meme.farntrans5.tcm
来自「EM算法的改进」· TCM 代码 · 共 477 行 · 第 1/3 页
TCM
477 行
[1]_53---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 in BLOCKS format--------------------------------------------------------------------------------BL MOTIF 1 width=30 seqs=24BET2_YEAST ( 223) GGLNGRPSKLPDVCYSWWVLSSLAIIGRLD 1 RATRABGERB ( 227) GGLNGRPEKLPDVCYSWWVLASLKIIGRLH 1 CAL1_YEAST ( 275) GGFQGRENKFADTCYAFWCLNSLHLLTKDW 1 PFTB_RAT ( 237) GGIGGVPGMEAHGGYTFCGLAALVILKKER 1 PFTB_RAT ( 138) GGFGGGPGQYPHLAPTYAAVNALCIIGTEE 1 RATRABGERB ( 179) GGFGCRPGSESHAGQIYCCTGFLAITSQLH 1 RATRABGERB ( 131) GSFAGDIWGEIDTRFSFCAVATLALLGKLD 1 BET2_YEAST ( 172) GGFGLCPNAESHAAQAFTCLGALAIANKLD 1 RATRABGERB ( 276) GGFADRPGDMVDPFHTLFGIAGLSLLGEEQ 1 BET2_YEAST ( 124) GSFQGDRFGEVDTRFVYTALSALSILGELT 1 RAM1_YEAST ( 247) GFGSCPHVDEAHGGYTFCATASLAILRSMD 1 BET2_YEAST ( 272) GGISDRPENEVDVFHTVFGVAGLSLMGYDN 1 RAM1_YEAST ( 145) GPFGGGPGQLSHLASTYAAINALSLCDNID 1 PFTB_RAT ( 286) GGFQGRCNKLVDGCYSFWQAGLLPLLHRAL 1 RAM1_YEAST ( 296) RGFCGRSNKLVDGCYSFWVGGSAAILEAFG 1 PFTB_RAT ( 348) GGLLDKPGKSRDFYHTCYCLSGLSIAQHFG 1 RATRABGERB ( 83) GGVSASIGHDPHLLYTLSAVQILTLYDSIH 1 PFTB_RAT ( 189) GSFLMHVGGEVDVRSAYCAASVASLTNIIT 1 BET2_YEAST ( 73) GAFAPFPRHDAHLLTTLSAVQILATYDALD 1 CAL1_YEAST ( 205) YNGAFGAHNEPHSGYTSCALSTLALLSSLE 1 RAM1_YEAST ( 198) GFKTCLEVGEVDTRGIYCALSIATLLNILT 1 RAM1_YEAST ( 349) PGLRDKPGAHSDFYHTNYCLLGLAVAESSY 1 CAL1_YEAST ( 327) GGFSKNDEEDADLYHSCLGSAALALIEGKF 1 BET2_YEAST ( 24) HNFEYWLTEHLRLNGIYWGLTALCVLDSPE 1 //---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 position-specific scoring matrix--------------------------------------------------------------------------------log-odds matrix: alength= 20 w= 30 n= 1755 bayes= 6.12445 E= 2.2e-094 -218 -476 -324 -369 -492 351 -61 -474 -334 -558 -392 -225 -103 -392 -86 -303 -361 -418 -449 -109 -81 -470 -327 -377 -1 330 -398 -485 -347 -566 -404 54 -81 -396 -330 -9 -350 -421 -467 -482 -244 -349 -513 -434 367 -26 -384 59 -61 38 -123 -357 -404 -371 -364 -348 -238 -14 -322 -240 127 -17 -201 -5 -348 114 -187 -312 -81 -63 -205 120 -263 155 27 92 7 -262 -388 -304 -26 143 115 -207 -17 219 -252 -171 -9 -112 95 -186 -16 -179 -195 -235 -164 -152 -351 -13 -146 -17 33 -115 -32 45 38 -310 85 -143 -204 47 -13 -95 271 -53 -143 -50 83 -303 -47 -38 -90 6 -396 -374 0 15 -233 -169 -288 -259 375 -235 -26 -97 -231 -75 -473 -424 -148 -438 -204 99 -31 196 38 -302 -85 -335 -202 205 -266 -99 26 -54 6 33 83 -304 47 -444 33 57 -349 84 122 -315 209 -342 79 121 -263 109 -118 -53 -144 -265 -389 -305 -160 -416 82 250 -25 -316 123 -254 -111 61 85 -136 -283 -122 -146 -60 -156 -221 -375 -14 161 -320 -465 -373 -228 -392 -333 13 -325 -90 -101 -301 208 -309 -7 90 -181 221 -331 -288 -438 -650 318 -350 -594 -396 355 -672 -341 -686 -596 -158 -495 -373 4 -357 -386 -623 -637 -514 47 -316 -480 -387 82 91 -337 -111 -338 103 -98 -307 -15 -318 -312 -83 170 152 -328 -285 94 221 -398 -311 80 90 -301 -129 -266 -30 -111 21 -354 -263 179 -282 -178 -115 -329 139 -167 -305 -309 -259 149 -77 196 -221 -241 -249 -153 -216 -75 19 -217 -54 -68 -205 -133 341 71 -383 -460 -463 -428 -445 -427 86 -370 -442 -260 -234 -417 -351 -356 143 348 -55 -479 -484 -170 21 -317 -268 232 -354 -39 -217 -250 -54 -152 -36 -288 -261 -224 -116 -223 -78 132 328 46 272 -489 -397 84 -402 -334 -118 -347 -90 -105 -314 -378 -325 -320 -1 82 -106 351 88 277 240 -625 -594 -564 141 -583 -514 -585 -580 -446 -452 -451 4 -521 -277 -297 107 -614 -619 45 -317 -489 -395 -222 -96 -340 81 -346 184 -95 -313 -373 -323 -316 -85 81 179 -327 -285 211 -440 -247 -196 -412 97 -258 -374 -166 -146 -278 178 -325 106 -202 153 0 -314 -457 -377 213 -308 -476 -384 -5 88 -337 123 -337 -91 -99 -307 -372 -318 -311 118 79 12 -328 -287 87 -518 -675 -601 -320 -554 -562 -243 -564 290 -164 -543 -528 -491 -503 -489 -418 -296 -502 -500 317 38 -358 -284 -334 -229 -37 -276 -81 -332 -204 -260 -82 -270 -263 99 23 -47 -389 -383 -408 -489 -735 -670 -387 -688 -678 294 -638 194 -240 -597 -632 -619 -631 -623 -16 84 -602 -556 91 0 -492 -398 -220 -404 -343 158 -348 187 109 -317 -375 -324 -318 -313 78 -100 -329 80 -159 -454 121 100 -362 163 39 -329 20 -356 -221 172 -274 38 24 13 5 -279 -402 -316 47 -443 -200 57 -348 -88 38 37 160 -341 -205 47 -262 41 145 120 7 -264 -388 -19 -28 -364 22 86 69 -344 -250 108 -9 153 95 -185 -17 -174 -192 -72 -165 -153 -352 -294 -146 -443 171 100 -32 -6 175 -314 -80 -144 -205 47 -262 41 27 -178 126 -263 82 -19 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 position-specific probability matrix--------------------------------------------------------------------------------letter-probability matrix: alength= 20 w= 30 nsites= 24 E= 2.2e-094 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.833333 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.083333 0.625000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.083333 0.041667 0.000000 0.000000 0.125000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.583333 0.083333 0.000000 0.083333 0.041667 0.166667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.166667 0.041667 0.000000 0.041667 0.000000 0.208333 0.000000 0.000000 0.000000 0.083333 0.000000 0.083333 0.000000 0.125000 0.041667 0.166667 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.125000 0.166667 0.000000 0.041667 0.416667 0.000000 0.000000 0.041667 0.041667 0.041667 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.041667 0.083333 0.000000 0.041667 0.125000 0.041667 0.000000 0.083333 0.041667 0.000000 0.041667 0.041667 0.000000 0.333333 0.041667 0.000000 0.041667 0.041667 0.000000 0.041667 0.041667 0.041667 0.083333 0.000000 0.000000 0.041667 0.083333 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.041667 0.041667 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.125000 0.041667 0.375000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.166667 0.000000 0.000000 0.041667 0.041667 0.041667 0.083333 0.041667 0.000000 0.083333 0.000000 0.083333 0.083333 0.000000 0.166667 0.083333 0.000000 0.250000 0.000000 0.041667 0.083333 0.000000 0.083333 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.125000 0.416667 0.041667 0.000000 0.083333 0.000000 0.000000 0.208333 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.208333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.208333 0.000000 0.041667 0.166667 0.000000 0.291667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.583333 0.000000 0.000000 0.000000 0.375000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.083333 0.000000 0.000000 0.000000 0.083333 0.166667 0.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.041667 0.166667 0.166667 0.000000 0.000000 0.125000 0.208333 0.000000 0.000000 0.083333 0.166667 0.000000 0.000000 0.000000 0.083333 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.166667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.125000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.083333 0.083333 0.208333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.083333 0.000000 0.083333 0.041667 0.000000 0.000000 0.375000 0.125000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.125000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.458333 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.083333 0.000000 0.000000 