makefile.pcom

序列对齐 Compare a protein sequence to a protein sequence database or a DNA sequence to a DNA sequenc

# combinations of files for "composite" drop* functions
#
DROPLNW_O = droplnw.o wm_align.o calcons_sw.o
DROPGNW_O = dropgnw.o wm_align.o calcons_sw.o
DROPNSW_O = dropnsw.o  wm_align.o calcons_sw.o
DROPNFA_O = drop_nfa.o wm_align.o calcons_fa.o
DROPTFA_O = drop_tfa.o
DROPFF_O = drop_ff2.o calcons_ff.o
DROPFS_O = drop_fs2.o calcons_fs.o
DROPFM_O = drop_fm.o calcons_fm.o
DROPTFF_O = drop_tff.o calcons_tff.o
DROPTFS_O = drop_tfs.o calcons_tfs.o
DROPTFM_O = drop_tfm.o calcons_tfm.o

SHOWBESTC = mshowbest.c
SHOWALIGN = mshowalign
LSHOWALIGN = lshowalign
MWH = mw.h 
MWHP = mw.h

TPROGS = ssearch35_t fasta35_t  fasts35_t fastx35_t tfastx35_t fasty35_t tfasty35_t tfasts35_t fastm35_t fastf35_t tfastf35_t glsearch35_t ggsearch35_t

SPROGS = fasta35 ssearch35 lalign35 fasts35 fastx35 tfastx35 fasty35 tfasty35 tfasts35 fastm35 tfastm35 fastf35 tfastf35 glsearch35 ggsearch35 lav2ps lav2svg

APROGS = map_db

XTPROGS = fastx35_t tfastx35_t fasty35_t tfasty35_t
XPROGS = fastx35 tfastx35  fasty35 tfasty35

PROGS = $(SPROGS) $(TPROGS)

all : $(PROGS)

tall: $(TPROGS)

sall: $(SPROGS)

xall: $(XTPROGS) $(XPROGS) $(ZTPROGS) $(ZPROGS) 

clean-up:
	rm -f *.o $(PROGS) $(APROGS)

install: $(PROGS)
	cp $(PROGS)  $(XDIR)

uinstall: $(PROGS)
	cp $(PROGS)  $(UDIR)

sinstall: $(SPROGS)
	cp $(SPROGS) $(XDIR)

tinstall: $(TPROGS)
	cp $(TPROGS) $(XDIR)

fasta35 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o scale_se.o karlin.o $(DROPNFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
	$(CC) $(HFLAGS) fasta35 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o $(DROPNFA_O) scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)

fasta35u : $(COMP_LIBO) compacc.o showun.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o scale_se.o karlin.o $(DROPNFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
	$(CC) $(HFLAGS) fasta35u $(COMP_LIBO) compacc.o showun.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o $(DROPNFA_O) scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o$(LIB_M)

fasta35r : $(COMP_LIBO) compacc.o showrel.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o scale_se.o karlin.o $(DROPNFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
	$(CC) $(HFLAGS) fasta35r $(COMP_LIBO) compacc.o showrel.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o $(DROPNFA_O) scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o$(LIB_M)

fasta35s : $(COMP_LIBO) compacc.o showsum.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o scale_se.o karlin.o $(DROPNFA_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
	$(CC) $(HFLAGS) fasta35s $(COMP_LIBO) compacc.o showsum.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fa.o $(DROPNFA_O) scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)

fastx35 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fx.o scale_se.o karlin.o drop_fx.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
	$(CC) $(HFLAGS) fastx35 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fx.o drop_fx.o scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)

fastx35u_t : $(COMP_THRO) ${WORK_THRO}  $(THR_SUBS).o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o c_dispn.o htime.o apam.o doinit.o init_fx.o faatran.o scale_se.o karlin.o drop_fx.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o
	$(CC) $(HFLAGS) fastx35u_t $(COMP_THRO) ${WORK_THRO}  $(THR_SUBS).o compacc.o showun.o $(SHOWALIGN)_u.o htime.o apam.o doinit.o init_fx.o drop_fx.o faatran.o scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M) $(THR_LIBS)

fasty35 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fy.o scale_se.o karlin.o drop_fz.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
	$(CC) $(HFLAGS) fasty35 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fy.o drop_fz.o scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)

fastf35 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_ff.o karlin.o $(DROPFF_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
	$(CC) $(HFLAGS) fastf35 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o $(DROPFF_O) scaleswts.o last_tat.o tatstats_ff.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M)

fastf35u : $(COMP_LIBO) compacc.o showun.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o scaleswtf.o karlin.o $(DROPFF_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
	$(CC) $(HFLAGS) fastf35u $(COMP_LIBO) compacc.o showun.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o $(DROPFF_O) scaleswtf.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M)

fastf35s : $(COMP_LIBO) compacc.o showsum.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o scaleswtf.o karlin.o $(DROPFF_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
	$(CC) $(HFLAGS) fastf35s $(COMP_LIBO) compacc.o showsum.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_ff.o $(DROPFF_O) scaleswtf.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M)

fasts35 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fs.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fs.o karlin.o $(DROPFS_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
	$(CC) $(HFLAGS) fasts35 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fs.o $(DROPFS_O) scaleswts.o last_tat.o tatstats_fs.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M)

fastm35 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fm.o scaleswts.o last_tat.o tatstats_fm.o karlin.o $(DROPFM_O) $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o
	$(CC) $(HFLAGS) fastm35 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_fm.o $(DROPFM_O) scaleswts.o last_tat.o tatstats_fm.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o $(NRAND).o url_subs.o $(LIB_M)

tfastx35 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfx.o scale_se.o karlin.o drop_tfx.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
	$(CC) $(HFLAGS) tfastx35 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfx.o drop_tfx.o scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)

tfasty35 : $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfy.o scale_se.o karlin.o drop_tfz.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o
	$(CC) $(HFLAGS) tfasty35 $(COMP_LIBO) compacc.o showbest.o re_getlib.o $(SHOWALIGN).o htime.o apam.o doinit.o init_tfy.o drop_tfz.o scale_se.o karlin.o $(LGETLIB) c_dispn.o $(NCBL_LIB) lib_sel.o faatran.o url_subs.o $(NRAND).o $(LIB_M)