regularization.h

C-package of "Long Short-Term Memory" for Protein classification

};

// GONNET 500 (Originalwert - globalmin) / globalmax  -5.2 14.2
// values < 0 are set to 0.
const static double gonnet500skal0[AAS][AAS] = {
  { 1.000, 0.000, 0.178, 0.178, 0.186, 0.000, 0.178, 0.203, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.186, 0.195, 0.186, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.000, 1.000, 0.203, 0.195, 0.000, 0.212, 0.203, 0.000, 0.195, 0.000, 0.000, 0.246, 0.000, 0.000, 0.000, 0.186, 0.178, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.178, 0.203, 1.000, 0.246, 0.000, 0.203, 0.220, 0.212, 0.203, 0.000, 0.000, 0.203, 0.000, 0.000, 0.000, 0.195, 0.186, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.178, 0.195, 0.246, 1.000, 0.000, 0.212, 0.254, 0.212, 0.195, 0.000, 0.000, 0.212, 0.000, 0.000, 0.178, 0.203, 0.186, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.186, 0.000, 0.000, 0.000, 1.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.178, 0.000, 0.000, 0.178, 0.186, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.000, 0.212, 0.203, 0.212, 0.000, 1.000, 0.212, 0.000, 0.195, 0.000, 0.000, 0.212, 0.000, 0.000, 0.178, 0.186, 0.178, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.178, 0.203, 0.220, 0.254, 0.000, 0.212, 1.000, 0.178, 0.195, 0.000, 0.000, 0.220, 0.000, 0.000, 0.178, 0.195, 0.186, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.203, 0.000, 0.212, 0.212, 0.000, 0.000, 0.178, 1.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.203, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.000, 0.195, 0.203, 0.195, 0.000, 0.195, 0.195, 0.000, 1.000, 0.000, 0.000, 0.195, 0.000, 0.178, 0.000, 0.178, 0.000, 0.000, 0.229, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 1.000, 0.288, 0.000, 0.271, 0.254, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.195, 0.271, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.288, 1.000, 0.000, 0.271, 0.280, 0.000, 0.000, 0.000, 0.195, 0.220, 0.263, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.000, 0.246, 0.203, 0.212, 0.000, 0.212, 0.220, 0.000, 0.195, 0.000, 0.000, 1.000, 0.000, 0.000, 0.178, 0.186, 0.186, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.271, 0.271, 0.000, 1.000, 0.254, 0.000, 0.000, 0.000, 0.178, 0.203, 0.246, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.178, 0.254, 0.280, 0.000, 0.254, 1.