kim.nex

功能强大的bayes算法源码

	Blepharida      SFKYAWVLDKLKAERERGITIDIALWKFETAKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGTGEFEAGISKNGQTREHALLAFTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSEARFEEIKKEVSSYIKKIGYNPAAVAFVP
	Galeruca        SFKYAWVLDKLKAERERGITIDIALWKFETAKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGTGEFEAGISKNGQTREHALLAFTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSEARYEEIKKEVSSYIKKIGYNPAAVAFVP
	Orthaltica      SFKYAWVLDKLKAERERGITIDIALWKFETAKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGTGEFEAGISKNGQTREHALLAFTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSEARFEEIKKEVSSYIKKIGYNPAAVAFVP
	Paropsis        SFKYAWVLDKLKAERERGITIDIALWKFETAKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGTGEFEAGISKNGQTREHALLAFTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSDSRFEEIKKEVSSYIKKIGYNPAAVAFVP
	Timarcha        SFKYAWVLDKLKAERERGITIDIALWKFETAKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGTGEFEAGISKNGQTREHALLAFTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSETRFEEIKKEVSSYIKKIGYNPAGVPFVP
	Zygograma       SFKYAWVLDKLKAERERGITIDIALWKFETAKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGTGEFEAGISKNGQTREHALLAFTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSETRFEEIKKEVSSYIKKIGYNPAAVAFVP
	Syneta          SFKYAWVLDKLKAERERGITIDIALWKFETAKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGTGEFEAGISKNGQTREHALLAFTLGVKQLVVGVNKMDSTEPPYSEPRFEEIKKEVSSYIKKIGYNPAAVAFVP
	Dibolia         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
	Sangariola      SFKYAWVLDKLKAERERGITIDIALWKFETAKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGTGEFEAGISKNGQTREHALLAFTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSEARFEEIKKEVSSYIKKIGYNPAAVAFVP
	Aulacophora     SFKYAWVLDKLKAERERGITIDIALWKFETSKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGTGEFEAGISKNGQTREHALLAFTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYREARFEEIKKEVSSYIKKIGYNPAAVAFVP
	Diabrotica      ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
	Diorhabda       SFKYAWVLDKLKAERERGITIDIALWKFETSKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGTGEFEAGISKNGQTREHALLAFTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSEARFEEIKKEVSSYIKKIGYNPAAVAFVP
	Schematiza      SFKYAWVLDKLKAERERGITIDIALWKFETAKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGTGEFEAGISKNGQTREHALLAFTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSESRFEEIKKEVSSYIKKIGYNPAAVAFVP
	Oides           SFKYAWVLDKLKAERERGITIDIALWKFETAKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGTGEFEAGISKNGQTREHALLAFTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSEARFEEIKKEVSSYIKKIGYNPAAVAFVP
	
