test.m

秩和检验的Matlab源码程序

%==========================================================================
%
% 函数名：test
% 函数介绍：检验“基因是差异表达基因，却没有被选出”的概率。
% 输入参数：data是原始基因表达谱数据的归一化表达量。行是基因，列是样本。
%          m是正常样本的个数。
%          n是肿瘤样本的个数。
% 输出参数：p是“基因是差异表达基因，却没有被选出”的概率。是单边检验值。
%          row是原始表达谱数据中的基因个数。
%==========================================================================
function [ p, row ] = test ( data, m, n )

number =  factorial ( m + n) / ( factorial ( m ) * factorial ( n ) ) ;%从m+n个数中选出m个的组合个数。是p的分母。

[ row, column ] = size ( data );

for i = 1 : row  %gene循环
    a = data ( i, : );%a是一个基因的数据 
    %======================================================================
    %求初始秩和。
    
    R = original_ranksum (a, column, m);
    %======================================================================
    %计算每种组合情况下的秩和。再求出这些秩和大于等于初始秩和的次数。组合是指从m+n个数中选出m个的组合。
    
    [ r , k ] = combination_ranksum ( R, m, number, n );
    %======================================================================
    p ( i ) = k / number;  
    
end

%==========================================================================
%end