moleculefactory.java

化学图形处理软件

		mol.addBond(5, 10, 1.0); // 12
		return mol;

	}

	public static Molecule makeEthylPropylPhenantren()
	{
		Molecule mol = new Molecule();
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 0
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 1
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 2
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 3
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 4
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 5
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 6
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 7
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 8
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 9
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 10
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 11
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 12
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 13
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 14
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 15
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 16
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 17
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 18
		
		mol.addBond(0, 1, 1.0); // 1
		mol.addBond(1, 2, 2.0); // 2
		mol.addBond(2, 3, 1.0); // 3
		mol.addBond(3, 4, 2.0); // 4
		mol.addBond(4, 5, 1.0); // 5
		mol.addBond(5, 6, 2.0); // 6
		mol.addBond(6, 7, 1.0); // 8
		mol.addBond(7, 8, 2.0); // 9
		mol.addBond(8, 9, 1.0); // 10
		mol.addBond(9, 0, 2.0); // 11		
		mol.addBond(9, 4, 1.0); // 12
		mol.addBond(8, 10, 1.0); // 12
		mol.addBond(10, 11, 2.0); // 12
		mol.addBond(11, 12, 1.0); // 12
		mol.addBond(12, 13, 2.0); // 12
		mol.addBond(13, 7, 1.0); // 12
		mol.addBond(3, 14, 1.0); // 12
		mol.addBond(14, 15, 1.0); // 12
		mol.addBond(12, 16, 1.0); // 12		
		mol.addBond(16, 17, 1.0); // 12
		mol.addBond(17, 18, 1.0); // 12	
		configureAtoms(mol);
		return mol;
	}

	public static Molecule makeSteran()
	{
		Molecule mol = new Molecule();
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 0
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 1
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 2
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 3
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 4
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 5
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 6
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 7
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 8
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 9
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 10
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 11
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 12
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 13
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 14
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 15
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 16
		
		
		mol.addBond(0, 1, 1.0); // 1
		mol.addBond(1, 2,1.0); // 2
		mol.addBond(2, 3, 1.0); // 3
		mol.addBond(3, 4,1.0); // 4
		mol.addBond(4, 5, 1.0); // 5
		mol.addBond(5, 6,1.0); // 6
		mol.addBond(6, 7, 1.0); // 8
		mol.addBond(7, 8,1.0); // 9
		mol.addBond(8, 9, 1.0); // 10
		mol.addBond(9, 0,1.0); // 11		
		mol.addBond(9, 4, 1.0); // 12
		mol.addBond(8, 10, 1.0); // 13
		mol.addBond(10, 11,1.0); // 14
		mol.addBond(11, 12, 1.0); // 15
		mol.addBond(12, 13,1.0); // 16
		mol.addBond(13, 7, 1.0); // 17
		mol.addBond(13, 14, 1.0); // 18
		mol.addBond(14, 15, 1.0); // 19
		mol.addBond(15, 16, 1.0); // 20
		mol.addBond(16, 12, 1.0); // 21
		
		configureAtoms(mol);
		return mol;
	}

	
	public static Molecule makeAzulene()
	{
		Molecule mol = new Molecule();
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 0
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 1
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 2
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 3
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 4
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 5
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 6
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 7
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 8
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 9
		
		mol.addBond(0, 1, 2.0); // 1
		mol.addBond(1, 2, 1.0); // 2
		mol.addBond(2, 3, 2.0); // 3
		mol.addBond(3, 4, 1.0); // 4
		mol.addBond(4, 5, 2.0); // 5
		mol.addBond(5, 6, 1.0); // 6
		mol.addBond(6, 7, 2.0); // 8
		mol.addBond(7, 8, 1.0); // 9
		mol.addBond(8, 9, 2.0); // 10
		mol.addBond(9, 5, 1.0); // 11
		mol.addBond(9, 0, 1.0); // 12
		
		return mol;
	}

	public static Molecule makeIndole()
	{
		Molecule mol = new Molecule();
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 0
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 1
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 2
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 3
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 4
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 5
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 6
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 7
		mol.addAtom(new Atom("N")); // 8

