0600cluster.htm

鸟哥LINUX 学习课本

<br>前面我们提过了，安装 MPICH 是平行运算里面最重要的一项工作了！因为我们就是靠他来帮我们达成运作的啊！那么怎么来安装呢？又是简单得不得了啊！首先，请先下载
mpich 吧！下载的网址在底下，我是以 mpich 1.2.5-1a 来测试的喔！
<br>　
<ul><a href="http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich/download.html" target="_blank">http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich/download.html</a></ul>
　
<br>假设您将 mpich 下载在 /root/software 里面，并且预计要安装到 /cluster/server/program/mpich
当中，而且仅安装 Fortran 而已的话，可以这样做：
<br>　
<table border="1" cols="1" width="600">
<tbody><tr>
<td bgcolor="#000000"><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">1.
建立 mpich 在 /cluster/server/program/mpich 底下：</font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
root]# </font><font color="#ffff00">cd /usr/local/src</font></font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
src]# </font><font color="#ffff00">tar -zxvf /root/software/mpich.tar.gz</font></font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
src]# </font><font color="#ffff00">cd mpich-1.2.5</font></font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
mpich-1.2.5]# </font><font color="#ffff00">./configure --enable-debug \</font></font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">&gt;</font><font color="#ffff00">
-fc=pgf77 -f90=pgf90&#160; \</font></font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">&gt;</font><font color="#ffff00">
--prefix=/cluster/server/program/mpich</font></font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
mpich-1.2.5]#</font><font color="#ffff00"> make &amp;&amp; make install</font></font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">　</font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">2. 建立可以利用的主机状态：</font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
mpich-1.2.5]# </font><font color="#ffff00">cd /cluster/server/program/mpich/share</font></font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
share]# </font><font color="#ffff00">vi machines.LINUX</font></font>
<br><font size="-1" color="#ffff00" face="SimSun">node1.cluster:2</font>
<br><font size="-1" color="#ffff00" face="SimSun">node2.cluster:2</font>
<br><font size="-1" color="#ffff00" face="SimSun">node4.cluster:2</font>
<br><font size="-1" color="#ffff00" face="SimSun">server.cluster:2</font>
<br><font size="-1" color="#ff6666" face="SimSun"># 这个档案当中，格式为
&lt;主机名称&gt;:&lt;主机的 CPU 个数&gt;</font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">　</font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">3. 建立需要的变量：(又是以
test 为准喔！)</font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
root]# </font><font color="#ffff00">vi /home/test/.bashrc</font></font>
<br><font size="-1" color="#ff6666" face="SimSun"># 加入这一些数据：</font>
<br><font size="-1" color="#ffff00" face="SimSun">PATH=$PATH:/cluster/server/program/mpich/bin</font>
<br><font size="-1" color="#ffff00" face="SimSun">export PATH</font>
<br><font size="-1" color="#ffff00" face="SimSun">MPI_HOME=/cluster/server/program/mpich</font>
<br><font size="-1" color="#ffff00" face="SimSun">MPI_ARCH=$MPI_HOME/bin/tarch</font>
<br><font size="-1" color="#ffff00" face="SimSun">export MPI_ARCH
MPI_HOME</font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
root]#</font><font color="#ffff00"> vi /etc/man.config</font></font>
<br><font size="-1" color="#ff6666" face="SimSun"># 加入这一行：</font>
<br><font size="-1" color="#ffff00" face="SimSun">MANPATH /cluster/server/program/mpich/man</font></td>
</tr>
</tbody></table>
　
<br>呵呵！这样就已经完成了 MPICH 的安装与设定了！就跟你说很简单吧！但是呢，要测试可就得需要特别留意了，因为
root 预设是不许使用 RSH 的，所以测试一定要使用一般身份的使用者，这里我以
test 这个人做为测试的使用者喔！所以，请以 test 的身份登入主机，并且，这个
test 必须要在所有的主机上面都可以被查询的到才行(请参考 NIS 的设定喔！)。
<br>　
<table border="1" cols="1" width="600">
<tbody><tr>
<td bgcolor="#000000"><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[test
@server test]$ </font><font color="#ffff00">cp -r /cluster/server/program/mpich/examples/
.</font></font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[test @server
test]$</font><font color="#ffff00"> cd examples</font></font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[test @server
examples]$ </font><font color="#ffff00">make pi3f90</font></font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[test @server
examples]$ </font><font color="#ffff00">mpirun -np 8 pi3f90</font></font>
<br><font size="-1" color="#ff6666" face="SimSun"># 上面那个
-np 后面接的就是使用 CPU 的个数啦！因为我有 8 个 node ，</font>
<br><font size="-1" color="#ff6666" face="SimSun"># 所以当然就以最大的
CPU 个数来测试看看，如果要看到底 CPU 有没有启动的话，</font>
<br><font size="-1" color="#ff6666" face="SimSun"># 可以先登入各个
slave 的主机，然后执行『 top -d 1 』来观察 CPU 的使用率，</font>
<br><font size="-1" color="#ff6666" face="SimSun"># 再执行上面这个程序，就能够知道
CPU 有没有运作了！ ^_^</font></td>
</tr>
</tbody></table>
　
<br>呵呵！没想到 PGI 的试用版本就能够提供多颗 CPU 的 Cluster 运作，真是给他很高兴！这样既然可以测试成功了，自然就可以去向
PGI 的官方网站注册了！注册费用不低，但是挺值得的啊！</ul>

