permutation_test.m

计算扰动后的T检验Matlab程序

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% 函数名：permutation_test
% 函数介绍：对表达谱中的每一个基因进行置换检验（t检验）。找出差异表达基因。
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% 输入参数：stand_data是原始数据的标准化。行是基因，列是样本。
%          r1是normal样本的个数。
%          r2是tumor样本的个数。
%          gene_number是基因表达谱数据中的基因个数。
% 输出参数：p_value是两组样本对于基因i没有显著差异的概率＝根据基因i的表达判断两组样本来自同一总体的概率。
%          p_value的值越小说明基因i越是差异表达基因。p_value是一个向量，大小等于原始表达谱中基因的个数。
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function [ p_value ] = permutation_test ( stand_data, r1, r2, gene_number )

for i = 1 : gene_number
    gene = stand_data ( i, : );%基因i的原始表达。
    
    % 求基因i的检验统计量T。
    [ T ] = testing_statistics ( gene, r1, r2);
    
    % 扰动足够多次，求出每次的t。 t是一个向量，向量大小等于扰动次数。     
    [ t ] = disturb_t ( gene, r1, r2 );

    %计算p_value（单边检验）。
    [ m, n ] = size ( t );
    times = 1;%记录|T|>=|t|的次数。原始组合也算一种。
    for j = 1 : n
        if abs ( T ) <= abs( t(j) )
            times = times + 1;
        end
    end
    p_value ( i ) = times / (n + 1) ;%n等于实验次数。

end