vector2sat_kinetics.m

％The Metabolic Networks Toolbox contains functions to create, ％modify, display, and simulate bioche

function kin = vector2sat_kinetics(v,kinetics)

kin.type = kinetics.type;

if isfield(kinetics,'reactions'),
  for it=1:length(kinetics.reactions),
    r = kinetics.reactions{it};
    switch r.type,
      case 'mass-action',          r.k=v(1); r.km=v(2); v=v(3:end);
      case 'mass-action_rev',                  r.k=v(1); r.km=v(2); v=v(3:end);
      case 'mass-action_irrev',                r.k=v(1); v=v(2:end);
      case 'multiple_michaelis_menten_rev',    r.Km_S=v(1); r.Km_P=v(2);  r.Vm_S=v(3);  r.Vm_P=v(4); v=v(5:end);
      case 'multiple_michaelis_menten_irrev',  r.Km_S=v(1); r.Vm_S=v(2);  v=v(3:end);
      case 'michaelis_menten_rev', r.Vm_S=v(1);  r.Km_S=v(2); r.Vm_P=v(3);  r.Km_P=v(4); v=v(5:end);
      case 'influx',   	  r.v_in=v(1); v=v(2:end);
      case 'efflux',      r.k_out=v(1); v=v(2:end);
      case 'rev_uni_uni', r.Pk=v(1);  r.Pkm=v(2); r.k=v(3);  r.km=v(4); v=v(5:end);
      case 'rev_bi_uni',  r.Pk=v(1);  r.Pkm=v(2); r.k=v(3);  r.km=v(4); v=v(5:end);
      case 'rev_uni_bi',  r.Pk=v(1);  r.Pkm=v(2); r.k=v(3);  r.km=v(4); v=v(5:end);
      case 'rev_bi_bi',   r.Pk=v(1);  r.Pkm=v(2); r.k=v(3);  r.km=v(4); v=v(5:end);
      case 'irrev_uni',   r.Pk=v(1);  r.k=v(2); v=v(3:end);
      case 'irrev_bi',    r.Pk=v(1);  r.k=v(2); v=v(3:end);
    end
    kin.reactions{it}=r;
  end
end
kin.reactions=kin.reactions';