matrices.h

经典生物信息学多序列比对工具clustalw

char *amino_acid_order = "ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ";

short blosum30mt[]={
  4,
  0,  5,
 -3, -2, 17,
  0,  5, -3,  9,
  0,  0,  1,  1,  6,
 -2, -3, -3, -5, -4, 10,
  0,  0, -4, -1, -2, -3,  8,
 -2, -2, -5, -2,  0, -3, -3, 14,
  0, -2, -2, -4, -3,  0, -1, -2,  6,
  0,  0, -3,  0,  2, -1, -1, -2, -2,  4,
 -1, -1,  0, -1, -1,  2, -2, -1,  2, -2,  4,
  1, -2, -2, -3, -1, -2, -2,  2,  1,  2,  2,  6,
  0,  4, -1,  1, -1, -1,  0, -1,  0,  0, -2,  0,  8,
 -1, -2, -3, -1,  1, -4, -1,  1, -3,  1, -3, -4, -3, 11,
  1, -1, -2, -1,  2, -3, -2,  0, -2,  0, -2, -1, -1,  0,  8,
 -1, -2, -2, -1, -1, -1, -2, -1, -3,  1, -2,  0, -2, -1,  3,  8,
  1,  0, -2,  0,  0, -1,  0, -1, -1,  0, -2, -2,  0, -1, -1, -1,  4,
  1,  0, -2, -1, -2, -2, -2, -2,  0, -1,  0,  0,  1,  0,  0, -3,  2,  5,
  1, -2, -2, -2, -3,  1, -3, -3,  4, -2,  1,  0, -2, -4, -3, -1, -1,  1,  5,
 -5, -5, -2, -4, -1,  1,  1, -5, -3, -2, -2, -3, -7, -3, -1,  0, -3, -5, -3, 20,
  0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1,  0,  0,  0,  0,  0, -1,  0, -1,  0,  0,  0, -2, -1,
 -4, -3, -6, -1, -2,  3, -3,  0, -1, -1,  3, -1, -4, -2, -1,  0, -2, -1,  1,  5, -1,  9,
  0,  0,  0,  0,  5, -4, -2,  0, -3,  1, -1, -1, -1,  0,  4,  0, -1, -1, -3, -1,  0, -2,  4};

/*
short blosum35mt[]={
  5,
 -1,  5,
 -2, -2, 15,
 -1,  5, -3,  8,
 -1,  0, -1,  2,  6,
 -2, -2, -4, -3, -3,  8,
  0,  0, -3, -2, -2, -3,  7,
 -2,  0, -4,  0, -1, -3, -2, 12,
 -1, -2, -4, -3, -3,  1, -3, -3,  5,
  0,  0, -2, -1,  1, -1, -1, -2, -2,  5,
 -2, -2, -2, -2, -1,  2, -3, -2,  2, -2,  5,
  0, -2, -4, -3, -2,  0, -1,  1,  1,  0,  3,  6,
 -1,  4, -1,  1, -1, -1,  1,  1, -1,  0, -2, -1,  7,
 -2, -1, -4, -1,  0, -4, -2, -1, -1,  0, -3, -3, -2, 10,
  0,  0, -3, -1,  2, -4, -2, -1, -2,  0, -2, -1,  1,  0,  7,
 -1, -1, -3, -1, -1, -1, -2, -1, -3,  2, -2,  0, -1, -2,  2,  8,
  1,  0, -3, -1,  0, -1,  1, -1, -2,  0, -2, -1,  0, -2,  0, -1,  4,
  0, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1,  0,  0,  0,  0,  0,  0, -2,  2,  5,
  0, -2, -2, -2, -2,  1, -3, -4,  4, -2,  2,  1, -2, -3, -3, -1, -1,  1,  5,
 -2, -3, -5, -3, -1,  1, -1, -4, -1,  0,  0,  1, -2, -4, -1,  0, -2, -2, -2, 16,
  0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1,  0,  0,  0,  0,  0, -1, -1, -1,  0,  0,  0, -1, -1,
 -1, -2, -5, -2, -1,  3, -2,  0,  0, -1,  0,  0, -2, -3,  0,  0, -1, -2,  0,  3, -1,  8,
 -1,  0, -2,  1,  5, -3, -2, -1, -3,  1, -2, -2,  0,  0,  4,  0,  0, -1, -2, -1,  0, -1,  4};
*/
short blosum40mt[]={
  5,
 -1,  5,
 -2, -2, 16,
 -1,  6, -2,  9,
 -1,  1, -2,  2,  7,
 -3, -3, -2, -4, -3,  9,
  1, -1, -3, -2, -3, -3,  8,
 -2,  0, -4,  0,  0, -2, -2, 13,
 -1, -3, -4, -4, -4,  1, -4, -3,  6,
 -1,  0, -3,  0,  1, -3, -2, -1, -3,  6,
 -2, -3, -2, -3, -2,  2, -4, -2,  2, -2,  6,
 -1, -3, -3, -3, -2,  0, -2,  1,  1, -1,  3,  7,
 -1,  4, -2,  2, -1, -3,  0,  1, -2,  0, -3, -2,  8,
 -2, -2, -5, -2,  0, -4, -1, -2, -2, -1, -4, -2, -2, 11,
  0,  0, -4, -1,  2, -4, -2,  0, -3,  1, -2, -1,  1, -2,  8,
 -2, -1, -3, -1, -1, -2, -3,  0, -3,  3, -2, -1,  0, -3,  2,  9,
  1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  1, -1,  5,
  0,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1,  0, -1, -1,  0,  0, -1, -2,  2,  6,
  0, -3, -2, -3, -3,  0, -4, -4,  4, -2,  2,  1, -3, -3, -3, -2, -1,  1,  5,
 -3, -4, -6, -5, -2,  1, -2, -5, -3, -2, -1, -2, -4, -4, -1, -2, -5, -4, -3, 19,
  0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -2, -1,
 -2, -3, -4, -3, -2,  4, -3,  2,  0, -1,  0,  1, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1,  3, -1,  9,
 -1,  2, -3,  1,  5, -4, -2,  0, -4,  1, -2, -2,  0, -1,  4,  0,  0, -1, -3, -2, -1, -2,  5};

