matrices.h

生物序列比对程序clustw的源代码

 -3,  6,
 -1, -6, 13,
 -3,  6, -7, 10,
 -2,  1, -7,  2,  8,
 -4, -6, -4, -6, -6, 10,
  0, -2, -6, -3, -4, -6,  9,
 -3, -1, -7, -2,  0, -2, -4, 12,
 -3, -6, -2, -7, -6, -1, -7, -6,  7,
 -1, -1, -6, -2,  1, -5, -3, -1, -5,  8,
 -3, -7, -3, -7, -6,  0, -7, -5,  2, -4,  6,
 -2, -5, -3, -6, -4,  0, -5, -4,  2, -3,  3,  9,
 -3,  5, -5,  2, -1, -6, -1,  1, -6,  0, -6, -4,  9,
 -1, -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -5, -2, -5, -4, -4, 12,
 -2, -1, -5, -1,  3, -5, -4,  1, -5,  2, -4, -1,  0, -3,  9,
 -3, -2, -6, -3, -1, -5, -4,  0, -5,  3, -4, -3, -1, -3,  1,  9,
  2,  0, -2, -1, -1, -4, -1, -2, -4, -1, -4, -3,  1, -2, -1, -2,  7,
  0, -1, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -2, -1, -3, -1,  0, -3, -1, -2,  2,  8,
 -1, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -5,  4, -4,  1,  1, -5, -4, -4, -4, -3,  0,  7,
 -5, -8, -5, -8, -6,  0, -6, -4, -5, -6, -4, -3, -7, -7, -4, -5, -6, -5, -5, 16,
 -1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -5, -2,
 -4, -5, -5, -6, -5,  4, -6,  3, -3, -4, -2, -3, -4, -6, -3, -4, -3, -3, -3,  3, -3, 11,
 -2,  0, -7,  1,  6, -6, -4,  0, -6,  1, -5, -3, -1, -2,  5,  0, -1, -2, -4, -5, -1, -4,  6};

/*
short blosum85mt[]={
  5,
 -2,  4,
 -1, -4,  9,
 -2,  4, -5,  7,
 -1,  0, -5,  1,  6,
 -3, -4, -3, -4, -4,  7,
  0, -1, -4, -2, -3, -4,  6,
 -2, -1, -5, -2, -1, -2, -3,  8,
 -2, -5, -2, -5, -4, -1, -5, -4,  5,
 -1, -1, -4, -1,  0, -4, -2, -1, -3,  6,
 -2, -5, -2, -5, -4,  0, -5, -3,  1, -3,  4,
 -2, -4, -2, -4, -3, -1, -4, -3,  1, -2,  2,  7,
 -2,  4, -4,  1, -1, -4, -1,  0, -4,  0, -4, -3,  7,
 -1, -3, -4, -2, -2, -4, -3, -3, -4, -2, -4, -3, -3,  8,
 -1, -1, -4, -1,  2, -4, -3,  1, -4,  1, -3,  0,  0, -2,  6,
 -2, -2, -4, -2, -1, -4, -3,  0, -4,  2, -3, -2, -1, -2,  1,  6,
  1,  0, -2, -1, -1, -3, -1, -1, -3, -1, -3, -2,  0, -1, -1, -1,  5,
  0, -1, -2, -2, -1, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -1,  0, -2, -1, -2,  1,  5,
 -1, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4,  3, -3,  0,  0, -4, -3, -3, -3, -2,  0,  5,
 -3, -5, -4, -6, -4,  0, -4, -3, -3, -5, -3, -2, -5, -5, -3, -4, -4, -4, -3, 11,
 -1, -2, -3, -2, -1, -2, -2, -2, -2, -1, -2, -1, -2, -2, -1, -2, -1, -1, -1, -3, -2,
 -3, -4, -3, -4, -4,  3, -5,  2, -2, -3, -2, -2, -3, -4, -2, -3, -2, -2, -2,  2, -2,  7,
 -1,  0, -5,  1,  4, -4, -3,  0, -4,  1, -4, -2, -1, -2,  4,  0, -1, -1, -3, -4, -1, -3,  4};