0.291667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.125000 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.041667 0.083333 0.291667 0.083333 0.291667 0.000000 0.000000 0.083333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.083333 0.083333 0.000000 0.250000 0.083333 0.416667 0.208333 0.000000 0.000000 0.000000 0.208333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.125000 0.000000 0.000000 0.083333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.083333 0.000000 0.458333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.083333 0.208333 0.000000 0.000000 0.291667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.166667 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.125000 0.000000 0.083333 0.000000 0.250000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.291667 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.166667 0.000000 0.125000 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.208333 0.083333 0.041667 0.000000 0.000000 0.125000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.875000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.416667 0.083333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.250000 0.083333 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.416667 0.000000 0.458333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.041667 0.083333 0.000000 0.000000 0.125000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.166667 0.000000 0.458333 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.083333 0.000000 0.000000 0.083333 0.000000 0.000000 0.166667 0.125000 0.000000 0.291667 0.041667 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.125000 0.000000 0.041667 0.041667 0.083333 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.083333 0.000000 0.000000 0.083333 0.000000 0.041667 0.041667 0.083333 0.166667 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.041667 0.125000 0.208333 0.041667 0.000000 0.000000 0.041667 0.041667 0.000000 0.083333 0.125000 0.083333 0.000000 0.000000 0.125000 0.041667 0.375000 0.041667 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.125000 0.041667 0.083333 0.125000 0.000000 0.000000 0.041667 0.000000 0.041667 0.000000 0.041667 0.041667 0.000000 0.125000 0.000000 0.041667 0.041667 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 regular expression--------------------------------------------------------------------------------GGFGGRPGK[EL][VAP][DH]LC[YH][TS][FY][CW][ACG][LV][AS][AS]L[AS][LI]LGSLD--------------------------------------------------------------------------------Time 6.65 secs.****************************************************************************************************************************************************************MOTIF 2 width = 14 sites = 21 llr = 376 E-value = 3.1e-019********************************************************************************-------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 Description--------------------------------------------------------------------------------Simplified A ::::111::::1::pos.-specific C ::::::::::::61probability D 12:11::1::::::matrix E 1::61::2:::::: F 1:::::::5::::: G ::::1::::::::: H :::::::::::::: I 5::::12::4:::: K ::313:::::11:1 L 11:::53::24:1: M :::::::::::::: N :4:::::::::::: P :::::::::::::: Q ::1::::2:::::6 R ::1:::1::::11: S ::::1::1:114:: T ::1::1:::::::: V :12::21::3:::: W ::::::::2::::: Y ::::::::3::::: bits 5.8 5.2 4.6 4.0 Information 3.5 * content 2.9 * **(25.8 bits) 2.3 * ** ** 1.7 **** * ** ** 1.2 ************** 0.6 ************** 0.0 --------------⌨️ 快捷键说明
复制代码Ctrl + C
搜索代码Ctrl + F
全屏模式F11
增大字号Ctrl + =
减小字号Ctrl + -
显示快捷键?