short blosum45mt[]={
  5,
 -1,  4,
 -1, -2, 12,
 -2,  5, -3,  7,
 -1,  1, -3,  2,  6,
 -2, -3, -2, -4, -3,  8,
  0, -1, -3, -1, -2, -3,  7,
 -2,  0, -3,  0,  0, -2, -2, 10,
 -1, -3, -3, -4, -3,  0, -4, -3,  5,
 -1,  0, -3,  0,  1, -3, -2, -1, -3,  5,
 -1, -3, -2, -3, -2,  1, -3, -2,  2, -3,  5,
 -1, -2, -2, -3, -2,  0, -2,  0,  2, -1,  2,  6,
 -1,  4, -2,  2,  0, -2,  0,  1, -2,  0, -3, -2,  6,
 -1, -2, -4, -1,  0, -3, -2, -2, -2, -1, -3, -2, -2,  9,
 -1,  0, -3,  0,  2, -4, -2,  1, -2,  1, -2,  0,  0, -1,  6,
 -2, -1, -3, -1,  0, -2, -2,  0, -3,  3, -2, -1,  0, -2,  1,  7,
  1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2, -1, -3, -2,  1, -1,  0, -1,  4,
  0,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  2,  5,
  0, -3, -1, -3, -3,  0, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -3, -3, -2, -1,  0,  5,
 -2, -4, -5, -4, -3,  1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -4, -3, -2, -2, -4, -3, -3, 15,
  0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,  0,  0, -1, -2, -1,
 -2, -2, -3, -2, -2,  3, -3,  2,  0, -1,  0,  0, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1,  3, -1,  8,
 -1,  2, -3,  1,  4, -3, -2,  0, -3,  1, -2, -1,  0, -1,  4,  0,  0, -1, -3, -2, -1, -2,  4};

