upam.h

序列对齐 Compare a protein sequence to a protein sequence database or a DNA sequence to a DNA sequenc

 -9,  0,  0, -4, -6,  2, -8,-10, 14,
 -6,-10, -8,-12,-11,-12,-12,-13,-11, 11,
 -9, -9,-12,-14,-10, -6,-13,-14, -7, -1,  9,
 -8,  3, -1, -8,-12, -1, -3, -9, -6,-11,-12, 11,
 -6, -8, -9,-12, -9, -8,-11,-12, -9,  1,  1, -7, 14,
-11,-15,-12,-15, -5,-14,-16,-15, -7, -5, -1,-16, -7, 13,
 -2, -6, -9,-11,-11, -3,-11, -9, -4,-11, -5,-10,-10,-11, 12,
  0, -5,  1, -6, -2, -7, -8, -2, -6, -8, -7, -7, -8, -6, -1,  9,
  1, -6, -2, -8, -7, -7, -8, -7, -7, -2, -9, -5, -2,-11, -4,  1, 10,
-14, -4,-14,-15, -4,-11,-15, -7,-13,-13, -8,-13,-11, -7,-14, -9,-12, 18,
-13,-10, -6, -8, -2, -9,-14,-13,  2, -9, -9,-13,-11,  2,-13, -7,-10, -6, 14,
 -1,-11,-10, -9, -7,-11, -8, -8,-12,  4, -2,-12,  0, -6, -9, -7, -4,-10,-11, 10,
 -6, -8,  6,  6,-10, -6, -1, -4, -2,-10,-13, -5,-10,-14,-10, -3, -5,-15, -7,-10, 11,
 -8, -8, -8,  0,-21,  6, 10, -8, -7,-18,-16, -3,-15,-23,-12,-12,-12,-19,-18,-14, -3, 11,
 -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
 -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 9};

/* 
  Matrix made by matblas from blosum62.iij
  * column uses minimum score
  BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
  Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
  Cluster Percentage: >= 62
  Entropy =   0.6979, Expected =  -0.5209
*/

int abl62[450] = {
  4,
 -1, 5,
 -2, 0, 6,
 -2,-2, 1, 6,
  0,-3,-3,-3, 9,
 -1, 1, 0, 0,-3, 5,
 -1, 0, 0, 2,-4, 2, 5,
  0,-2, 0,-1,-3,-2,-2, 6,
 -2, 0, 1,-1,-3, 0, 0,-2, 8,
 -1,-3,-3,-3,-1,-3,-3,-4,-3, 4,
 -1,-2,-3,-4,-1,-2,-3,-4,-3, 2, 4,
 -1, 2, 0,-1,-3, 1, 1,-2,-1,-3,-2, 5,
 -1,-1,-2,-3,-1, 0,-2,-3,-2, 1, 2,-1, 5,
 -2,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-1, 0, 0,-3, 0, 6,
 -1,-2,-2,-1,-3,-1,-1,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-4, 7,
  1,-1, 1, 0,-1, 0, 0, 0,-1,-2,-2, 0,-1,-2,-1, 4,
  0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 1, 5,
 -3,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-2,-2,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-3,-2,11,
 -2,-2,-2,-3,-2,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2,-1, 3,-3,-2,-2, 2, 7,
  0,-3,-3,-3,-1,-2,-2,-3,-3, 3, 1,-2, 1,-1,-2,-2, 0,-3,-1, 4,
 -2,-1, 3, 4,-3, 0, 1,-1, 0,-3,-4, 0,-3,-3,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 4,
 -1, 0, 0, 1,-3, 3, 4,-2, 0,-3,-3, 1,-1,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2, 1, 4,
  0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2, 0, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-1,
  0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2, 0, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-1, 6};

