📄 bensylam.mol
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# pensylamine C6H6-CH2-NH2# atoms# Number of atoms 17C1 -0.994 1.005 0.291 12.0110 -0.0900 3.5490 0.2930 CA 1H1 -0.959 2.103 0.390 1.0080 0.0900 2.4200 0.1260 HP 2C2 -2.182 0.388 0.202 12.0110 -0.0900 3.5490 0.2930 CA 3H2 -3.114 0.979 0.229 1.0080 0.0900 2.4200 0.1260 HP 4C3 -2.238 -0.946 0.082 12.0110 -0.0900 3.5490 0.2930 CA 5H3 -3.216 -1.455 0.010 1.0080 0.0900 2.4200 0.1260 HP 6C4 -1.105 -1.662 0.053 12.0110 -0.0900 3.5490 0.2930 CA 7H4 -1.149 -2.761 -0.044 1.0080 0.0900 2.4200 0.1260 HP 8C5 0.082 -1.044 0.141 12.0110 -0.0900 3.5490 0.2930 CA 9H5 1.009 -1.642 0.117 1.0080 0.0900 2.4200 0.1260 HP 10C6 0.150 0.296 0.259 12.0110 -0.0900 3.5490 0.2930 CA 11C7 1.498 0.996 0.364 12.0110 0.0100 3.8754 0.2302 CT2 12H71 1.412 1.910 0.996 1.0080 0.1000 2.3520 0.0921 HA 13H71 2.236 0.341 0.881 1.0080 0.1000 2.3520 0.0921 HA 14N 2.012 1.362 -0.941 14.0070 -0.4800 3.2963 0.8374 NH2 15HN1 2.129 0.552 -1.543 1.0080 0.1800 0.4000 0.1926 HC 16HN2 1.378 1.980 -1.439 1.0080 0.1800 0.4000 0.1926 HC 17 3 File created by utility MAKEMOL, package MDynaMix Coordinates taken from file pensylam.smol Force field from file generic.ff # Number of bonds 17 0 1 2 1.08000 1423.00 # CA -HP 0 1 3 1.37500 1277.00 # CA -CA 0 3 4 1.08000 1423.00 # CA -HP 0 3 5 1.37500 1277.00 # CA -CA 0 5 6 1.08000 1423.00 # CA -HP 0 5 7 1.37500 1277.00 # CA -CA 0 7 8 1.08000 1423.00 # CA -HP 0 7 9 1.37500 1277.00 # CA -CA 0 9 10 1.08000 1423.00 # CA -HP 0 9 11 1.37500 1277.00 # CA -CA 0 1 11 1.37500 1277.00 # CA -CA 0 11 12 1.49000 963.00 # CA -CT2 0 12 13 1.11100 1294.00 # CT2 -HA 0 12 14 1.11100 1294.00 # CT2 -HA 0 12 15 1.45500 1005.00 # CT2 -NH2 0 15 16 1.00000 1926.00 # NH2 -HC 0 15 17 1.00000 1926.00 # NH2 -HC # Number of angles 27 2 1 3 120.0000 125.60 # HP -CA -CA 2 1 11 120.0000 125.60 # HP -CA -CA 3 1 11 120.0000 167.50 # CA -CA -CA 1 3 4 120.0000 125.60 # CA -CA -HP 1 3 5 120.0000 167.50 # CA -CA -CA 4 3 5 120.0000 125.60 # HP -CA -CA 3 5 6 120.0000 125.60 # CA -CA -HP 3 5 7 120.0000 167.50 # CA -CA -CA 6 5 7 120.0000 125.60 # HP -CA -CA 5 7 8 120.0000 125.60 # CA -CA -HP 5 7 9 120.0000 167.50 # CA -CA -CA 8 7 9 120.0000 125.60 # HP -CA -CA 7 9 10 120.0000 125.60 # CA -CA -HP 7 9 11 120.0000 167.50 # CA -CA -CA 10 9 11 120.0000 125.60 # HP -CA -CA 9 11 1 120.0000 167.50 # CA -CA -CA 9 11 12 122.3000 191.80 # CA -CA -CT2 1 11 12 122.3000 191.80 # CA -CA -CT2 11 12 13 107.5000 206.40 # CA -CT2 -HA 11 12 14 107.5000 206.40 # CA -CT2 -HA 11 12 15 109.0000 184.00 # CA -CT2 -NH2 13 12 14 109.0000 148.60 # HA -CT2 -HA 13 12 15 109.5000 159.10 # HA -CT2 -NH2 14 12 15 109.5000 159.10 # HA -CT2 -NH2 12 15 16 111.0000 209.30 # CT2 -NH2 -HC 12 15 17 111.0000 209.30 # CT2 -NH2 -HC 16 15 17 120.0000 104.70 # HC -NH2 -HC # Number of torsions 36 2 1 3 4 180.000 10.000 2 #HP -CA -CA -HP 2 1 3 5 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CA 11 1 3 4 180.000 17.600 2 #CA -CA -CA -HP 11 1 3 5 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CA 1 3 5 6 180.000 17.600 2 #CA -CA -CA -HP 1 3 5 7 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CA 4 3 5 6 180.000 10.000 2 #HP -CA -CA -HP 4 3 5 7 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CA 3 5 7 8 180.000 17.600 2 #CA -CA -CA -HP 3 5 7 9 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CA 6 5 7 8 180.000 10.000 2 #HP -CA -CA -HP 6 5 7 9 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CA 5 7 9 10 180.000 17.600 2 #CA -CA -CA -HP 5 7 9 11 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CA 8 7 9 10 180.000 10.000 2 #HP -CA -CA -HP 8 7 9 11 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CA 7 9 11 1 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CA 7 9 11 12 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CT2 10 9 11 1 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CA 10 9 11 12 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CT2 2 1 11 9 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CA 2 1 11 12 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CT2 3 1 11 9 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CA 3 1 11 12 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CT2 9 11 12 13 0.000 0.000 0 #CA -CA -CT2 -HA 9 11 12 14 0.000 0.000 0 #CA -CA -CT2 -HA 9 11 12 15 0.000 0.000 0 #CA -CA -CT2 -NH2 1 11 12 13 0.000 0.000 0 #CA -CA -CT2 -HA 1 11 12 14 0.000 0.000 0 #CA -CA -CT2 -HA 1 11 12 15 0.000 0.000 0 #CA -CA -CT2 -NH2 11 12 15 16 0.000 0.419 3 #CA -CT2 -NH2 -HC 11 12 15 17 0.000 0.419 3 #CA -CT2 -NH2 -HC 13 12 15 16 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH2 -HC 13 12 15 17 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH2 -HC 14 12 15 16 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH2 -HC 14 12 15 17 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH2 -HC # Special 1-4 interactions special 1# I Sig14 Eps14 12 3.3854 0.0418⌨️ 快捷键说明
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