yfun.m

bayes树的针对生物数据剪接位点识别的实现算法

function [WinSizeFileName]=YFun(FileName,SeqNum,WindowSize,IntronSite,l)


%调用形式        ：[WinSizeFileName]=SFun(FileName,SeqNum,WindowSize,IntronSite)
%函数功能        ：对'.TXT'文件的特定字符串进行剪切，取得目标序列并写入指定文件
%FileName        ：期望预处理的文件名
%SeqNum          ：期望处理的序列数目   
%WindowSize      ：预处理后的窗口大小
%IntronSite      ：序列的功能位点位置
%WinSizeFileName ：返回定长序列文件名


filename=FileName;             %打开的文件         
MaxSequenceNum=SeqNum;         %序列个数－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－需要根据实际选择
WinSize=WindowSize;                 %以供点（受点）为中心切出窗口为WinSize的供点序列－－需要根据实际选择
intronSite=IntronSite;             %供点（受点）在序列中的位置(从0开始记数)－－－－－－需要根据实际选择（位置71）

sequenceNum=0;                 %记录读取的供点序列数

index=fix(WinSize/2);          %(WinSize=21时)左右各取十个   

char temp[150];                                    %中介临时变量－－－－－－－－－需要根据实际选择
char data[MaxSequenceNum][WinSize];                %准备存放剪切序列的空间

fid1=fopen(filename,'r');                          %打开要剪切的序列所在的文件－－需要根据实际选择

ws=int2str(WinSize);
Outfilename=strcat(filename(1:8),'_',ws,'.txt');   %剪切序列的存放文件名,包含WindowSize，FileName信息

fid2=fopen(Outfilename,'wt');                      %创建要存放剪切序列的文件－－－需要根据实际选择
   if fid1<=0                                      %打开文件不成功
		errordlg('读取数据文件有误');
	return;
    
   else fid1>0
        for sequenceNum=1:MaxSequenceNum                     %MaxSequenceNum，剪切次数
	      temp= fscanf(fid1, '%s \n ', 1);                   %读取一个字符串，遇到空格停止读入
		  while(length(temp)<140)                            %如果该组不是序列数据，读取下一段－－需要根据实际选择（长度140）
		      temp= fscanf(fid1, '%s \n ', 1);
          end	 
		  data(sequenceNum,:)=temp((71-index):(71+l-1-index));   %所取序列的起点位置，所取序列为59，60，…，70，…，79(WinSize=21) 
		  sequenceNum=sequenceNum+1;
        end
   end
 for i=1:MaxSequenceNum                                      %写出剪切的字符序列
     fprintf(fid2,'%s',data(i,:));                           %读一行写出，每行有WinSize个字符。
     fprintf(fid2,' \n');                                    %行末加回车符
 end
 WinSizeFileName=Outfilename;
 
 fclose(fid1);
 fclose(fid2);