prophecy.output

emboss的linux版本的源代码

<a name="output.2"></a>
<h3>Output files for usage example 2</h3>
<p><h3>File: globins.prophecy </h3>
<table width="90%"><tr><td bgcolor="#CCFFCC">
<pre>
# Gribskov Protein Profile
# Columns are amino acids A-&gt;Z
# Last column is indel penalty
# Rows are alignment positions 1-&gt;n
Gribskov
Name		globins
Matrix		pprofile
Length		164
Max_score	939.76
Threshold	75
Gap_open	3.00
Gap_extend	0.30
Consensus	PIVDTGSVVSLSEEELSAVDKAWVKANSVAEVGGHALERGLFASEPMTLEFFDTFKYLSTFDLSKGSADVKAHGKKVLDALGDAVAHLDDLEGTLAALSDLHAHKLKKGVDPVNFKLLSHCLLVVLASHLPGDFTPEVQASMDKFLASVATVLASKYRELGYQG
0.65 0.00 0.13 0.13 0.13 -0.78 0.39 0.26 -0.26 0.00 0.13 -0.39 -0.26 0.00 0.00 1.95 0.39 0.39 0.52 0.39 0.00 0.13 -1.04 0.00 -1.04 0.00 0.87 0.87
0.00 0.00 0.26 -0.26 -0.26 0.78 -0.39 -0.39 1.95 0.00 -0.26 1.04 0.78 -0.39 0.00 -0.26 -0.39 -0.39 -0.13 0.26 0.00 1.43 -0.65 0.00 0.13 0.00 0.87 0.87
0.26 0.00 0.26 -0.26 -0.26 0.26 0.26 -0.39 1.43 0.00 -0.26 1.04 0.78 -0.39 0.00 0.13 -0.26 -0.39 -0.13 0.26 0.00 1.95 -1.04 0.00 -0.13 0.00 0.87 0.87
0.39 0.00 -0.65 1.95 1.30 -1.30 0.78 0.52 -0.26 0.00 0.39 -0.65 -0.52 0.78 0.00 0.13 0.78 0.00 0.26 0.26 0.00 -0.26 -1.43 0.00 -0.65 0.00 0.87 0.87
0.52 0.00 0.26 0.26 0.26 -0.39 0.52 -0.13 0.26 0.00 0.26 -0.13 0.00 0.26 0.00 0.39 -0.13 -0.13 0.39 1.95 0.00 0.26 -0.78 0.00 -0.39 0.00 0.87 0.87
0.78 0.00 0.26 0.78 0.65 -0.78 1.95 -0.26 -0.39 0.00 -0.13 -0.65 -0.39 0.52 0.00 0.39 0.26 -0.39 0.78 0.52 0.00 0.26 -1.30 0.00 -0.78 0.00 0.87 0.87
0.52 0.00 0.78 0.26 0.26 -0.39 0.78 -0.26 -0.13 0.00 0.26 -0.52 -0.39 0.39 0.00 0.52 -0.13 0.13 1.95 0.39 0.00 -0.13 0.39 0.00 -0.52 0.00 0.87 0.87
0.55 0.00 0.55 -0.55 -0.55 0.55 0.55 -0.82 3.00 0.00 -0.55 2.18 1.64 -0.82 0.00 0.27 -0.55 -0.82 -0.27 0.55 0.00 4.09 -2.18 0.00 -0.27 0.00 0.87 0.87
2.54 0.00 -0.27 -0.32 -0.09 1.06 1.35 -1.08 2.94 0.00 -0.85 3.15 2.61 -0.61 0.00 0.59 -0.12 -1.69 0.14 0.98 0.00 4.23 -2.38 0.00 -0.51 0.00 0.87 0.87
2.24 0.00 0.53 1.51 1.51 -2.35 1.63 1.78 -0.94 0.00 0.87 -1.29 -0.95 1.36 0.00 3.28 2.29 1.16 2.64 0.88 0.00 -0.34 -1.65 0.00 -2.09 0.00 0.87 0.87