<hr width="100%"><a name="othersetings"></a><font size="+1" color="#000099">其它主机相关设定：</font>
<ul>除了一些基本的 Cluster 设定之外，您的主机其实可能还需要其它的设定项目的！最常见的可能就是
X-Window System 的 server/slave 架构了！您总不希望老是呆在 cluster 前面吧？！粉吵的呢！这个时候，或许就会希望可以在
Client 端连接上 Server 的 X Server 啰！
<br>　
<br>
<hr width="100%">
<li>
<a name="othersetings_xwindow"></a><font size="+1" color="#000099">X-Window
Server/Slave 架构</font></li>

<br>　
<br>架设一个很简单的 X Server 真的是很容易，容易到让你会很想笑出来～在上面的环境设定好了之后，请注意：『<font color="#000066">您的主机应该是在
run-level 为三的文字模式底下，也就是没有 X Window 存在』</font>才对！这个时候，要设定完成
X Server ，仅要修改一个档案，并且启动一支程序即可！先说明一下我的环境：
<br>　
<br>X Server 主机的 IP 是 192.168.10.30，操作系统是 Red Hat 9；
<br>X Client 的 IP 是 192.168.10.100 ，操作系统同时是 Linux 与 Windows
2000 。
<br>　
<ul>
<li>
<b><font color="#000099">X Server 的设定：</font></b></li>

<br>由于我们需要启动监听来自 X Client 的要求，这个时候需要重新做一下设定：
<table bgcolor="#000000" border="1" cols="1" width="550">
<tbody><tr>
<td><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">1. 先备份原先的设定档：</font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
root]# </font><font color="#ffff00">cd /etc/X11/gdm</font></font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
gdm]#</font><font color="#ffff00"> mv gdm.conf gdm.conf.bak</font></font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">　</font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">2. 编辑设定档，只要底下两行即可！</font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
gdm]#</font><font color="#ffff00"> vi gdm.conf</font></font>
<br><font size="-1" color="#ffff00" face="SimSun">[xdmcp]</font>
<br><font size="-1" color="#ffff00" face="SimSun">Enable=1</font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">　</font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">3. 启动 gdm
：</font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
gdm]# </font><font color="#ffff00">gdm</font></font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
gdm]# </font><font color="#ffff00">netstat -uln</font></font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">udp&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;
0&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; 0 0.0.0.0:177&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;
0.0.0.0:*</font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun"># 如果有出现上面这行就对了！</font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @server
gdm]#</font><font color="#ffff00"> echo "/usr/bin/gdm" &gt;&gt; /etc/rc.d/rc.local</font></font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun"># 上面这行在设定开机时启动
gdm 啰！</font></td>
</tr>
</tbody></table>
　
<li>
<b><font color="#000099">X Client 的设定(在 Linux 上面)：</font></b></li>

<br>如果您的 X Client 同样是 Linux ，那么：『在这目前这个 Client 端连接到
X Server 端执行 X 窗口』的功能，只要进行几个步骤就可以了！
<table bgcolor="#000000" border="1" cols="1" width="550">
<tbody><tr>
<td><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">0. 请务必要在
X Window 当中，进入 X Window 的方式有：</font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @client
root]# </font><font color="#ffff00">startx</font></font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">或</font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @client
root]#</font><font color="#ffff00"> init 5</font></font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">　</font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">1. 在 X Window
的画面当中，启用一个 shell ，然后输入：</font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @client
root]#</font><font color="#ffff00"> xhost + 192.168.10.30</font></font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">192.168.10.30
being added to access control list</font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @client
root]# </font><font color="#ffff00">init 3</font><font color="#ffffff">
(离开 X Window)</font></font>
<p><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">2. 在文字接口下输入：</font>
<br><font size="-1" face="SimSun"><font color="#ffffff">[root @client
root]#</font><font color="#ffff00"> X -query 192.168.10.30</font></font>
<br><font size="-1" color="#ffffff" face="SimSun">.....(进入
X Window 啰！)</font></p></td>
</tr>
</tbody></table>
　
<li>
<b><font color="#000099">X Client 的设定(在 Windows 上面)：</font></b></li>

