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EM算法的改进

DHB3_HUMAN               (   47) MGQWAVITGAGDGIGKAYSFELAKR  1 
FIXR_BRAJA               (   35) EPKVMLLTGASRGIGHATAKLFSEA  1 
BA72_EUBSP               (    5) QDKVTIITGGTRGIGFAAAKIFIDN  1 
BDH_HUMAN                (   54) GSKAVLVTGCDSGFGFSLAKHLHSK  1 
FVT1_HUMAN               (   31) PGAHVVVTGGSSGIGKCIAIECYKQ  1 
AP27_MOUSE               (    6) SGLRALVTGAGKGIGRDTVKALHAS  1 
PCR_PEA                  (   85) RKGNVVITGASSGLGLATAKALAES  1 
BPHB_PSEPS               (    4) KGEAVLITGGASGLGRALVDRFVAE  1 
DHB2_HUMAN               (   81) DQKAVLVTGGDCGLGHALCKYLDEL  1 
DHCA_HUMAN               (    3) GIHVALVTGGNKGIGLAIVRDLCRL  1 
DHMA_FLAS1               (   13) AGKAAIVTGAAGGIGRATVEAYLRE  1 
DHES_HUMAN               (    1) ARTVVLITGCSSGIGLHLAVRLASD  1 
MAS1_AGRRA               (  244) QSPVILVSGSNRGVGKAIAEDLIAH  1 
HMTR_LEIMA               (    5) TVPVALVTGAAKRLGRSIAEGLHAE  1 
NODG_RHIME               (    5) TGRKALVTGASGAIGGAIARVLHAQ  1 
2BHD_STREX               (    5) SGKTVIITGGARGLGAEAARQAVAA  1 
LIGD_PSEPA               (    5) QDQVAFITGGASGAGFGQAKVFGQA  1 
RFBB_NEIGO               (    5) GKKNILVTGGAGFIGSAVVRHIIQN  1 
GUTD_ECOLI               (    1) MNQVAVVIGGGQTLGAFLCHGLAAE  1 
ADH_DROME                (    5) TNKNVIFVAGLGGIGLDTSKELLKR  1 
//

--------------------------------------------------------------------------------

--------------------------------------------------------------------------------
	Motif 2 position-specific scoring matrix
--------------------------------------------------------------------------------
log-odds matrix: alength= 20 w= 25 n= 9204 bayes= 8.18123 E= 1.4e-139 
   -64   -308     38     45   -345     -5   -139   -349     99   -336    160   -159    -35    256    -26     96     72   -342   -320   -268 
  -258   -308     86   -127   -346    196     86    -86     56   -337   -270    118    -35    123    -26     16   -199   -129   -322   -269 
  -135   -319   -212    -22   -360   -140     85   -362    329   -140   -281   -173     52    170    -22   -189    -51   -355   -331   -281 
   -17     89   -312   -251   -279   -412     32    -94    -10   -246   -218    101   -325   -204    -86   -262    -11    266    106   -309 
   186   -315   -670   -614   -402   -654   -545     99   -594   -322     30   -574   -596   -546   -607   -521    -72    225   -506   -475 
  -165   -274   -583   -504     -3   -558   -390    194   -473    241   -175   -469   -484   -391   -461   -415   -339     94    163   -336 
  -532   -362   -748   -710    -13   -773   -703    290   -702   -115   -341   -678   -686   -662   -738   -661   -463    256   -605   -566 
  -381   -243   -425   -454   -425   -525   -357    -98   -368   -451   -311   -250   -429   -310   -382    -17    388   -142   -398   -446 
  -191   -336   -327   -389   -494    336   -351   -514   -371   -556   -460   -283   -432   -384   -375   -299   -413   -497   -387   -440 
   205    242   -648   -644   -609    210   -567   -627   -660   -639   -563   -521   -482   -522   -606     18   -365   -500   -585   -629 
   118   -380     51   -306   -533    148   -270   -568   -320   -151   -508     87   -433   -281   -391    199    -66   -538   -516   -441 
   -65    119    -37   -130   -349     34   -142   -353    159   -340   -273   -162   -289    123    157    200    -49   -346   -324   -272 
  -197   -330   -310   -372   -105    327   -335   -499   -354   -543   -446   -266   -420   -369   -129   -289   -154   -485   -372   -424 
  -204   -310   -516   -500    -44   -590   -460    342   -460    119   -174   -456   -517   -431   -495   -443   -356     22   -390   -370 
  -575   -542   -557   -624   -688    346   -557   -742   -605   -751   -696   -523   -617   -603   -599   -542   -639   -730   -579   -642 
   -67   -302   -228   -155    122   -141    171   -324    220     89   -267   -186   -308   -102    183    -57   -217   -328   -325     19 
   234    102    -18    116    -68   -147     28   -325   -248   -334   -272   -253   -384   -218   -288     40   -231   -231   -321   -336 
   -67    137   -484   -406   -217   -448   -290    194   -373     84    126   -362   -395     10   -368   -302    206     -3   -257    117 
   260    215   -487   -447   -422   -324   -419   -409   -450   -426   -363   -424   -459   -398   -445     10   -296     95   -409   -457 
  -264   -289    -41     85    -25   -357     85     60    247     34   -254   -174   -296    -94    157   -186   -204   -121   -314     18 
    43   -301     37     87   -338    -57    223    -83   -112     -6   -263   -163   -287     54    128   -177     24    -45    151     17 
  -183    119   -590   -509    261   -592   -393    -46   -482    273   -151   -492   -484   -383   -458   -451   -377   -276   -324     13 
   143    136    -76   -395   -220   -148    264     87   -364     55   -160   -356   -393   -302   -363    -81   -234     71   -259     27 
    87   -309    -36    148   -347    -57   -140   -351    200   -338   -271   -161   -286    123     45     16     24   -343   -322   -270 
    66   -307     38    190   -344   -346     86   -349     57    -58     16     70   -284    123     45     16   -198   -342   -320     17 
--------------------------------------------------------------------------------