0.06 0.00 -3.83 -0.43 1.03 3.60 -1.14 -0.17 2.69 0.00 -0.69 5.14 4.17 -0.77 0.00 -0.97 0.49 -1.49 -1.20 -0.09 0.00 2.69 0.29 0.00 0.40 0.00 0.87 0.87
2.34 0.00 1.92 1.60 1.46 -1.97 4.07 -0.88 -0.35 0.00 0.60 -1.75 -1.10 1.54 0.00 1.77 -0.09 -0.35 4.65 3.47 0.00 0.36 -1.65 0.00 -2.19 0.00 0.87 0.87
3.56 0.00 -0.56 3.08 4.01 -2.96 3.46 0.68 -0.86 0.00 0.61 -1.47 -0.86 1.65 0.00 2.44 1.93 -0.41 1.83 1.56 0.00 0.12 -4.91 0.00 -2.67 0.00 0.87 0.87
1.59 0.00 -2.04 0.74 1.64 -0.20 0.62 0.32 -1.14 0.00 0.81 -0.20 -0.97 0.92 0.00 -0.07 0.56 1.53 2.23 0.21 0.00 -1.30 -0.69 0.00 0.04 0.00 0.87 0.87
1.76 0.00 -2.66 3.90 5.45 -3.07 2.38 1.83 1.09 0.00 1.32 0.56 0.65 1.73 0.00 1.13 4.50 0.18 0.20 0.84 0.00 2.14 -6.12 0.00 -2.99 0.00 4.55 4.55
0.57 0.00 -4.51 -0.66 0.05 2.08 -1.71 -0.46 2.21 0.00 3.59 4.32 4.87 -0.05 0.00 -0.45 1.01 0.88 -0.55 0.51 0.00 2.34 1.59 0.00 -0.98 0.00 4.55 4.55
4.31 0.00 2.80 1.03 1.03 -1.77 3.52 -1.31 1.53 0.00 0.57 -0.34 -0.04 1.04 0.00 2.50 -0.41 -0.72 5.34 3.75 0.00 2.41 -2.26 0.00 -2.19 0.00 4.55 4.55
4.74 0.00 -1.43 0.36 0.77 -0.38 0.92 -0.39 1.19 0.00 1.43 2.10 2.53 0.30 0.00 2.40 1.19 -0.39 1.01 1.53 0.00 2.06 -1.98 0.00 -1.81 0.00 4.55 4.55
3.51 0.00 1.23 0.46 0.46 0.06 1.08 0.82 4.18 0.00 -0.60 2.47 1.80 0.02 0.00 1.32 0.41 -1.03 0.19 1.45 0.00 5.05 -4.42 0.00 -0.32 0.00 4.55 4.55
0.79 0.00 -2.10 2.78 1.91 -1.99 0.99 0.86 1.55 0.00 2.21 0.69 1.51 1.02 0.00 0.79 1.57 1.55 0.42 1.92 0.00 2.12 -1.78 0.00 -2.33 0.00 4.55 4.55
2.32 0.00 -1.29 -0.01 -0.01 -1.03 0.59 -0.49 -1.33 0.00 3.70 -0.87 -0.58 1.35 0.00 0.73 0.30 3.20 4.44 0.86 0.00 -1.40 1.49 0.00 -1.00 0.00 4.55 4.55
5.00 0.00 0.17 0.46 0.82 -0.02 1.95 -0.97 1.80 0.00 0.01 1.97 1.98 0.43 0.00 1.70 0.09 -1.69 1.93 4.27 0.00 2.35 -2.37 0.00 -1.16 0.00 4.55 4.55
-2.55 0.00 -5.95 -2.39 -2.60 2.54 -3.01 0.83 -2.78 0.00 3.36 0.58 -1.46 2.63 0.00 -2.83 -0.44 6.18 2.03 -1.52 0.00 -3.89 5.08 0.00 3.02 0.00 4.55 4.55
3.64 0.00 0.44 2.21 1.97 -1.76 3.66 -0.75 3.33 0.00 -0.33 1.62 1.37 0.41 0.00 1.42 0.65 -1.71 1.00 1.89 0.00 5.44 -6.44 0.00 -2.04 0.00 4.55 4.55
1.26 0.00 -3.44 3.35 4.37 -4.35 1.02 1.47 -1.45 0.00 6.61 -2.18 0.11 2.59 0.00 2.55 3.18 3.52 1.71 1.58 0.00 -1.06 -2.90 0.00 -4.41 0.00 4.55 4.55
