choose.m

秩和检验的Matlab源码程序

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% 函数名：choose
% 函数介绍：根据设定的显著性水平，选出特征基因。
% 输入参数：data是基因表达谱数据的原始表达量。数据的第一行是样本标记行。0表示一类样本，1表示另一类样本。
%          p_value是基因的犯错概率向量，是单边检验值。1*表达谱中的基因个数。
% 输出参数：
%          feature_gene是特征基因的原始表达量。
%          feature_order是特征基因的顺序号。
% 阈值设定：显著性水平alfa=0.05
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function [ feature_gene, feature_order ] = choose ( data, p_value )

[ row, column ] = size ( data );
%去掉样本标记行
gene_data = data ( 2 : row, :);
m = row - 1;

alfa = input ('请输入显著性水平值：') ;%显著性水平

p = 1;
for i = 1: m
    if p_value ( i ) <= alfa             
        feature_gene ( p, :) = gene_data( i, : );
        feature_order ( p ) = i;
         p = p+1;
    end
end

if p == 1%说明显著性水平alfa太小，没有特征基因。
    feature_gene = nan;
    feature_order = nan;
end

%end