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.407, 0.407, 0.220, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.186, 0.000, 0.000, 0.178, 0.000, 0.178, 0.178, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.178, 0.000, 0.000, 1.000, 0.195, 0.186, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.195, 0.186, 0.195, 0.203, 0.178, 0.186, 0.195, 0.203, 0.178, 0.000, 0.000, 0.186, 0.000, 0.000, 0.195, 1.000, 0.195, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.186, 0.178, 0.186, 0.186, 0.000, 0.178, 0.186, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.186, 0.000, 0.000, 0.186, 0.195, 1.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.195, 0.000, 0.178, 0.407, 0.000, 0.000, 0.000, 1.000, 0.432, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.178, 0.000, 0.000, 0.000, 0.229, 0.195, 0.220, 0.000, 0.203, 0.407, 0.000, 0.000, 0.000, 0.432, 1.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.186, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.271, 0.263, 0.000, 0.246, 0.220, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 1.000, 0.000, 0.000, 0.000},
  { 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 1.000, 0.000, 0.000},
  { 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 1.000, 0.000},
  { 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 1.000}
};


// HSDM (value - globalmin) / globalmax -11.46 19.05
const static double hsdm[AAS][AAS] = {
  { 0.5559, 0.3022, 0.3176, 0.2976, 0.3904, 0.3048, 0.3602, 0.3963, 0.2770, 0.3192, 0.3399, 0.3356, 0.3809, 0.2963, 0.3392, 0.4172, 0.3953, 0.2901, 0.2373, 0.3809 },
  { 0.3022, 0.6572, 0.3835, 0.3648, 0.1695, 0.3514, 0.4684, 0.2645, 0.3986, 0.2468, 0.2829, 0.5031, 0.3287, 0.2327, 0.4186, 0.3592, 0.3868, 0.4090, 0.3425, 0.2511 },
  { 0.3176, 0.3835, 0.7034, 0.5090, 0.1616, 0.4222, 0.3628, 0.4136, 0.4336, 0.1862, 0.1908, 0.4294, 0.2225, 0.1717, 0.2697, 0.4261, 0.4130, 0.1695, 0.3451, 0.1904 },
  { 0.2976, 0.3648, 0.5090, 0.7365, 0.1468, 0.4117, 0.4546, 0.2475, 0.3861, 0.1731, 0.1327, 0.4258, 0.1173, 0.2098, 0.4022, 0.4523, 0.3310, 0.1911, 0.2494, 0.1757 },
  { 0.3904, 0.1695, 0.1616, 0.1468, 1.0000, 0.2947, 0.2216, 0.1888, 0.1806, 0.3714, 0.3487, 0.1577, 0.4903, 0.4320, 0.1560, 0.4110, 0.3137, 0.2770, 0.3612, 0.4189 },
  { 0.3048, 0.3514, 0.4222, 0.4117, 0.2947, 0.6329, 0.4792, 0.3677, 0.3022, 0.2688, 0.2262, 0.4818, 0.3179, 0.1940, 0.4182, 0.4605, 0.4110, 0.2347, 0.3189, 0.2127 },
  { 0.3602, 0.4684, 0.3628, 0.4546, 0.2216, 0.4792, 0.6519, 0.3166, 0.3333, 0.1826, 0.1914, 0.4766, 0.2465, 0.2301, 0.3615, 0.3894, 0.3556, 0.1698, 0.2281, 0.2370 },
  { 0.3963, 0.2645, 0.4136, 0.2475, 0.1888, 0.3677, 0.3166, 0.7571, 0.3350, 0.0944, 0.1609, 0.3160, 0.2022, 0.1311, 0.3169, 0.3963, 0.3022, 0.2193, 0.2334, 0.2012 },
  { 0.2770, 0.3986, 0.4336, 0.3861, 0.1806, 0.3022, 0.3333, 0.3350, 0.8909, 0.2301, 0.2940, 0.3700, 0.2557, 0.3838, 0.2593, 0.2976, 0.3382, 0.1885, 0.4140, 0.3222 },
