500    232     45   -377    398    105   -627    212   -467   -721    278    393     45     98    358    117   -370   -295   -250 
     H    -90  -4053 -12684    -35  -5398   -701  -1378      *      * 
    22   -394   1434  -6258  -2307   2972  -2526     19    850  -2195  -1152  -2991  -1854  -5549   -851  -5045  -2352  -3896   -124   -189   2914    34
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    23   -684  -7735  -1742   -712  -8352   3518  -5400  -8353  -5878  -8206  -7641   -311    -59  -5105  -6910  -1500  -6163  -7684  -8410  -7291    35
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    24  -1107  -5144    202    908  -1788     -8    -90  -1263   1342  -1905  -4233   -889   1908    171     58    -98   -246   -190  -5327  -4644    36
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    25  -3958   -549  -6303  -1346    278  -5505  -4377   2725  -2224   -925   -752  -5151  -2076  -4885  -5062  -2366  -1362   2524  -4242   -488    37
     -   -147   -500    232     45   -381    398    105   -627    212   -466   -721    275    396     45     95    359    117   -370   -295   -250 
     H   -170  -4711  -3774   -436  -1938   -701  -1378      *      * 
    26  -1474   -441  -3586   1371  -4982  -2413  -3303    -26   1319    143     14    194  -4719   -534   -232   -509    586   1466  -5027  -4420    40
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H    -19 -11533  -6292   -894  -1115   -978  -1022      *      * 
    27   -251  -5076   1198   1096  -5397     75    696  -1292   -903  -5092  -4165   1381  -4669  -1297    629   1609   -628  -2391  -5259   -408    41
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11569 -12611   -894  -1115   -146  -3377      *      * 
    28   1071   1843  -6303  -5667    723  -2647  -4376   2229  -2340    234    705  -1807  -5555  -4884  -5062  -1098  -1942   1556  -4241  -1380    42
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     H     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    29  -3674  -5121    815    520   -935  -4651   -961  -1319   1431   -350   -888    798  -4744    589   1471   -312     16    -53   -490     25    43
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    30  -1650  -3784  -6302  -5666   -659  -5505   -883   2172  -2226   1327   2112  -5150  -2048  -4884  -1866  -1552  -1875   1962  -4242  -3899    44
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    31  -1062   1015  -6187  -2355    288  -5488   -892   1176    271     -7   1951  -1951   1337  -4822   -157    104  -2109   1363  -4252   -388    45
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E     -1 -11642 -12684   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    32  -2112   -485   -886   -668   -313  -2330      4    217   1142   -767   -209    692    319  -1357   1259   -193    786   -575   -384   1141    46
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     E   -396 -11642  -2062   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    33  -3688  -5186   3392   -313  -5499     -6   -454  -5258    433  -1458  -4287   1354  -4689  -2831  -1676  -3548  -3635  -1045  -5362  -4662    47
     -   -149   -500    233     43   -381    398    105   -627    210   -466   -710    275    396     48     96    359    117   -370   -295   -250 
     E  -6411  -5987    -40  -1512   -623  -2885   -210      *      * 
    34  -1469  -1564  -2202  -1918   -552  -2529   4215   2006  -1348   -996   -690  -1802  -2714  -1483  -1429  -1805  -1473   -636  -1202   -358    51
     -   -149   -500    233     43   -381    398    112   -626    210   -466   -721    275    394     49     96    359    117   -370   -295   -250 
     .  -1128   -892  -8229    -81  -4198  -5423    -34      *      * 
    35   -751  -1651   -818   1403  -1742  -1787   -442   1180   1551  -1566   -793   -538  -1879    -93   -423   -761   -684  -1159  -1892   1944    53
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     .    -12  -7536  -8578   -894  -1115  -4803    -53      *      *