		
		mol.addBond(0, 1, 2.0); // 1
		mol.addBond(1, 2, 1.0); // 2
		mol.addBond(2, 3, 2.0); // 3
		mol.addBond(3, 4, 1.0); // 4
		mol.addBond(4, 5, 2.0); // 5
		mol.addBond(5, 6, 1.0); // 6
		mol.addBond(6, 7, 2.0); // 8
		mol.addBond(7, 8, 1.0); // 9
		mol.addBond(0, 5, 1.0); // 11
		mol.addBond(8, 0, 1.0); // 12
		
		return mol;
	}

	
	public static Molecule makePyrrole()
	{
		Molecule mol = new Molecule();
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 0
		mol.addAtom(new Atom("N")); // 1
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 2
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 3
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 4
		
		mol.addBond(0, 1, 1.0); // 1
		mol.addBond(1, 2, 1.0); // 2
		mol.addBond(2, 3, 2.0); // 3
		mol.addBond(3, 4, 1.0); // 4
		mol.addBond(4, 0, 2.0); // 5
		
		return mol;
	}

	public static Molecule makeThiazole()
	{
		Molecule mol = new Molecule();
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 0
		mol.addAtom(new Atom("N")); // 1
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 2
		mol.addAtom(new Atom("S")); // 3
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 4
		
		mol.addBond(0, 1, 1.0); // 1
		mol.addBond(1, 2, 2.0); // 2
		mol.addBond(2, 3, 1.0); // 3
		mol.addBond(3, 4, 1.0); // 4
		mol.addBond(4, 0, 2.0); // 5
		
		return mol;
	}	

	
	public static Molecule makeSingleRing()
	{
		Molecule mol = new Molecule();
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 0
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 1
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 2
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 3
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 4
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 5
//		mol.addAtom(new Atom("C")); // 6
//		mol.addAtom(new Atom("C")); // 7
//		mol.addAtom(new Atom("C")); // 8
//		mol.addAtom(new Atom("C")); // 9
		
		mol.addBond(0, 1, 1.0); // 1
		mol.addBond(1, 2, 1.0); // 2
		mol.addBond(2, 3, 1.0); // 3
		mol.addBond(3, 4, 1.0); // 4
		mol.addBond(4, 5, 1.0); // 5
		mol.addBond(5, 0, 1.0); // 6
//		mol.addBond(5, 6, 1.0); // 7
//		mol.addBond(6, 7, 1.0); // 8
//		mol.addBond(7, 4, 1.0); // 9
//		mol.addBond(8, 0, 1.0); // 10
//		mol.addBond(9, 1, 1.0); // 11		
		
			
		return mol;
	}
	

	public static Molecule makeDiamantane()
	{
		Molecule mol = new Molecule();
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 0
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 1
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 2
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 3
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 4
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 5
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 6
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 7
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 8
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 9
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 10
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 11
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 12
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 13
		
		
		mol.addBond(0, 1, 1.0); // 1
		mol.addBond(1, 2, 1.0); // 2
		mol.addBond(2, 3, 1.0); // 3
		mol.addBond(3, 4, 1.0); // 4
		mol.addBond(4, 5, 1.0); // 5
		mol.addBond(5, 0, 1.0); // 6
		mol.addBond(5, 6, 1.0); // 7
		mol.addBond(6, 9, 1.0); // 8
		mol.addBond(1, 7, 1.0); // 9
		mol.addBond(7, 9, 1.0); // 10
		mol.addBond(3, 8, 1.0); // 11		
		mol.addBond(8, 9, 1.0); // 12
		mol.addBond(0, 10, 1.0); // 13
		mol.addBond(10, 13, 1.0); // 14
		mol.addBond(2, 11, 1.0); // 15
		mol.addBond(11, 13, 1.0); // 16
		mol.addBond(4, 12, 1.0); // 17		
		mol.addBond(12, 13, 1.0); // 18		
				