short blosum90mt[]={
  5,
 -2,  4,
 -1, -4,  9,
 -3,  4, -5,  7,
 -1,  0, -6,  1,  6,
 -3, -4, -3, -5, -5,  7,
  0, -2, -4, -2, -3, -5,  6,
 -2, -1, -5, -2, -1, -2, -3,  8,
 -2, -5, -2, -5, -4, -1, -5, -4,  5,
 -1, -1, -4, -1,  0, -4, -2, -1, -4,  6,
 -2, -5, -2, -5, -4,  0, -5, -4,  1, -3,  5,
 -2, -4, -2, -4, -3, -1, -4, -3,  1, -2,  2,  7,
 -2,  4, -4,  1, -1, -4, -1,  0, -4,  0, -4, -3,  7,
 -1, -3, -4, -3, -2, -4, -3, -3, -4, -2, -4, -3, -3,  8,
 -1, -1, -4, -1,  2, -4, -3,  1, -4,  1, -3,  0,  0, -2,  7,
 -2, -2, -5, -3, -1, -4, -3,  0, -4,  2, -3, -2, -1, -3,  1,  6,
  1,  0, -2, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -3, -2,  0, -2, -1, -1,  5,
  0, -1, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -1, -1, -2, -1,  0, -2, -1, -2,  1,  6,
 -1, -4, -2, -5, -3, -2, -5, -4,  3, -3,  0,  0, -4, -3, -3, -3, -2, -1,  5,
 -4, -6, -4, -6, -5,  0, -4, -3, -4, -5, -3, -2, -5, -5, -3, -4, -4, -4, -3, 11,
 -1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, -1, -2, -2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -2,
 -3, -4, -4, -4, -4,  3, -5,  1, -2, -3, -2, -2, -3, -4, -3, -3, -3, -2, -3,  2, -2,  8,
 -1,  0, -5,  0,  4, -4, -3,  0, -4,  1, -4, -2, -1, -2,  4,  0, -1, -1, -3, -4, -1, -3,  4};
*/

short pam20mt[]={
  6,
 -5,  6,
 -8,-14, 10,
 -4,  6,-16,  8,
 -3,  0,-16,  2,  8,
 -9,-12,-15,-17,-16,  9,
 -3, -4,-11, -4, -5,-10,  7,
 -8, -2, -8, -5, -6, -7,-10,  9,
 -6, -7, -7, -9, -6, -3,-13,-11,  9,
 -8, -3,-16, -6, -5,-16, -8, -8, -7,  7,
 -7,-10,-17,-15,-10, -4,-12, -7, -2, -9,  7,
 -6,-12,-16,-13, -8, -5,-10,-13, -2, -3,  0, 11,
 -5,  6,-13,  1, -3,-10, -4, -1, -6, -2, -8,-11,  8,
 -2, -8, -9, -9, -7,-11, -7, -5,-10, -8, -8, -9, -7,  8,
 -5, -4,-16, -4,  0,-15, -8,  0, -9, -4, -6, -5, -5, -4,  9,
 -8, -9, -9,-12,-11,-10,-11, -3, -6, -1,-10, -5, -7, -5, -2,  9,
 -1, -2, -4, -5, -5, -7, -3, -7, -8, -5, -9, -6, -1, -3, -6, -4,  7,
 -1, -4, -9, -6, -7,-10, -7, -8, -3, -4, -8, -5, -3, -5, -7, -8,  0,  7,
 -3, -9, -7, -9, -8, -9, -7, -7,  1,-10, -3, -2, -9, -7, -8, -9, -8, -4,  7,
-16,-11,-18,-17,-19, -6,-17, -8,-16,-14, -7,-15, -9,-16,-15, -3, -6,-15,-18, 13,
 -4, -6,-11, -7, -6, -9, -6, -6, -6, -6, -7, -6, -4, -6, -6, -7, -4, -5, -6,-13, -6,
 -9, -7, -5,-13, -9,  1,-16, -4, -7,-10, -8,-13, -5,-16,-14,-11, -8, -7, -8, -6, -9, 10,
 -4, -1,-16,  0,  6,-16, -6, -2, -7, -5, -8, -6, -4, -5,  7, -5, -6, -7, -8,-17, -6,-11,  6};