/* blosum80 in 1/2 bit units (previous versions had 1/3 bit units) */
/*
  Matrix made by matblas from blosum80.iij
  * column uses minimum score
  BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
  Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
  Cluster Percentage: >= 80
  Entropy =   0.9868, Expected =  -0.7442
*/

int abl80[450] = {
  5,
 -2, 6,
 -2,-1, 6,
 -2,-2, 1, 6,
 -1,-4,-3,-4, 9,
 -1, 1, 0,-1,-4, 6,
 -1,-1,-1, 1,-5, 2, 6,
  0,-3,-1,-2,-4,-2,-3, 6,
 -2, 0, 0,-2,-4, 1, 0,-3, 8,
 -2,-3,-4,-4,-2,-3,-4,-5,-4, 5,
 -2,-3,-4,-5,-2,-3,-4,-4,-3, 1, 4,
 -1, 2, 0,-1,-4, 1, 1,-2,-1,-3,-3, 5,
 -1,-2,-3,-4,-2, 0,-2,-4,-2, 1, 2,-2, 6,
 -3,-4,-4,-4,-3,-4,-4,-4,-2,-1, 0,-4, 0, 6,
 -1,-2,-3,-2,-4,-2,-2,-3,-3,-4,-3,-1,-3,-4, 8,
  1,-1, 0,-1,-2, 0, 0,-1,-1,-3,-3,-1,-2,-3,-1, 5,
  0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-1,-1,-2,-2, 1, 5,
 -3,-4,-4,-6,-3,-3,-4,-4,-3,-3,-2,-4,-2, 0,-5,-4,-4,11,
 -2,-3,-3,-4,-3,-2,-3,-4, 2,-2,-2,-3,-2, 3,-4,-2,-2, 2, 7,
  0,-3,-4,-4,-1,-3,-3,-4,-4, 3, 1,-3, 1,-1,-3,-2, 0,-3,-2, 4,
 -2,-2, 4, 4,-4, 0, 1,-1,-1,-4,-4,-1,-3,-4,-2, 0,-1,-5,-3,-4, 4,
 -1, 0, 0, 1,-4, 3, 4,-3, 0,-4,-3, 1,-2,-4,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 0, 4,
 -1,-1,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-3,-2,-1,-2,-1,-1,
 -1,-1,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-3,-2,-1,-2,-1,-1, 6};

/* OPTIMA_5 matrix: Kann et al. (2000) Proteins 41:498-503 */

int aopt5[450] = {
  7,
 -2,11,
 -4, 1,12,
 -4,-4, 4,13,
  1,-6,-6,-6,20,
 -1, 2, 0, 0,-6, 9,
 -2, 0, 1, 4,-8, 4, 8,
  1,-4, 1,-2,-6,-4,-5,13,
 -4, 1, 2,-2,-6, 0, 0,-4,17,
 -1,-6,-6,-7,-1,-6,-7,-8,-6, 7,
 -1,-4,-7,-9,-1,-5,-6,-8,-5, 6, 6,
 -2, 6, 0,-1,-6, 3, 3,-4,-1,-6,-4, 7,
 -2,-2,-4,-6,-2, 0,-4,-6,-4, 2, 5,-2,10,
 -4,-6,-6,-7,-4,-6,-6,-6,-2, 1, 3,-6, 0,11,
 -1,-4,-4,-1,-6,-2,-1,-4,-4,-6,-7,-2,-4,-8,15,
  2,-2, 2, 1,-2, 0, 0, 0,-2,-4,-4, 1,-2,-4,-2, 7,
  0,-2, 0,-2,-2,-2,-1,-3,-4,-2,-3,-2,-1,-4,-2, 4, 9,
 -6,-6,-8,-8,-4,-4,-6,-4,-4,-6,-3,-6,-2, 3,-8,-6,-4,22,
 -4,-3,-4,-4,-4,-2,-4,-6, 4,-2, 0,-4,-2, 7,-6,-4,-4, 4,14,
  1,-7,-6,-6,-1,-4,-6,-6,-6, 7, 3,-5, 2, 0,-4,-5, 1,-6,-2, 8,
 -4,-1, 8,10,-6, 0, 3, 0, 1,-7,-8, 0,-5,-6,-2, 1,-1,-8,-4,-6, 9,
 -1, 1, 0, 3,-7, 6, 6,-4, 0,-6,-6, 3,-2,-6,-2, 0,-1,-5,-3,-5, 2, 6,
 -2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2};

/*	DNA alphabet

	A, C, G, T, U   1-4, 5
	R, Y            6, 7
	M (A or C)	8
	W (A or T)	9
	S (C or G)	10
	K (G or T)	11
	D (not C)	12
	H (not G)	13
	V (not T)	14
	B (not A)	15
	N		16
	X 		17
*/

char nt[MAXSQ+1] ={"\0ACGTURYMWSKDHVBNXACGTURYMWSKDHVBNX\0"};
char ntx[MAXSQ+1]={"\0ACGTURYMWSKDHVBNXacgturymwskdhvbnx\0"};
char ntc[MAXSQ+1]={"\0TGCAAYRKWSMHDBVNXtgcaayrkwsmhdbvnx\0"};