	
	[Morphology]
	Orsodacne       20002  00000  01000  00100  10010  10110  11011  02100  00110  00001
	Chrysomela      00102  10000  00011  10110  12011  10001  01010  10110  00101  01011
	Altica          21112  22201  12121  11021  02110  00012  10011  11110  01101  00101
	Agelastica      01110  11101  01021  11010  12100  11110  11011  10{01}10  00110  00000
	Monolepta       11110  20001  01021  11021  02110  01010  11011  11010  00100  00000
	Phyllobrotica   ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????
	Allochroma      11111  20111  12111  01021  02110  00010  10011  11112  01101  00111
	Chrysolina      00102  10100  00001  10110  12011  10001  01010  10010  01101  01011
	Aphthona        21112  22201  12121  11021  02110  00012  10011  11112  11101  00101
	Chaetocnema     21112  22201  12121  11021  02110  00012  10011  11112  11101  00101
	Systena         21112  220?1  12121  11021  02110  00112  10011  11111  01101  00101
	Monocesta       01110  21101  00121  11110  12200  ?1010  11011  11010  00100  00010
	Disonycha       21112  21101  11121  11021  02110  00012  10111  10112  00101  00101
	Blepharida      11102  10101  02121  11110  02110  00112  10011  10010  01101  01111
	Galeruca        01110  12211  00021  11010  12000  1??10  11010  11010  00100  00000
	Orthaltica      01112  20011  12121  11031  02110  ?0001  10001  02112  11101  00000
	Paropsis        ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????
	Timarcha        00102  10000  00001  10110  12011  0??01  01011  12???  ?1101  01001
	Zygograma       ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????
	Syneta          01012  00010  00111  10?00  11000  01110  01100  10112  00010  10001
	Dibolia         21112  22001  12121  11021  02110  00012  10011  11112  01101  00111
	Sangariola      21112  22201  12121  11021  02110  00112  10011  11112  00101  00101
	Aulacophora     11100  10101  00021  01010  12300  01010  11011  01010  00110  00000
	Diabrotica      ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????
	Diorhabda       01110  11001  01021  11011  12000  10010  11010  11010  00100  00000
	Schematiza      ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????  ?????
	Oides           01110  10001  00021  11120  12001  01010  11110  11110  00110  00001
	;
end;

begin mrbayes;
	[Define pairs for the doublet model]
	pairs   22:497, 21:498, 20:499, 19:500, 18:501, 17:502, 16:503, 33:172, 34:171, 35:170, 36:169, 37:168, 
	        38:167, 45:160, 46:159, 47:158, 48:157, 49:156, 50:155, 51:154, 53:153, 54:152, 55:151, 59:150, 
	        60:149, 61:148, 62:147, 63:146, 86:126, 87:125, 88:124, 89:123, 187:484, 186:485, 185:486, 
	        184:487, 183:488, 182:489, 191:295, 192:294, 193:293, 194:292, 195:291, 196:290, 197:289, 
	        198:288, 199:287, 200:286, 201:283, 202:282, 203:281, 204:280, 205:279, 206:278, 213:268, 
	        214:267, 215:266, 216:265, 217:264, 226:259, 227:258, 228:257, 229:256, 230:255, 231:254, 
	        232:253, 233:252, 304:477, 305:476, 306:475, 307:474, 308:473, 316:335, 317:334, 318:333, 
	        319:332, 336:440, 337:439, 338:438, 339:437, 340:436, 341:435, 343:422, 344:421, 345:420, 
	        346:419, 347:418, 348:417, 349:416, 351:414, 352:413, 353:412, 354:411, 355:408, 356:407, 
	        357:406, 358:405, 359:404, 360:403, 361:402, 369:400, 370:399, 371:398, 372:397, 373:396, 
	        376:394, 377:393, 379:392, 380:391, 381:390;
	
	[Define character sets]
	charset ambiguously_aligned = 92-103 108-122 234-251 320-327 449-468;
	charset stems               = 22 497 21 498 20 499 19 500 18 501 17 502 16 503 33 172 34 171 35 170 
	                              36 169 37 168 38 167 45 160 46 159 47 158 48 157 49 156 50 155 51 154 
	                              53 153 54 152 55 151 59 150 60 149 61 148 62 147 63 146 86 126 87 125 
	                              88 124 89 123 187 484 186 485 185 486 184 487 183 488 182 489 191 295 
	                              192 294 193 293 194 292 195 291 196 290 197 289 198 288 199 287 200 286 
	                              201 283 202 282 203 281 204 280 205 279 206 278 213 268 214 267 215 266 
	                              216 265 217 264 226 259 227 258 228 257 229 256 230 255 231 254 232 253 
	                              233 252 304 477 305 476 306 475 307 474 308 473 316 335 317 334 318 333 
	                              319 332 336 440 337 439 338 438 339 437 340 436 341 435 343 422 344 421 
	                              345 420 346 419 347 418 348 417 349 416 351 414 352 413 353 412 354 411 
	                              355 408 356 407 357 406 358 405 359 404 360 403 361 402