<br>如果您的 X Client 是在 Windows 上面，那么就必须要额外的来执行其它的软件了！目前您可以选择购买
<a href="http://www.hummingbird.com/products/nc/exceed/index.html?cks=y" target="_blank">Exceed</a>
这个联机软件，或者是先『试用』 <a href="http://www.starnet.com/evalkey/" target="_blank">X-Win</a>
这个软件！都是用在 Windows 上面模拟连接到 Linux X Server 用的软件啦！我这里是以
X-Win 这套程序做为介绍的，您可以在各大学的 FTP 网站上面捉到这个软件，当然，也可以在我这里下载
5.4 版。
<p><a href="http://linux.vbird.org/download/#x-win54">http://linux.vbird.org/download/#x-win54</a>
<br>　
</p><ol>
<li>
在 Windows 上的安装步骤，就是执行他即可啊！然后一直给他下一步就是了！</li>

<br>　
<li>
执行 X-Win32 这个程序，在出现如下的图示后，按下 Evaluation 这个试用按钮；</li>

<br><img src="0600cluster_files/cluster-xwin-1.jpg" nosave="" height="295" width="324">
<br>　
<li>
按下确认按钮；</li>

<br><img src="0600cluster_files/cluster-xwin-2.jpg" nosave="" height="254" width="308">
<br>　
<li>
在右下角的小图示当中，例如：<img src="0600cluster_files/cluster-xwin-3.jpg" nosave="" align="middle" border="1" height="36" width="121">
给他按下那个 X 啰，就会出现如下的图示：</li>

<br><img src="0600cluster_files/cluster-xwin-4.jpg" nosave="" height="325" width="431">
<br>　
<li>
按下 Add 之后，会出现如下的图示：</li>

<br><img src="0600cluster_files/cluster-xwin-5.jpg" nosave="" height="256" width="374">
<br>　
<li>
上面选择 XDMCP 这个项目，然后选择 Next 之后，会出现：</li>

<br><img src="0600cluster_files/cluster-xwin-6.jpg" nosave="" height="363" width="357">
<br>　
<li>
重要的地方在于 Query 这个选项，以及 192.168.10.30 这个 IP 指向喔！都设定好之后，给他
Save 一下，会出现：</li>

<br><img src="0600cluster_files/cluster-xwin-7.jpg" nosave="" height="325" width="431">
<br>　
<li>
上面的图示当中，给他按下确定吧！然后呢？在右下角的 X 小图示中 (&#160;<img src="0600cluster_files/cluster-xwin-8.jpg" nosave="" align="middle" height="57" width="201">
) 按一下 X 之后，就会出现刚刚我们建立的 My Linux X Server 这个选项，给他选择下去的啦，呵呵！就会出现啰：</li>

<br><img src="0600cluster_files/cluster-xwin-9.jpg" nosave="" height="323" width="534">
<br>很棒吧！这样就能在 Windows 上面联机进入 Linux 使用他的 X Window 功能啰！</ol>
</ul>
　
<br>后记：虽然架设一个 X Server/Client 是很简单的一件事，不过，如果您的机器并不是在
LAN 里面的话，而是在 Internet 上面进行 Server/Client 的 X 系统架构的连结，请特别留意的是，由于
X Window 的图形接口需要一直传输图形到您的工作机上面来，如此一来，将会损耗掉大部分的频宽喔！在我的实际案例当中，发现到我的
X Server/Client 之间流量传输达到 2000 Kbits/second, 亦即是 250KBytes/second
，还记得流量的算法吧？！如果是 ADSL 拨接架构的话，目前已经蛮常见 下载/上传
= 1.5M/386K 的传输速度，不过，即使下载达到 1.5M 了，不过在我的案例中竟然高达了
2.0M 的传输！呵呵！了解吧！所以啰，这个 X Window 的 Server/Client 架构请务必在内部网络架设就好，不要想连上
Internet 啊！会等的快睡着.....</ul>

<hr width="100%"><a name="important"></a><font size="+1" color="#000099">重点回顾</font>
<ul>
<li>
<font color="#000066">Cluster 可以是并行计算的一种，主