--------------------------------------------------------------------------------
	Motif 2 position-specific probability matrix
--------------------------------------------------------------------------------
letter-probability matrix: alength= 20 w= 25 nsites= 30 E= 1.4e-139 
 0.066667  0.000000  0.066667  0.066667  0.000000  0.100000  0.000000  0.000000  0.100000  0.000000  0.100000  0.000000  0.033333  0.200000  0.033333  0.133333  0.100000  0.000000  0.000000  0.000000 
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 0.033333  0.000000  0.000000  0.033333  0.000000  0.033333  0.033333  0.000000  0.600000  0.033333  0.000000  0.000000  0.066667  0.100000  0.033333  0.000000  0.033333  0.000000  0.000000  0.000000 
 0.133333  0.033333  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.033333  0.000000  0.066667  0.000000  0.000000  0.133333  0.000000  0.000000  0.033333  0.000000  0.066667  0.466667  0.033333  0.000000 
 0.433333  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.100000  0.000000  0.000000  0.033333  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.033333  0.400000  0.000000  0.000000 
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 0.066667  0.033333  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.233333  0.000000  0.166667  0.066667  0.000000  0.000000  0.033333  0.000000  0.000000  0.266667  0.066667  0.000000  0.066667 
 0.666667  0.066667  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.066667  0.000000  0.200000  0.000000  0.000000 
 0.000000  0.000000  0.033333  0.100000  0.033333  0.000000  0.033333  0.100000  0.333333  0.133333  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.166667  0.000000  0.000000  0.033333  0.000000  0.033333 
 0.166667  0.000000  0.066667  0.100000  0.000000  0.066667  0.100000  0.033333  0.000000  0.100000  0.000000  0.000000  0.000000  0.033333  0.133333  0.000000  0.066667  0.066667  0.033333  0.033333 
 0.033333  0.033333  0.000000  0.000000  0.266667  0.000000  0.000000  0.033333  0.000000  0.600000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.033333 
 0.333333  0.033333  0.033333  0.000000  0.000000  0.033333  0.133333  0.100000  0.000000  0.133333  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.033333  0.000000  0.133333  0.000000  0.033333 
 0.233333  0.000000  0.033333  0.166667  0.000000  0.066667  0.000000  0.000000  0.233333  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.066667  0.066667  0.066667  0.066667  0.000000  0.000000  0.000000 
 0.200000  0.000000  0.066667  0.233333  0.000000  0.000000  0.033333  0.000000  0.066667  0.066667  0.033333  0.066667  0.000000  0.066667  0.066667  0.066667  0.000000  0.000000  0.000000  0.033333 
--------------------------------------------------------------------------------

--------------------------------------------------------------------------------
	Motif 2 regular expression
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QGKV[AV][LI][VI]TG[AG][AGS]SG[IL]G[KLR][AE][TI][AV]Kx[LF]A[AK][EA]
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Time 55.39 secs.