5.63 0.00 1.62 -0.17 0.07 -0.23 2.38 -1.35 3.78 0.00 -0.99 2.86 2.17 -0.53 0.00 1.71 -0.40 -2.30 0.92 1.85 0.00 5.48 -4.58 0.00 -0.57 0.00 4.55 4.55
3.69 0.00 0.50 3.58 2.62 -2.00 2.31 1.96 -0.88 0.00 0.61 -1.50 -1.43 4.77 0.00 0.16 1.47 -1.17 1.34 1.22 0.00 -0.72 -2.56 0.00 0.36 0.00 4.55 4.55
1.44 0.00 0.96 0.44 0.44 -0.70 1.15 -0.32 -0.13 0.00 0.26 -0.58 -0.39 0.51 0.00 0.83 -0.01 -0.05 2.20 0.64 0.00 -0.01 -0.10 0.00 -0.70 0.00 3.49 3.49
-0.31 0.00 -2.56 -1.23 -0.83 1.74 -0.42 -0.35 1.36 0.00 0.54 2.24 0.38 0.32 0.00 -0.98 -0.84 1.99 1.16 1.45 0.00 1.65 -0.65 0.00 1.18 0.00 4.55 4.55
3.32 0.00 1.76 2.69 2.62 -1.00 2.98 0.36 0.29 0.00 -0.22 -0.91 -0.93 1.69 0.00 0.48 0.47 -1.55 2.69 1.39 0.00 0.54 -2.57 0.00 -0.35 0.00 4.55 4.55
2.09 0.00 -2.78 4.65 6.06 -4.35 3.67 1.29 -1.59 0.00 4.02 -2.46 -0.75 2.97 0.00 1.87 3.18 1.45 2.15 1.80 0.00 -0.70 -5.12 0.00 -4.17 0.00 4.55 4.55
1.16 0.00 0.53 0.23 0.23 -0.12 0.96 0.90 4.01 0.00 0.54 2.53 2.04 0.05 0.00 1.13 0.19 -0.10 -0.16 2.71 0.00 5.58 -3.99 0.00 -0.72 0.00 4.55 4.55
3.66 0.00 1.79 3.71 3.18 -3.66 8.67 -0.41 -1.92 0.00 -0.21 -3.31 -2.18 2.83 0.00 2.25 1.31 -1.17 5.03 2.47 0.00 0.75 -5.01 0.00 -3.54 0.00 4.55 4.55
4.50 0.00 0.40 3.83 3.40 -4.36 7.52 -0.15 -1.59 0.00 0.27 -2.44 -1.29 2.59 0.00 2.36 3.12 -1.05 2.98 2.86 0.00 0.88 -6.11 0.00 -3.89 0.00 4.55 4.55
0.96 0.00 -1.81 4.77 4.96 -2.52 1.47 4.99 -0.03 0.00 0.98 -0.76 -0.97 2.73 0.00 1.00 3.31 0.97 -0.03 0.63 0.00 0.49 -4.86 0.00 -0.93 0.00 4.55 4.55
6.08 0.00 0.63 2.84 2.19 -2.71 2.52 0.01 1.70 0.00 0.60 -0.14 0.46 1.20 0.00 1.99 1.38 -0.68 1.74 2.05 0.00 1.91 -4.48 0.00 -2.05 0.00 4.55 4.55
0.64 0.00 -1.96 -1.22 -0.54 4.31 0.80 -1.52 4.27 0.00 -1.81 5.56 4.33 -1.14 0.00 -0.96 -0.78 -2.62 -0.34 0.60 0.00 4.56 -0.41 0.00 0.63 0.00 4.55 4.55


<font color=red>  [Part of this file has been deleted for brevity]</font>

0.68 0.00 -0.46 3.83 2.79 -1.46 1.37 3.83 -1.48 0.00 1.16 -1.91 -2.02 6.82 0.00 -0.89 1.86 -0.16 0.74 0.55 0.00 -1.76 -1.09 0.00 1.29 0.00 4.55 4.55
-1.76 0.00 -1.47 -5.11 -3.02 7.73 -3.04 -0.48 3.60 0.00 -3.02 7.19 3.72 -2.84 0.00 -1.20 -3.38 -2.45 -1.41 -1.11 0.00 2.18 5.11 0.00 5.28 0.00 4.55 4.55