		return mol;
	}


	public static Molecule makeBranchedAliphatic()
	{
		Molecule mol = new Molecule();
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 0
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 1
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 2
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 3
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 4
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 5
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 6
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 7
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 8
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 9
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 10
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 11
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 12
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 13
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 14
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 15
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 16
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 17
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 18
		
		mol.addBond(0, 1, 1.0); // 1
		mol.addBond(1, 2, 1.0); // 2
		mol.addBond(2, 3, 2.0); // 3
		mol.addBond(3, 4, 1.0); // 4
		mol.addBond(4, 5, 1.0); // 5
		mol.addBond(2, 6, 1.0); // 6
		mol.addBond(6, 7, 1.0); // 7
		mol.addBond(7, 8, 1.0); // 8
		mol.addBond(6, 9, 1.0); // 9
		mol.addBond(6, 10, 1.0); // 10
		mol.addBond(10, 11, 1.0); // 11
		mol.addBond(8, 12, 3.0); // 12
		mol.addBond(12, 13, 1.0); // 13
		mol.addBond(11, 14, 1.0); // 14
		mol.addBond(9, 15, 1.0);
		mol.addBond(15, 16, 2.0);
		mol.addBond(16, 17, 2.0);
		mol.addBond(17, 18, 1.0);
		
		
		return mol;
	}

	public static Molecule makeBenzene()
	{
		Molecule mol = new Molecule();
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 0
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 1
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 2
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 3
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 4
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 5
		
		mol.addBond(0, 1, 1.0); // 1
		mol.addBond(1, 2, 2.0); // 2
		mol.addBond(2, 3, 1.0); // 3
		mol.addBond(3, 4, 2.0); // 4
		mol.addBond(4, 5, 1.0); // 5
		mol.addBond(5, 0, 2.0); // 6
		return mol;
	}
	
	public static Molecule makeQuinone()
	{
		Molecule mol = new Molecule();
		mol.addAtom(new Atom("O")); // 0
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 1
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 2
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 3
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 4
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 5
		mol.addAtom(new Atom("C")); // 6
		mol.addAtom(new Atom("O")); // 7
		
		mol.addBond(0, 1, 2.0); // 1
		mol.addBond(1, 2, 1.0); // 2
		mol.addBond(2, 3, 2.0); // 3
		mol.addBond(3, 4, 1.0); // 4
		mol.addBond(4, 5, 1.0); // 5
		mol.addBond(5, 6, 2.0); // 6
		mol.addBond(6, 1, 1.0); // 7
		mol.addBond(4, 7, 2.0); // 8
		return mol;
	}
	
	
	public static org.openscience.cdk.interfaces.IMolecule loadMolecule(String inFile)
	{
		MDLReader mr = null;
		ChemFile chemFile = null;
		org.openscience.cdk.interfaces.IChemSequence chemSequence = null;
		org.openscience.cdk.interfaces.IChemModel chemModel = null;
		org.openscience.cdk.interfaces.IMoleculeSet setOfMolecules = null;
		org.openscience.cdk.interfaces.IMolecule molecule = null;
		try
		{
			FileInputStream fis = new FileInputStream(inFile);
			mr = new MDLReader(fis);
			chemFile = (ChemFile)mr.read((ChemObject)new ChemFile());
			fis.close();
			chemSequence = chemFile.getChemSequence(0);
			chemModel = chemSequence.getChemModel(0);
			setOfMolecules = chemModel.getMoleculeSet();
			molecule = setOfMolecules.getMolecule(0);
			for (int i = 0; i < molecule.getAtomCount(); i++)
			{
				molecule.getAtom(i).setPoint2d(null);
			}
		}
		catch(Exception exc)
		{
			// we just return null if something went wrong
            logger.error("An exception occured while loading a molecule: " + inFile);
            logger.debug(exc);
		}
		
		return molecule;
	}

	private static void configureAtoms(Molecule mol)
	{
		try
		{
            IsotopeFactory.getInstance(mol.getBuilder()).configureAtoms(mol);
		}
		catch(Exception exc)
		{
            logger.error("Could not configure molecule!");
            logger.debug(exc);
		}
	}

}