  { 0.3192, 0.2468, 0.1862, 0.1731, 0.3714, 0.2688, 0.1826, 0.0944, 0.2301, 0.5965, 0.5021, 0.2176, 0.4720, 0.4510, 0.2432, 0.2225, 0.2763, 0.3671, 0.3730, 0.5470 },
  { 0.3399, 0.2829, 0.1908, 0.1327, 0.3487, 0.2262, 0.1914, 0.1609, 0.2940, 0.5021, 0.5847, 0.1819, 0.5172, 0.5034, 0.2812, 0.1717, 0.2970, 0.3566, 0.4349, 0.4503 },
  { 0.3356, 0.5031, 0.4294, 0.4258, 0.1577, 0.4818, 0.4766, 0.3160, 0.3700, 0.2176, 0.1819, 0.6454, 0.1963, 0.1727, 0.3360, 0.3668, 0.3635, 0.1970, 0.2435, 0.2586 },
  { 0.3809, 0.3287, 0.2225, 0.1173, 0.4903, 0.3179, 0.2465, 0.2022, 0.2557, 0.4720, 0.5172, 0.1963, 0.7103, 0.4628, 0.3094, 0.2471, 0.2058, 0.5159, 0.2134, 0.4143 },
  { 0.2963, 0.2327, 0.1717, 0.2098, 0.4320, 0.1940, 0.2301, 0.1311, 0.3838, 0.4510, 0.5034, 0.1727, 0.4628, 0.6752, 0.2786, 0.2108, 0.2445, 0.5883, 0.5520, 0.3927 },
  { 0.3392, 0.4186, 0.2697, 0.4022, 0.1560, 0.4182, 0.3615, 0.3169, 0.2593, 0.2432, 0.2812, 0.3360, 0.3094, 0.2786, 0.8122, 0.3337, 0.4556, 0.0000, 0.1327, 0.2999 },
  { 0.4172, 0.3592, 0.4261, 0.4523, 0.4110, 0.4605, 0.3894, 0.3963, 0.2976, 0.2225, 0.1717, 0.3668, 0.2471, 0.2108, 0.3337, 0.5837, 0.4769, 0.2301, 0.2389, 0.2874 },
  { 0.3953, 0.3868, 0.4130, 0.3310, 0.3137, 0.4110, 0.3556, 0.3022, 0.3382, 0.2763, 0.2970, 0.3635, 0.2058, 0.2445, 0.4556, 0.4769, 0.5831, 0.2593, 0.2799, 0.3681 },
  { 0.2901, 0.4090, 0.1695, 0.1911, 0.2770, 0.2347, 0.1698, 0.2193, 0.1885, 0.3671, 0.3566, 0.1970, 0.5159, 0.5883, 0.0000, 0.2301, 0.2593, 0.9682, 0.5982, 0.3058 },
  { 0.2373, 0.3425, 0.3451, 0.2494, 0.3612, 0.3189, 0.2281, 0.2334, 0.4140, 0.3730, 0.4349, 0.2435, 0.2134, 0.5520, 0.1327, 0.2389, 0.2799, 0.5982, 0.7335, 0.3972 },
  { 0.3809, 0.2511, 0.1904, 0.1757, 0.4189, 0.2127, 0.2370, 0.2012, 0.3222, 0.5470, 0.4503, 0.2586, 0.4143, 0.3927, 0.2999, 0.2874, 0.3681, 0.3058, 0.3972, 0.5487 }
};

// SDM (value - globalmin) / globalmax -5.34 6.99
const static double sdm[AAS][AAS] = {
  { 0.6026, 0.3925, 0.3869, 0.3739, 0.4599, 0.3723, 0.4234, 0.4550, 0.3179, 0.3544, 0.4015, 0.4023, 0.4298, 0.3715, 0.3901, 0.4607, 0.4436, 0.3796, 0.3317, 0.4347 },
  { 0.3925, 0.6659, 0.4818, 0.4436, 0.3277, 0.4436, 0.5134, 0.3552, 0.4769, 0.3195, 0.3366, 0.5483, 0.3820, 0.3195, 0.4501, 0.4282, 0.4209, 0.4298, 0.3723, 0.3098 },
  { 0.3869, 0.4818, 0.7251, 0.5775, 0.2644, 0.4599, 0.4201, 0.4972, 0.4947, 0.2360, 0.2628, 0.5004, 0.2701, 0.2506, 0.3439, 0.4655, 0.4574, 0.1987, 0.4039, 0.2571 },
  { 0.3739, 0.4436, 0.5775, 0.7591, 0.2295, 0.4607, 0.5304, 0.3358, 0.4323, 0.2084, 0.2182, 0.4866, 0.2238, 0.2555, 0.4915, 0.4907, 0.3723, 0.2782, 0.3350, 0.2693 },