short pam60mt[]={
  5,
 -2,  5,
 -5, -9,  9,
 -2,  5,-10,  7,
 -1,  2,-10,  3,  7,
 -6, -8, -9,-11,-10,  8,
  0, -2, -7, -2, -2, -7,  6,
 -5,  0, -6, -2, -3, -4, -6,  8,
 -3, -4, -4, -5, -4, -1, -7, -6,  7,
 -5, -1,-10, -2, -3,-10, -5, -4, -4,  6,
 -4, -7,-11, -9, -7, -1, -8, -4,  0, -6,  6,
 -3, -6,-10, -7, -5, -2, -6, -7,  1,  0,  2, 10,
 -2,  5, -7,  2,  0, -6, -1,  1, -4,  0, -5, -6,  6,
  0, -4, -6, -5, -3, -7, -4, -2, -6, -4, -5, -6, -4,  7,
 -3, -1,-10, -1,  2, -9, -5,  2, -5, -1, -3, -2, -2, -1,  7,
 -5, -5, -6, -6, -6, -7, -7,  0, -4,  2, -6, -2, -3, -2,  0,  8,
  1,  0, -1, -2, -2, -5,  0, -4, -4, -2, -6, -4,  1,  0, -3, -2,  5,
  1, -2, -5, -3, -4, -6, -3, -5, -1, -2, -5, -2, -1, -2, -4, -4,  1,  6,
 -1, -5, -4, -6, -4, -5, -4, -5,  3, -6, -1,  0, -5, -4, -5, -5, -4, -1,  6,
-10, -8,-12,-11,-12, -3,-11, -5,-10, -8, -4, -9, -6,-10, -9,  0, -4, -9,-11, 13,
 -2, -3, -6, -3, -3, -5, -3, -3, -3, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -4, -2, -2, -3, -8, -3,
 -6, -5, -2, -8, -7,  3,-10, -2, -4, -7, -5, -7, -3,-10, -8, -8, -5, -5, -5, -3, -5,  9,
 -2,  1,-10,  2,  5,-10, -3,  0, -4, -2, -5, -4, -1, -2,  6, -2, -3, -4, -5,-11, -3, -7,  5};

short pam120mt[]={
  3,
  0,  4,
 -3, -6,  9,
  0,  4, -7,  5,
  0,  3, -7,  3,  5,
 -4, -5, -6, -7, -7,  8,
  1,  0, -4,  0, -1, -5,  5,
 -3,  1, -4,  0, -1, -3, -4,  7,
 -1, -3, -3, -3, -3,  0, -4, -4,  6,
 -2,  0, -7, -1, -1, -7, -3, -2, -3,  5,
 -3, -4, -7, -5, -4,  0, -5, -3,  1, -4,  5,
 -2, -4, -6, -4, -3, -1, -4, -4,  1,  0,  3,  8,
 -1,  3, -5,  2,  1, -4,  0,  2, -2,  1, -4, -3,  4,
  1, -2, -4, -3, -2, -5, -2, -1, -3, -2, -3, -3, -2,  6,
 -1,  0, -7,  1,  2, -6, -3,  3, -3,  0, -2, -1,  0,  0,  6,
 -3, -2, -4, -3, -3, -5, -4,  1, -2,  2, -4, -1, -1, -1,  1,  6,
  1,  0,  0,  0, -1, -3,  1, -2, -2, -1, -4, -2,  1,  1, -2, -1,  3,
  1,  0, -3, -1, -2, -4, -1, -3,  0, -1, -3, -1,  0, -1, -2, -2,  2,  4,
  0, -3, -3, -3, -3, -3, -2, -3,  3, -4,  1,  1, -3, -2, -3, -3, -2,  0,  5,
 -7, -6, -8, -8, -8, -1, -8, -3, -6, -5, -3, -6, -4, -7, -6,  1, -2, -6, -8, 12,
 -1, -1, -4, -2, -1, -3, -2, -2, -1, -2, -2, -2, -1, -2, -1, -2, -1, -1, -1, -5, -2,
 -4, -3, -1, -5, -5,  4, -6, -1, -2, -5, -2, -4, -2, -6, -5, -5, -3, -3, -3, -2, -3,  8,
 -1,  2, -7,  3,  4, -6, -2,  1, -3, -1, -3, -2,  0, -1,  4, -1, -1, -2, -3, -7, -1, -5,  4};

/*
short pam160mt[]={
  2,
  0,  3,
 -2, -4,  9,
  0,  3, -5,  4,
  0,  2, -5,  3,  4,
 -3, -4, -5, -6, -5,  7,
  1,  0, -3,  0,  0, -4,  4,
 -2,  1, -3,  0,  0, -2, -3,  6,
 -1, -2, -2, -3, -2,  0, -3, -3,  5,
 -2,  0, -5,  0, -1, -5, -2, -1, -2,  4,
 -2, -4, -6, -4, -3,  1, -4, -2,  2, -3,  5,
 -1, -3, -5, -3, -2,  0, -3, -3,  2,  0,  3,  7,
  0,  2, -4,  2,  1, -3,  0,  2, -2,  1, -3, -2,  3,
  1, -1, -3, -2, -1, -4, -1, -1, -2, -2, -3, -2, -1,  5,
 -1,  1, -5,  1,  2, -5, -2,  2, -2,  0, -2, -1,  0,  0,  5,
 -2, -1, -3, -2, -2, -4, -3,  1, -2,  3, -3, -1, -1, -1,  1,  6,
  1,  0,  0,  0,  0, -3,  1, -1, -2, -1, -3, -2,  1,  1, -1, -1,  2,
  1,  0, -2, -1, -1, -3, -1, -2,  0,  0, -2, -1,  0,  0, -1, -1,  1,  3,
  0, -2, -2, -3, -2, -2, -2, -2,  3, -3,  1,  1, -2, -2, -2, -3, -1,  0,  4,
 -5, -5, -7, -6, -7, -1, -7, -3, -5, -4, -2, -4, -4, -5, -5,  1, -2, -5, -6, 12,
  0, -1, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  0, -1, -1, -1,  0,  0, -1, -4, -1,
 -3, -3,  0, -4, -4,  5, -5,  0, -2, -4, -2, -3, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -3, -1, -3,  8,
  0,  2, -5,  2,  3, -5, -1,  1, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  3,  0, -1, -1, -2, -6, -1, -4,  3};