/*
short blosum50mt[]={
  5,
 -2,  5,
 -1, -3, 13,
 -2,  5, -4,  8,
 -1,  1, -3,  2,  6,
 -3, -4, -2, -5, -3,  8,
  0, -1, -3, -1, -3, -4,  8,
 -2,  0, -3, -1,  0, -1, -2, 10,
 -1, -4, -2, -4, -4,  0, -4, -4,  5,
 -1,  0, -3, -1,  1, -4, -2,  0, -3,  6,
 -2, -4, -2, -4, -3,  1, -4, -3,  2, -3,  5,
 -1, -3, -2, -4, -2,  0, -3, -1,  2, -2,  3,  7,
 -1,  4, -2,  2,  0, -4,  0,  1, -3,  0, -4, -2,  7,
 -1, -2, -4, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -4, -3, -2, 10,
 -1,  0, -3,  0,  2, -4, -2,  1, -3,  2, -2,  0,  0, -1,  7,
 -2, -1, -4, -2,  0, -3, -3,  0, -4,  3, -3, -2, -1, -3,  1,  7,
  1,  0, -1,  0, -1, -3,  0, -1, -3,  0, -3, -2,  1, -1,  0, -1,  5,
  0,  0, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  2,  5,
  0, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4,  4, -3,  1,  1, -3, -3, -3, -3, -2,  0,  5,
 -3, -5, -5, -5, -3,  1, -3, -3, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -1, -3, -4, -3, -3, 15,
 -1, -1, -2, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1,  0, -1, -3, -1,
 -2, -3, -3, -3, -2,  4, -3,  2, -1, -2, -1,  0, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -1,  2, -1,  8,
 -1,  2, -3,  1,  5, -4, -2,  0, -3,  1, -3, -1,  0, -1,  4,  0,  0, -1, -3, -2, -1, -2,  5};

short blosum55mt[]={
  5,
 -2,  5,
  0, -4, 13,
 -2,  5, -4,  8,
 -1,  1, -4,  2,  7,
 -3, -5, -3, -5, -4,  9,
  0, -1, -3, -2, -3, -4,  8,
 -2,  0, -4, -1, -1, -1, -2, 11,
 -2, -4, -2, -4, -4,  0, -5, -4,  6,
 -1,  0, -4, -1,  1, -4, -2,  0, -4,  6,
 -2, -4, -2, -5, -4,  1, -5, -3,  2, -3,  6,
 -1, -3, -2, -4, -3,  0, -3, -2,  2, -2,  3,  8,
 -2,  4, -3,  2,  0, -4,  0,  1, -4,  0, -4, -3,  8,
 -1, -2, -3, -2, -1, -5, -3, -3, -3, -1, -4, -3, -2, 10,
 -1,  0, -4,  0,  2, -4, -2,  1, -4,  2, -3,  0,  0, -1,  7,
 -2, -1, -4, -2,  0, -3, -3,  0, -4,  3, -3, -2, -1, -3,  1,  8,
  2,  0, -1,  0,  0, -3,  0, -1, -3,  0, -3, -2,  1, -1,  0, -1,  5,
  0, -1, -1, -1, -1, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -1,  0, -1, -1, -1,  2,  6,
  0, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4,  4, -3,  1,  1, -4, -3, -3, -3, -2,  0,  5,
 -4, -5, -4, -5, -3,  2, -3, -3, -3, -4, -3, -2, -5, -5, -2, -3, -4, -3, -4, 15,
 -1, -1, -2, -2, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -3, -1,
 -2, -3, -3, -3, -2,  4, -4,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -4, -1, -2, -2, -2, -2,  3, -1,  9,
 -1,  2, -4,  1,  5, -4, -3,  0, -4,  1, -3, -2,  0, -1,  4,  0,  0, -1, -3, -3, -1, -2,  5};


short blosum62mt[]={
  4,
 -2,  4,
  0, -3,  9,
 -2,  4, -3,  6,
 -1,  1, -4,  2,  5,
 -2, -3, -2, -3, -3,  6,
  0, -1, -3, -1, -2, -3,  6,
 -2,  0, -3, -1,  0, -1, -2,  8,
 -1, -3, -1, -3, -3,  0, -4, -3,  4,
 -1,  0, -3, -1,  1, -3, -2, -1, -3,  5,
 -1, -4, -1, -4, -3,  0, -4, -3,  2, -2,  4,
 -1, -3, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  2,  5,
 -2,  3, -3,  1,  0, -3,  0,  1, -3,  0, -3, -2,  6,
 -1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2,  7,
 -1,  0, -3,  0,  2, -3, -2,  0, -3,  1, -2,  0,  0, -1,  5,
 -1, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  0, -3,  2, -2, -1,  0, -2,  1,  5,
  1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -2, -1,  1, -1,  0, -1,  4,
  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  1,  5,
  0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -2, -2, -3, -2,  0,  4,
 -3, -4, -2, -4, -3,  1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 11,
  0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -2, -1,
 -2, -3, -2, -3, -2,  3, -3,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1,  2, -1,  7,
 -1,  1, -3,  1,  4, -3, -2,  0, -3,  1, -3, -1,  0, -1,  3,  0,  0, -1, -2, -3, -1, -2,  4};
*/