/* nt complement to encoding */
                     /* A:T C:G G:C T:A U:A */
int gc_nt[MAXSQ+1]={ 0,  4,  3,  2,  1,  1, 
                     /* R:Y Y:R M:K W:W */
 		         7,  6, 11,  9,
                     /* S:S K:M D:H H:D */
		        10,  8, 13, 12,
                     /* B:V V:B N:N X:X */
		        15, 14, 16, 16};

int nnt = 17;
int nntx = 34;

int hnt[MAXSQ+1] = {
  NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP,
  NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP,NMAP};
int hntx[MAXSQ+1] = {
  NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP,
  NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,
  NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP};

int npam[450] = {
/*       A  C  G  T  U  R  Y  M  W  S  K  D  H  V  B  N  X  */
	 5,						/* A */
	-4, 5,						/* C */
	-4,-4, 5,					/* G */
	-4,-4,-4, 5,					/* T */
	-4,-4,-4, 5, 5,					/* U */
	 2,-1, 2,-1,-1, 2,				/* R (A G)*/
	-1, 2,-1, 2, 2,-2, 2,				/* Y (C T)*/
	 2, 2,-1,-1,-1,-1,-1, 2,			/* M (A C)*/
	 2,-1,-1, 2, 2, 1, 1, 1, 2,			/* W (A T)*/
	-1, 2, 2,-1,-1, 1, 1, 1,-1, 2,			/* S (C G)*/
	-1,-1, 2, 2, 2, 1, 1,-1, 1, 1, 2,		/* K (G T)*/
	 1,-2, 1, 1, 1, 1,-1,-1, 1,-1, 1, 1,		/* D (!C) */
	 1, 1,-2, 1, 1,-1, 1, 1, 1,-1,-1,-1, 1,		/* H (!G) */
	 1, 1, 1,-2,-2, 1,-1, 1,-1, 1,-1,-1,-1, 1,	/* V (!T) */
	-2, 1, 1, 1, 1,-1, 1,-1,-1, 1, 1,-1,-1,-1, 1,	/* B (!A) */
	-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1, /* N */
	-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1}; /* X */
/*       A  C  G  T  U  R  Y  M  W  S  K  D  H  V  B  N  */

int *pam;			/* Pam matrix- 1D */
int *pam12;
int *pam12x;
int pamh1[MAXSQ+1];		/* used for kfact replacement */

/* Robinson & Robinson counts */
long rrcounts[25] = {
  0,
  35155,
  23105,
  20212,
  24161,
  8669,
  19208,
  28354,
  33229,
  9906,
  23161,
  40625,
  25872,
  10101,
  17367,
  23435,
  32070,
  26311,
  5990,
  14488,
  29012,
  0, 0, 0, 0 };

long rrtotal = 450431;
#else

/* extern char sqnam[]; */
/* extern char sqtype[]; */
/* extern int gdelval, ggapval; */
extern int pamoff;
extern char aa[MAXSQ+1];
extern char aax[MAXSQ+1];
extern char othx[MAXSQ+1];
extern char nt[MAXSQ+1];
extern char ntx[MAXSQ+1];
extern char ntc[MAXSQ+1];
extern int gc_nt[MAXSQ+1];

extern  int naa;
extern  int naax;
extern  int nothx;
extern  int nnt;
extern  int nntx;

extern  int haa[MAXSQ+1];
extern  int haax[MAXSQ+1];
extern  int hnt[MAXSQ+1];
extern  int hntx[MAXSQ+1];
/* extern  int had[MAXSQ+1]; */

extern  int apam250[450];
extern  int apam120[450];
extern  int avt160[450];
extern	int a_md10[450];
extern  int a_md20[450];
extern  int a_md40[450];
extern  int abl50[450];
extern  int abl62[450];
extern  int abl80[450];
extern  int aopt5[450];
extern	int npam[450];
extern	int *pam;
extern  int *pam12;
extern  int *pam12x;
extern	int pamh1[MAXSQ+1];
extern  long rrcounts[25];
extern  long rrtotal;
#endif
#endif