  { 0.4599, 0.3277, 0.2644, 0.2295, 1.0000, 0.3658, 0.2733, 0.2620, 0.3114, 0.4436, 0.4079, 0.2555, 0.5174, 0.5247, 0.2555, 0.4582, 0.3852, 0.3715, 0.4436, 0.4607 },
  { 0.3723, 0.4436, 0.4599, 0.4607, 0.3658, 0.6440, 0.5328, 0.4234, 0.3958, 0.3139, 0.3122, 0.5077, 0.4225, 0.2457, 0.4526, 0.5174, 0.4818, 0.3674, 0.3836, 0.3212 },
  { 0.4234, 0.5134, 0.4201, 0.5304, 0.2733, 0.5328, 0.6740, 0.3998, 0.3828, 0.2863, 0.2620, 0.5231, 0.2822, 0.3025, 0.4120, 0.4582, 0.4161, 0.2141, 0.3001, 0.2839 },
  { 0.4550, 0.3552, 0.4972, 0.3358, 0.2620, 0.4234, 0.3998, 0.7867, 0.4006, 0.1955, 0.2725, 0.3755, 0.2822, 0.2165, 0.4298, 0.4566, 0.3674, 0.3350, 0.3017, 0.2741 },
  { 0.3179, 0.4769, 0.4947, 0.4323, 0.3114, 0.3958, 0.3828, 0.4006, 0.9108, 0.2903, 0.3577, 0.4582, 0.3487, 0.4152, 0.3163, 0.3731, 0.3909, 0.3131, 0.4234, 0.4047 },
  { 0.3544, 0.3195, 0.2360, 0.2084, 0.4436, 0.3139, 0.2863, 0.1955, 0.2903, 0.6569, 0.5596, 0.2863, 0.5134, 0.4947, 0.2709, 0.2912, 0.3552, 0.4534, 0.4396, 0.5904 },
  { 0.4015, 0.3366, 0.2628, 0.2182, 0.4079, 0.3122, 0.2620, 0.2725, 0.3577, 0.5596, 0.6302, 0.2741, 0.5637, 0.5328, 0.3066, 0.2466, 0.3633, 0.4217, 0.4899, 0.4988 },
  { 0.4023, 0.5483, 0.5004, 0.4866, 0.2555, 0.5077, 0.5231, 0.3755, 0.4582, 0.2863, 0.2741, 0.6691, 0.3017, 0.2376, 0.4177, 0.4282, 0.4250, 0.2758, 0.2936, 0.3301 },
  { 0.4298, 0.3820, 0.2701, 0.2238, 0.5174, 0.4225, 0.2822, 0.2822, 0.3487, 0.5134, 0.5637, 0.3017, 0.7372, 0.4980, 0.3447, 0.3244, 0.3049, 0.5036, 0.3998, 0.4826 },
  { 0.3715, 0.3195, 0.2506, 0.2555, 0.5247, 0.2457, 0.3025, 0.2165, 0.4152, 0.4947, 0.5328, 0.2376, 0.4980, 0.6991, 0.3593, 0.3431, 0.3771, 0.6188, 0.5921, 0.4745 },
  { 0.3901, 0.4501, 0.3439, 0.4915, 0.2555, 0.4526, 0.4120, 0.4298, 0.3163, 0.2709, 0.3066, 0.4177, 0.3447, 0.3593, 0.8751, 0.4096, 0.5085, 0.0000, 0.2725, 0.3431 },
  { 0.4607, 0.4282, 0.4655, 0.4907, 0.4582, 0.5174, 0.4582, 0.4566, 0.3731, 0.2912, 0.2466, 0.4282, 0.3244, 0.3431, 0.4096, 0.6245, 0.5304, 0.3374, 0.3066, 0.3431 },
  { 0.4436, 0.4209, 0.4574, 0.3723, 0.3852, 0.4818, 0.4161, 0.3674, 0.3909, 0.3552, 0.3633, 0.4250, 0.3049, 0.3771, 0.5085, 0.5304, 0.5985, 0.3869, 0.3998, 0.4371 },
  { 0.3796, 0.4298, 0.1987, 0.2782, 0.3715, 0.3674, 0.2141, 0.3350, 0.3131, 0.4534, 0.4217, 0.2758, 0.5036, 0.6188, 0.0000, 0.3374, 0.3869, 0.9976, 0.6075, 0.3447 },
  { 0.3317, 0.3723, 0.4039, 0.3350, 0.4436, 0.3836, 0.3001, 0.3017, 0.4234, 0.4396, 0.4899, 0.2936, 0.3998, 0.5921, 0.2725, 0.3066, 0.3998, 0.6075, 0.7534, 0.4501 },
  { 0.4347, 0.3098, 0.2571, 0.2693, 0.4607, 0.3212, 0.2839, 0.2741, 0.4047, 0.5904, 0.4988, 0.3301, 0.4826, 0.4745, 0.3431, 0.3431, 0.4371, 0.3447, 0.4501, 0.5994 }
};