short blosum62mt2[]={
  8,
 -4,  8,
  0, -6, 18,
 -4,  8, -6, 12,
 -2,  2, -8,  4, 10,
 -4, -6, -4, -6, -6, 12,
  0, -2, -6, -2, -4, -6, 12,
 -4,  0, -6, -2,  0, -2, -4, 16,
 -2, -6, -2, -6, -6,  0, -8, -6,  8,
 -2,  0, -6, -2,  2, -6, -4, -2, -6, 10,
 -2, -8, -2, -8, -6,  0, -8, -6,  4, -4,  8,
 -2, -6, -2, -6, -4,  0, -6, -4,  2, -2,  4, 10,
 -4,  6, -6,  2,  0, -6,  0,  2, -6,  0, -6, -4, 12,
 -2, -4, -6, -2, -2, -8, -4, -4, -6, -2, -6, -4, -4, 14,
 -2,  0, -6,  0,  4, -6, -4,  0, -6,  2, -4,  0,  0, -2, 10,
 -2, -2, -6, -4,  0, -6, -4,  0, -6,  4, -4, -2,  0, -4,  2, 10,
  2,  0, -2,  0,  0, -4,  0, -2, -4,  0, -4, -2,  2, -2,  0, -2,  8,
  0, -2, -2, -2, -2, -4, -4, -4, -2, -2, -2, -2,  0, -2, -2, -2,  2, 10,
  0, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -6,  6, -4,  2,  2, -6, -4, -4, -6, -4,  0,  8,
 -6, -8, -4, -8, -6,  2, -4, -4, -6, -6, -4, -2, -8, -8, -4, -6, -6, -4, -6, 22,
  0, -2, -4, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -4, -2, -2,  0,  0, -2, -4, -2,
 -4, -6, -4, -6, -4,  6, -6,  4, -2, -4, -2, -2, -4, -6, -2, -4, -4, -4, -2,  4, -2, 14,
 -2,  2, -6,  2,  8, -6, -4,  0, -6,  2, -6, -2,  0, -2,  6,  0,  0, -2, -4, -6, -2, -4,  8};

/*
short blosum65mt[]={
  4,
 -2,  4,
  0, -3,  9,
 -2,  4, -4,  6,
 -1,  1, -4,  2,  5,
 -2, -3, -2, -4, -3,  6,
  0, -1, -3, -1, -2, -3,  6,
 -2,  0, -3, -1,  0, -1, -2,  8,
 -1, -3, -1, -3, -3,  0, -4, -3,  4,
 -1,  0, -3, -1,  1, -3, -2, -1, -3,  5,
 -2, -4, -1, -4, -3,  0, -4, -3,  2, -3,  4,
 -1, -3, -2, -3, -2,  0, -3, -2,  1, -2,  2,  6,
 -2,  3, -3,  1,  0, -3, -1,  1, -3,  0, -4, -2,  6,
 -1, -2, -3, -2, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -3, -2,  8,
 -1,  0, -3,  0,  2, -3, -2,  1, -3,  1, -2,  0,  0, -1,  6,
 -1, -1, -4, -2,  0, -3, -2,  0, -3,  2, -2, -2,  0, -2,  1,  6,
  1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  0, -1,  4,
  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  1,  5,
  0, -3, -1, -3, -3, -1, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -2, -2, -3, -2,  0,  4,
 -3, -4, -2, -5, -3,  1, -3, -2, -2, -3, -2, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -3, -3, 10,
 -1, -1, -2, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1,
 -2, -3, -2, -3, -2,  3, -3,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -1,  2, -1,  7,
 -1,  1, -4,  1,  4, -3, -2,  0, -3,  1, -3, -2,  0, -1,  3,  0,  0, -1, -2, -3, -1, -2,  4};

short blosum70mt[]={
  4,
 -2,  4,
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 -2,  4, -4,  6,
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  0, -1, -3, -2, -2, -4,  6,
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 -1, -1, -2, -2, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -3, -1,
 -2, -3, -3, -4, -3,  3, -4,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -2,  2, -2,  7,
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short blosum75mt[]={
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short blosum80mt[]={
  7,