short pam250mt[]={
  2,
  0,  3,
 -2, -4, 12,
  0,  3, -5,  4,
  0,  3, -5,  3,  4,
 -3, -4, -4, -6, -5,  9,
  1,  0, -3,  1,  0, -5,  5,
 -1,  1, -3,  1,  1, -2, -2,  6,
 -1, -2, -2, -2, -2,  1, -3, -2,  5,
 -1,  1, -5,  0,  0, -5, -2,  0, -2,  5,
 -2, -3, -6, -4, -3,  2, -4, -2,  2, -3,  6,
 -1, -2, -5, -3, -2,  0, -3, -2,  2,  0,  4,  6,
  0,  2, -4,  2,  1, -3,  0,  2, -2,  1, -3, -2,  2,
  1, -1, -3, -1, -1, -5,  0,  0, -2, -1, -3, -2,  0,  6,
  0,  1, -5,  2,  2, -5, -1,  3, -2,  1, -2, -1,  1,  0,  4,
 -2, -1, -4, -1, -1, -4, -3,  2, -2,  3, -3,  0,  0,  0,  1,  6,
  1,  0,  0,  0,  0, -3,  1, -1, -1,  0, -3, -2,  1,  1, -1,  0,  2,
  1,  0, -2,  0,  0, -3,  0, -1,  0,  0, -2, -1,  0,  0, -1, -1,  1,  3,
  0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2,  4, -2,  2,  2, -2, -1, -2, -2, -1,  0,  4,
 -6, -5, -8, -7, -7,  0, -7, -3, -5, -3, -2, -4, -4, -6, -5,  2, -2, -5, -6, 17,
  0, -1, -3, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  0,  0, -1, -4, -1,
 -3, -3,  0, -4, -4,  7, -5,  0, -1, -4, -1, -2, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -2,  0, -2, 10,
  0,  2, -5,  3,  3, -5,  0,  2, -2,  0, -3, -2,  1,  0,  3,  0,  0, -1, -2, -6, -1, -4,  3};
*/
short pam350mt[]={
  2,
  1,  3,
 -2, -5, 18,
  1,  3, -6,  4,
  1,  3, -6,  4,  4,
 -4, -5, -5, -6, -6, 13,
  2,  1, -4,  1,  1, -6,  5,
 -1,  1, -4,  1,  1, -2, -2,  7,
  0, -2, -3, -2, -2,  2, -2, -2,  5,
 -1,  1, -6,  1,  0, -6, -1,  1, -2,  5,
 -2, -4, -7, -4, -4,  3, -4, -2,  4, -3,  8,
 -1, -2, -6, -3, -2,  1, -3, -2,  3,  0,  5,  6,
  0,  2, -4,  2,  2, -4,  1,  2, -2,  1, -3, -2,  2,
  1,  0, -3,  0,  0, -5,  0,  0, -2, -1, -3, -2,  0,  6,
  0,  2, -6,  2,  3, -5, -1,  3, -2,  1, -2, -1,  1,  1,  4,
 -1,  0, -4, -1,  0, -5, -2,  2, -2,  4, -3,  0,  1,  0,  2,  7,
  1,  1,  0,  1,  0, -4,  1, -1, -1,  0, -3, -2,  1,  1,  0,  0,  1,
  1,  0, -2,  0,  0, -3,  1, -1,  0,  0, -2, -1,  1,  1,  0, -1,  1,  2,
  0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2,  4, -2,  3,  2, -2, -1, -2, -3, -1,  0,  5,
 -7, -6,-10, -8, -8,  1, -8, -3, -6, -4, -2, -5, -5, -7, -5,  4, -3, -6, -7, 27,
  0,  0, -3, -1,  0, -2, -1,  0,  0, -1, -1,  0,  0,  0,  0, -1,  0,  0,  0, -5, -1,
 -4, -4,  1, -5, -5, 11, -6,  0,  0, -5,  0, -2, -3, -6, -5, -5, -3, -3, -2,  1, -2, 14,
  0,  2, -6,  3,  3, -6,  0,  2, -2,  1, -3, -2,  2,  0,  3,  1,  0,  0, -2, -7,  0, -5,  3};