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SUMMARY OF MOTIFS
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	Combined block diagrams: non-overlapping sites with p-value < 0.0001
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SEQUENCE NAME            COMBINED P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
-------------            ----------------  -------------
2BHD_STREX                       6.49e-24  4_[2(2.35e-13)]_122_[1(8.95e-18)]_77
3BHD_COMTE                       3.13e-24  4_[2(2.84e-16)]_30_[1(6.08e-05)]_64_[1(3.58e-15)]_76
ADH_DROME                        1.49e-15  4_[2(5.11e-11)]_122_[1(1.42e-11)]_77
AP27_MOUSE                       7.13e-29  5_[2(3.85e-15)]_118_[1(5.51e-21)]_69
BA72_EUBSP                       5.27e-24  4_[2(1.61e-15)]_35_[1(1.60e-05)]_65_[1(1.11e-15)]_66
BDH_HUMAN                        1.41e-23  53_[2(1.78e-15)]_129_[1(1.35e-15)]_109
BPHB_PSEPS                       1.21e-20  3_[2(4.24e-15)]_124_[1(8.96e-13)]_96
BUDC_KLETE                       1.57e-34  [2(8.42e-20)]_126_[1(4.81e-22)]_63
DHES_HUMAN                       6.42e-23  [2(1.69e-14)]_129_[1(7.44e-16)]_146
DHGB_BACME                       2.24e-27  5_[2(6.54e-16)]_129_[1(9.19e-19)]_76
DHII_HUMAN                       2.18e-27  32_[2(3.75e-19)]_125_[1(1.23e-15)]_83
DHMA_FLAS1                       1.06e-24  12_[2(6.77e-15)]_127_[1(4.34e-17)]_79
ENTA_ECOLI                       6.10e-24  3_[2(2.42e-17)]_115_[1(8.67e-14)]_78
FIXR_BRAJA                       4.56e-28  34_[2(8.87e-16)]_129_[1(1.18e-19)]_63
GUTD_ECOLI                       1.21e-22  [2(1.63e-11)]_128_[1(2.44e-18)]_79
HDE_CANTR                        3.99e-27  6_[2(4.43e-14)]_131_[1(3.36e-13)]_131_[2(4.91e-18)]_121_[1(1.59e-17)]_413
HDHA_ECOLI                       5.13e-27  9_[2(1.85e-16)]_80_[1(9.41e-05)]_17_[1(7.97e-18)]_70
LIGD_PSEPA                       2.09e-20  4_[2(4.80e-13)]_127_[1(1.11e-14)]_122
NODG_RHIME                       1.10e-26  4_[2(8.74e-14)]_122_[1(4.01e-20)]_67
RIDH_KLEAE                       1.37e-25  12_[2(7.24e-16)]_122_[1(6.03e-17)]_63
YINL_LISMO                       2.89e-26  3_[2(4.33e-19)]_125_[1(2.10e-14)]_68
YRTP_BACSU                       1.10e-34  4_[2(1.15e-19)]_125_[1(2.53e-22)]_57
CSGA_MYXXA                       4.90e-09  87_[1(3.97e-12)]_52
DHB2_HUMAN                       1.15e-24  80_[2(4.66e-15)]_126_[1(3.12e-17)]_129
DHB3_HUMAN                       1.43e-22  46_[2(8.87e-16)]_126_[1(3.60e-14)]_86
DHCA_HUMAN                       1.42e-17  2_[2(5.62e-15)]_34_[1(3.43e-05)]_104_[1(9.23e-10)]_57
FABI_ECOLI                       1.17e-10  4_[2(7.27e-06)]_129_[1(1.06e-11)]_77
FVT1_HUMAN                       3.61e-25  30_[2(3.50e-15)]_130_[1(1.78e-17)]_120
HMTR_LEIMA                       1.91e-25  4_[2(8.04e-14)]_163_[1(5.57e-19)]_68
MAS1_AGRRA                       1.70e-16  243_[2(6.23e-14)]_123_[1(3.27e-10)]_58
PCR_PEA                          3.04e-16  84_[2(4.24e-15)]_34_[1(1.27e-08)]_229
RFBB_NEIGO                       2.46e-19  4_[2(8.93e-13)]_135_[1(5.61e-14)]_155
YURA_MYXXA                       1.82e-13  159_[1(4.34e-17)]_72
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Stopped because nmotifs = 2 reached.
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CPU: chromo.imb.uq.edu.au

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