standardtopologymodelercreator.java

马尔科夫模型的c语言实现

	
	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("Hd1");
	distribGroup.add("Hd2");
	distribGroup.add("Hd3");
	distribGroup.add("Hd4");
	distribGroup.add("Hd5");
	distribGroup.add("Hd6");
	distribGroup.add("Hd7");
	distribGroup.add("Hd8");
	distribGroup.add("Hd9");
	distribGroup.add("Hd10");
	distribGroup.add("Hd11");
	distribGroup.add("Hd12");
	distribGroup.add("Hd_loop");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);
	
	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("Hu1");
	distribGroup.add("Hu2");
	distribGroup.add("Hu3");
	distribGroup.add("Hu4");
	distribGroup.add("Hu5");
	distribGroup.add("Hu6");
	distribGroup.add("Hu7");
	distribGroup.add("Hu8");
	distribGroup.add("Hu9");
	distribGroup.add("Hu10");
	distribGroup.add("Hu11");
	distribGroup.add("Hu12");
	distribGroup.add("Hu_loop");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);

	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("l11u");
	distribGroup.add("l21u");
	distribGroup.add("l22u");
	distribGroup.add("l31u");
	distribGroup.add("l32u");
	distribGroup.add("l33u");
	distribGroup.add("l41u");
	distribGroup.add("l42u");
	distribGroup.add("l43u");
	distribGroup.add("l44u");
	distribGroup.add("l51u");
	distribGroup.add("l52u");
	distribGroup.add("l53u");
	distribGroup.add("l54u");
	distribGroup.add("l55u");
	distribGroup.add("l11d");
	distribGroup.add("l21d");
	distribGroup.add("l22d");
	distribGroup.add("l31d");
	distribGroup.add("l32d");
	distribGroup.add("l33d");
	distribGroup.add("l41d");
	distribGroup.add("l42d");
	distribGroup.add("l43d");
	distribGroup.add("l44d");
	distribGroup.add("l51d");
	distribGroup.add("l52d");
	distribGroup.add("l53d");
	distribGroup.add("l54d");
	distribGroup.add("l55d");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);

	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("L11u");
	distribGroup.add("L21u");
	distribGroup.add("L22u");
	distribGroup.add("L31u");
	distribGroup.add("L32u");
	distribGroup.add("L33u");
	distribGroup.add("L41u");
	distribGroup.add("L42u");
	distribGroup.add("L43u");
	distribGroup.add("L44u");
	distribGroup.add("L51u");
	distribGroup.add("L52u");
	distribGroup.add("L53u");
	distribGroup.add("L54u");
	distribGroup.add("L55u");
	distribGroup.add("L11d");
	distribGroup.add("L21d");
	distribGroup.add("L22d");
	distribGroup.add("L31d");
	distribGroup.add("L32d");
	distribGroup.add("L33d");
	distribGroup.add("L41d");
	distribGroup.add("L42d");
	distribGroup.add("L43d");
	distribGroup.add("L44d");
	distribGroup.add("L51d");
	distribGroup.add("L52d");
	distribGroup.add("L53d");
	distribGroup.add("L54d");
	distribGroup.add("L55d");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);
	
	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("l_bott_u");
	distribGroup.add("l_bott_d");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);

	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("l_top_u");
	distribGroup.add("l_top_d");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);

	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("L_bott_u");
	distribGroup.add("L_bott_d");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);

	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("L_top_u");
	distribGroup.add("L_top_d");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);

	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("ohelix");
	distribGroup.add("ihelix");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);

	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("ohelixi1");
	distribGroup.add("ihelixi7");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);
	
	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("ohelixi2");
	distribGroup.add("ihelixi6");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);
	
	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("ohelixi3");
	distribGroup.add("ihelixi5");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);
	
	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("ohelixi4");
	distribGroup.add("ihelixi4");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);
	
	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("ohelixi5");
	distribGroup.add("ihelixi3");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);

	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("ohelixi6");
	distribGroup.add("ohelixi7");
	distribGroup.add("ihelixi2");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);

	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("ihelixo1");
	distribGroup.add("ohelixo7");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);
	
	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("ihelixo2");
	distribGroup.add("ohelixo6");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);
	
	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("ihelixo3");
	distribGroup.add("ohelixo5");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);
	
	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("ihelixo4");
	distribGroup.add("ohelixo4");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);
	
	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("ihelixo5");
	distribGroup.add("ohelixo3");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);

	distribGroup = new LinkedList();
	distribGroup.add("ihelixo6");
	distribGroup.add("ihelixo7");
	distribGroup.add("ohelixo2");
	modelmaker.addDistributionGroup(distribGroup);

	

	if(priorfiles.size() >= 1 && !((String)priorfiles.get(0)).equals("null")) {
	    String prifile = ((String)priorfiles.get(0));
	    double priScaler = Double.parseDouble(((String)priorScalers.get(0)));
	    modelmaker.addPriorfile(prifile); 
	    Module m = modelmaker.getModule("l_u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l_bott_u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l_top_u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l11u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l21u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l22u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l31u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l32u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l33u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l41u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l42u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l43u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l44u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l51u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l52u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l53u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l54u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l55u");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l_top_d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l_bott_d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l11d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l21d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l22d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l31d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l32d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l33d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l41d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l42d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l43d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l44d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l51d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l52d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l53d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l54d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l55d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.setEmissPriorScaler(priScaler);
	    m.setDistribType(HMM.MANUAL, emissionProbs[0]);
	    m = modelmaker.getModule("l_d");
	    m.setPriorfile(prifile);
	    m.set