combination_ranksum.m

秩和检验的Matlab源码程序

%==========================================================================
%
% 函数名：combination_ranksum
% 函数介绍：求某个基因的每一种组合情况下的秩和。并计算出这些秩和中大于等于初始秩和的次数。
% 输入参数：R是基因a的原始秩和。
%          m是正常样本的个数。
%          n是肿瘤样本的个数。
%          number是m+n个数中选m个数的组合个数。是p_value的分母。
% 输出参数：r是基因的观测值在各种组合下的秩和。1*number。
%          k是number个秩和中大于等于原始秩和的个数。
%
%==========================================================================
function [ r, k ] = combination_ranksum ( R, m, number, n )

k = 0;

original_combination ( 1 : m ) = 1 : m;    %(m+n)个数的初始m组合。

r ( 1 ) = sum ( original_combination );
if r ( 1 ) >= R
   k = k + 1;
end

for i = 1 : number - 1
    original_combination = combination ( original_combination, m+n, m );    %生成{1,2,3...,n}的r—组合
    x = original_combination;
    r ( i + 1 ) = sum ( x );
    if r ( i + 1 ) >= R
        k = k + 1;
    end
end

%end