standardtmhmmcreator.java

马尔科夫模型的c语言实现

	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[4]);
	    m = modelmaker.getModule("outglob24");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[4]);
	    m = modelmaker.getModule("outglob25");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[4]);
	    m = modelmaker.getModule("outglob26");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[4]);
	    m = modelmaker.getModule("outglob27");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[4]);
	    m = modelmaker.getModule("outglob28");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[4]);
	    m = modelmaker.getModule("outglob29");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[4]);
	}
	
	if(priorfiles.size() >= 3 && !((String)priorfiles.get(2)).equals("null")) {
	    String prifile = ((String)priorfiles.get(2));
	    double priScaler = Double.parseDouble(((String)priorScalers.get(2)));
	    modelmaker.addPriorfile(prifile); 
	    Module m = modelmaker.getModule("out10");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out11");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out12");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out13");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out14");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out15");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out16");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out17");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out18");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out19");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out20");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out21");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out22");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out23");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out24");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out25");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out26");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out27");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out28");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	    m = modelmaker.getModule("out29");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[5]);
	}
	
	if(priorfiles.size() >= 4 && !((String)priorfiles.get(3)).equals("null")) {
	    String prifile = ((String)priorfiles.get(3));
	    double priScaler = Double.parseDouble(((String)priorScalers.get(3)));
	    modelmaker.addPriorfile(prifile); 
	    Module m = modelmaker.getModule("ohelixo2");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[2]);
	    m = modelmaker.getModule("ohelixo2");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[2]);
	    m = modelmaker.getModule("ohelixo3");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[2]);
	    m = modelmaker.getModule("ohelixo4");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[2]);
	    m = modelmaker.getModule("ohelixo5");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[2]);
	    m = modelmaker.getModule("ohelixo6");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[2]);
	    m = modelmaker.getModule("ohelixo7");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[2]);
	    m = modelmaker.getModule("ihelixo1");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[2]);
	    m = modelmaker.getModule("ihelixo2");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[2]);
	    m = modelmaker.getModule("ihelixo3");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[2]);
	    m = modelmaker.getModule("ihelixo4");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[2]);
	    m = modelmaker.getModule("ihelixo5");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[2]);
	    m = modelmaker.getModule("ihelixo6");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[2]);
	    m = modelmaker.getModule("ihelixo7");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[2]);
	}
	
	if(priorfiles.size() >= 5 && !((String)priorfiles.get(4)).equals("null")) {
	    String prifile = ((String)priorfiles.get(4));
	    double priScaler = Double.parseDouble(((String)priorScalers.get(4)));
	    modelmaker.addPriorfile(prifile); 
	    Module m = modelmaker.getModule("ihelixi2");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[1]);
	    m = modelmaker.getModule("ihelixi2");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[1]);
	    m = modelmaker.getModule("ihelixi3");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[1]);
	    m = modelmaker.getModule("ihelixi4");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[1]);
	    m = modelmaker.getModule("ihelixi5");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[1]);
	    m = modelmaker.getModule("ihelixi6");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[1]);
	    m = modelmaker.getModule("ihelixi7");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[1]);
	    m = modelmaker.getModule("ohelixi1");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[1]);
	    m = modelmaker.getModule("ohelixi2");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[1]);
	    m = modelmaker.getModule("ohelixi3");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[1]);
	    m = modelmaker.getModule("ohelixi4");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[1]);
	    m = modelmaker.getModule("ohelixi5");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[1]);
	    m = modelmaker.getModule("ohelixi6");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[1]);
	    m = modelmaker.getModule("ohelixi7");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[1]);
	}
	
	if(priorfiles.size() >= 6 && !((String)priorfiles.get(5)).equals("null")) {
	    String prifile = ((String)priorfiles.get(5));
	    double priScaler = Double.parseDouble(((String)priorScalers.get(5)));
	    modelmaker.addPriorfile(prifile); 
	    Module m = modelmaker.getModule("ihelix");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("ohelix");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	}

	if(priorfiles.size() >= 7 && !((String)priorfiles.get(6)).equals("null")) {
	    String prifile = ((String)priorfiles.get(6));
	    double priScaler = Double.parseDouble(((String)priorScalers.get(6)));
	    modelmaker.addPriorfile(prifile); 
	    Module m = modelmaker.getModule("inglob1");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[6]);
	    m.lockVertexEmissions();
	    m = modelmaker.getModule("outglobShort");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[6]);
	    m.lockVertexEmissions();
	    m = modelmaker.getModule("outglobLong");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[6]);
	    m.lockVertexEmissions();
	}
    }
    
    private void saveHMM(String outdir)
    {
	int res = modelmaker.saveHMM(outdir);
    }


    private double setChiSquareDistrib(String mod, int i_1, int i_2, int f_i, int q_i, double tot, double distribSum)
    {
	Module m1 = modelmaker.getModule(mod);
	ListIterator li_vert = m1.getVertices().listIterator();
	Vertex cur = ((Vertex)li_vert.next());
	ListIterator li_trans = cur.getTransitions();
	double restProb = 1.0;
	double prob = getChiSquareProb(f_i, q_i, i_2, distribSum);
	Transition t1 = ((Transition)li_trans.next());
	Transition t = ((Transition)li_trans.next());
	t.probability  = prob/tot;
	t.lock();
	restProb = restProb - prob/tot;
	prob = getChiSquareProb(f_i, q_i, i_1, distribSum);
	t = ((Transition)li_trans.next());
	t.probability  = prob/tot;
	t.lock();
	restProb = restProb - prob/tot;
	t1.probability  = restProb;
	t1.lock();
	tot = restProb;
	return tot;
    }

    private double getChiSquareProb(int f_i, int q_i, int i, double distribSum)
    {
	return Math.pow(((double)i),(((double)f_i)/2 - 1)) * Math.exp((0.0 - ((double)i) / ((double)q_i))) / distribSum; 
    }
}