makefile.pcom

序列对齐 Compare a protein sequence to a protein sequence database or a DNA sequence to a DNA sequenc

fasts35_t : $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fs.o karlin.o $(DROPFS_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
	$(CC) $(HFLAGS) fasts35_t $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fs.o $(DROPFS_O) scaleswts.o last_tat.o tatstats_fs.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)

fastm35_t : $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fm.o karlin.o $(DROPFM_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
	$(CC) $(HFLAGS) fastm35_t $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fs.o $(DROPFM_O) scaleswts.o last_tat.o tatstats_fm.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)

fastx35_t : $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o c_dispn.o htime.o apam.o doinit.o init_fx.o faatran.o scale_se.o karlin.o drop_fx.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
	$(CC) $(HFLAGS) fastx35_t $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fx.o drop_fx.o faatran.o scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)

fasty35_t : $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o c_dispn.o htime.o apam.o doinit.o init_fy.o faatran.o scale_se.o karlin.o drop_fz.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
	$(CC) $(HFLAGS) fasty35_t $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fy.o drop_fz.o faatran.o scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)

tfasta35 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfa.o scale_se.o karlin.o $(DROPTFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
	$(CC) $(HFLAGS) tfasta35 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfa.o $(DROPTFA_O) scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)

tfasta35_t : $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o c_dispn.o htime.o apam.o doinit.o init_tfa.o scale_se.o karlin.o $(DROPTFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
	$(CC) $(HFLAGS) tfasta35_t $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfa.o $(DROPTFA_O) scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)

tfastf35_t : $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o c_dispn.o htime.o apam.o doinit.o init_tf.o  scaleswtf.o last_tat.o tatstats_ff.o karlin.o $(DROPTFF_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o
	$(CC) $(HFLAGS) tfastf35_t $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tf.o $(DROPTFF_O) scaleswtf.o last_tat.o tatstats_ff.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)

tfasts35_t : $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o c_dispn.o htime.o apam.o doinit.o init_tfs.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fs.o karlin.o $(DROPTFS_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o
	$(CC) $(HFLAGS) tfasts35_t $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfs.o $(DROPTFS_O) scaleswts.o last_tat.o tatstats_fs.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)

tfastx35_t : $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfx.o scale_se.o karlin.o drop_tfx.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
	$(CC) $(HFLAGS) tfastx35_t $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfx.o drop_tfx.o scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)

tfasty35_t : $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfy.o scale_se.o karlin.o drop_tfz.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
	$(CC) $(HFLAGS) tfasty35_t $(COMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfy.o drop_tfz.o scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)

#prss35_t : $(RCOMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rss.o scale_se.o karlin.o $(DROPRSS_O) llgetaa.o showbest.o $(SHOWALIGN).o c_dispn.o url_subs.o lib_sel.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o
#	$(CC) $(HFLAGS) prss35_t $(RCOMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rss.o $(DROPRSS_O) scale_se.o karlin.o llgetaa.o showbest.o  $(SHOWALIGN).o c_dispn.o url_subs.o lib_sel.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)

#prss35o_t : $(RCOMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rss.o scale_se.o karlin.o $(DROPRSS_O) llgetaa.o showrss.o lib_sel.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o
#	$(CC) $(HFLAGS) prss35o_t $(RCOMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rss.o $(DROPRSS_O) scale_se.o karlin.o llgetaa.o showrss.o lib_sel.o $(NRAND).o pssm_asn_subs.o $(LIB_M) $(THR_LIBS)

#prfx35_t : $(RCOMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rfx.o scale_se.o karlin.o drop_fx.o llgetaa.o showbest.o mshowalign.o c_dispn.o lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o faatran.o
#	$(CC) $(HFLAGS) prfx35_t $(RCOMP_THRO) $(WORK_THRO) $(THR_SUBS).o compacc.o htime.o apam.o doinit.o init_rfx.o drop_fx.o scale_se.o karlin.o llgetaa.o showbest.o mshowalign.o c_dispn.o lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)

comp_lib.o : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h
	$(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c comp_lib.c

comp_mlib.o : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h
	$(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DCOMP_MLIB -c comp_lib.c -o comp_mlib.o

comp_lib2.o : comp_lib2.c mw.h structs.h defs.h param.h
	$(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c comp_lib2.c

comp_mlib2.o : comp_lib2.c mw.h structs.h defs.h param.h
	$(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DCOMP_MLIB -c comp_lib2.c -o comp_mlib2.o

rcomp_lib.o : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h
	$(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DPRSS comp_lib.c -o rcomp_lib.o

rcomp_lib2.o : comp_lib2.c mw.h structs.h defs.h param.h
	$(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DPRSS comp_lib2.c -o rcomp_lib2.o

comp_thr.o : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h thr.h
	$(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DCOMP_THR -c comp_lib.c -o comp_thr.o

comp_mthr.o : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h thr.h thr_bufs.h
	$(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DCOMP_THR -DCOMP_MLIB -c comp_lib.c -o comp_mthr.o

comp_thr2.o : comp_lib2.c mw.h structs.h defs.h param.h thr.h thr_bufs.h
	$(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DCOMP_THR -c comp_lib2.c -o comp_thr.o

comp_mthr2.o : comp_lib2.c mw.h structs.h defs.h param.h thr.h thr_bufs.h
	$(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DCOMP_THR -DCOMP_MLIB -c comp_lib2.c -o comp_mthr2.o

rcomp_thr.o : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h thr.h thr_bufs.h
	$(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DPRSS -DCOMP_THR -c comp_lib.c -o rcomp_thr.o

rcomp_thr2.o : comp_lib2.c mw.h structs.h defs.h param.h thr.h
	$(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -DPRSS -DCOMP_THR -c comp_lib2.c -o rcomp_thr2.o

work_thr2.o : work_thr2.c mw.h structs.h defs.h param.h thr.h thr_bufs.h
	$(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c work_thr2.c

print_pssm : print_pssm.c getseq.c karlin.c apam.c
	$(CC) -o print_pssm $(CFLAGS) print_pssm.c getseq.c karlin.c apam.c $(LIB_M)

map_db : map_db.c uascii.h ncbl2_head.h
	$(CC) $(CFLAGS) -o map_db map_db.c

list_db : list_db.c
	$(CC) $(CFLAGS) -o list_db list_db.c

lav2ps : lav2ps.c defs.h
	$(CC) -o lav2ps lav2ps.c $(LIB_M)

lav2svg : lav2svg.c defs.h
	$(CC) -o lav2svg lav2svg.c $(LIB_M)