0.46 0.00 -3.38 2.90 3.62 -4.43 0.41 2.59 -1.76 0.00 5.62 -2.10 0.37 2.26 0.00 2.21 4.56 5.10 1.00 0.58 0.00 -1.45 -0.16 0.00 -4.33 0.00 4.55 4.55
-1.37 0.00 -1.85 -4.16 -2.80 8.65 -3.47 -0.72 4.79 0.00 -2.93 8.47 5.65 -2.59 0.00 -3.01 -2.44 -3.24 -2.58 -1.09 0.00 4.21 4.61 0.00 4.92 0.00 4.55 4.55
-0.92 0.00 -2.85 -3.67 -2.36 7.63 -3.04 -1.53 6.73 0.00 -2.36 9.07 6.57 -2.83 0.00 -2.18 -1.98 -2.83 -2.16 -0.37 0.00 5.88 2.31 0.00 2.95 0.00 4.55 4.55
2.50 0.00 1.34 2.36 2.18 -3.29 4.63 -0.88 -1.28 0.00 3.40 -2.89 -1.22 2.55 0.00 2.15 0.77 1.35 6.78 2.17 0.00 -0.38 -0.55 0.00 -3.65 0.00 4.55 4.55
1.02 0.00 -1.72 3.71 4.55 -2.08 1.58 4.50 -0.15 0.00 1.28 -0.72 -0.80 4.39 0.00 0.76 2.95 0.85 0.40 0.82 0.00 0.37 -4.04 0.00 -0.70 0.00 4.55 4.55
3.93 0.00 3.10 -1.45 -1.41 0.69 1.36 -1.22 3.44 0.00 -2.02 1.49 1.37 -1.29 0.00 1.02 -1.35 -2.31 1.39 1.47 0.00 4.57 -4.96 0.00 1.71 0.00 4.55 4.55
1.56 0.00 -2.33 -1.98 -1.19 5.27 -1.79 -1.53 6.20 0.00 -1.58 7.38 5.92 -1.92 0.00 -0.93 -0.74 -2.57 -1.25 0.54 0.00 5.64 -0.10 0.00 0.99 0.00 4.55 4.55
2.04 0.00 -1.15 -1.62 -1.07 3.84 -0.65 -1.64 6.31 0.00 -1.46 6.55 5.21 -1.80 0.00 -0.27 -0.80 -2.45 -0.89 0.89 0.00 6.71 -1.83 0.00 0.39 0.00 4.55 4.55
1.22 0.00 2.14 -0.07 -0.16 -0.32 1.17 0.93 2.98 0.00 0.15 0.88 0.71 0.11 0.00 1.22 -0.17 0.12 1.82 1.14 0.00 4.24 -3.30 0.00 0.14 0.00 4.55 4.55
1.74 0.00 1.45 -0.36 -0.36 0.61 1.35 -1.63 6.05 0.00 -0.36 3.35 2.72 -0.81 0.00 0.88 -1.31 -1.63 0.37 5.00 0.00 6.82 -4.87 0.00 -1.01 0.00 4.55 4.55
1.42 0.00 -3.76 -2.40 -1.34 6.13 -2.08 -1.38 5.20 0.00 -1.73 8.38 6.78 -2.06 0.00 -1.08 -0.46 -2.71 -1.68 0.11 0.00 5.21 1.32 0.00 1.27 0.00 4.55 4.55
6.12 0.00 0.01 3.88 3.23 -3.77 2.78 2.33 -0.81 0.00 1.45 -1.51 -0.83 2.52 0.00 2.43 2.67 0.03 1.66 1.81 0.00 -0.03 -4.64 0.00 -1.76 0.00 4.55 4.55
2.54 0.00 0.90 1.55 1.86 -1.97 2.03 1.15 0.76 0.00 1.32 -0.58 0.08 1.35 0.00 2.06 0.94 1.21 2.83 2.93 0.00 1.42 -1.60 0.00 -1.96 0.00 4.55 4.55
-0.44 0.00 -0.44 1.18 1.18 -0.72 -0.83 6.01 0.50 0.00 1.15 0.18 0.26 1.53 0.00 1.40 2.54 3.53 -0.83 -0.15 0.00 1.27 -0.07 0.00 0.13 0.00 4.55 4.55
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