/*
short md_40mt[]={
  9,
  0,  0,
 -7,  0, 16,
 -6,  0,-13, 11,
 -5,  0,-15,  3, 11,
-11,  0, -5,-15,-16, 13,
 -3,  0, -7, -4, -4,-15, 10,
 -9,  0, -6, -4, -8, -7,-10, 14,
 -6,  0,-11,-12,-12, -5,-13,-11, 11,
 -8,  0,-12, -8, -3,-16, -9, -6,-11, 11,
 -9,  0,-10,-14,-13, -1,-14, -7, -1,-12,  9,
 -6,  0, -9,-12,-11, -7,-12, -9,  1, -7,  1, 14,
 -6,  0, -8,  1, -5,-12, -5,  0, -8, -1,-12, -9, 12,
 -2,  0,-11,-11,-11,-11, -9, -4,-11,-10, -5,-10, -9, 12,
 -7,  0,-12, -6,  0,-14, -9,  2,-12, -1, -6, -8, -5, -3, 12,
 -7,  0, -5,-10, -8,-15, -4,  0,-10,  3, -9, -8, -6, -6,  0, 11,
  0,  0, -2, -6, -8, -6, -2, -6, -8, -7, -7, -8,  1, -1, -7, -5,  9,
  1,  0, -7, -8, -8,-11, -7, -7, -2, -5, -9, -2, -2, -4, -7, -6,  1, 10,
 -1,  0, -7, -9, -8, -6, -8,-12,  4,-12, -2,  0,-10, -9,-11,-11, -7, -4, 10,
-14,  0, -4,-15,-15, -7, -7,-13,-13,-13, -8,-11,-14,-14,-11, -4, -9,-12,-10, 18,
  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
-13,  0, -2, -8,-14,  2,-13,  2, -9,-13, -9,-11, -6,-13, -9,-10, -7,-10,-11, -6,  0, 14,
  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};

short md_120mt[]={
  6,
  0,  0,
 -3,  0, 14,
 -2,  0, -7,  8,
 -2,  0, -8,  5,  8,
 -6,  0, -2, -9,-10, 11,
  0,  0, -3,  0, -1, -9,  8,
 -4,  0, -2, -1, -3, -2, -4, 11,
 -1,  0, -5, -7, -7, -1, -6, -6,  7,
 -4,  0, -6, -2,  0, -9, -4, -1, -6,  8,
 -4,  0, -5, -8, -8,  2, -8, -4,  2, -6,  7,
 -2,  0, -5, -7, -6, -2, -6, -5,  3, -4,  3, 10,
 -1,  0, -3,  3, -1, -6, -1,  2, -4,  1, -6, -5,  8,
  0,  0, -5, -5, -5, -5, -4, -1, -5, -4, -2, -5, -3,  9,
 -3,  0, -6, -1,  2, -7, -4,  4, -6,  2, -3, -4, -1,  0,  9,
 -3,  0, -2, -4, -3, -8, -1,  2, -6,  4, -5, -4, -2, -2,  2,  8,
  2,  0,  0, -2, -3, -3,  0, -2, -3, -3, -3, -3,  2,  1, -3, -2,  5,
  2,  0, -3, -3, -4, -6, -2, -3,  0, -2, -4,  0,  1,  0, -3, -3,  2,  6,
  1,  0, -3, -5, -5, -2, -4, -6,  5, -6,  1,  2, -5, -4, -6, -6, -3,  0,  7,
 -8,  0,  0, -9, -9, -3, -3, -6, -7, -6, -4, -6, -8, -8, -6, -1, -5, -7, -6, 17,
  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 -7,  0,  2, -4, -7,  5, -8,  4, -5, -7, -4, -6, -2, -7, -4, -5, -3, -6, -6, -2,  0, 12,
  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0};

short md_250mt[]={
  2,
  0,  0,
 -1,  0, 11,
 -1,  0, -3,  5,
 -1,  0, -4,  4,  5,
 -3,  0,  0, -5, -5,  8,
  1,  0, -1,  1,  1, -5,  5,