📄 putrescine.mol
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# MDynaMix molecular database## Putrescine## NH3+ - CH2 - CH2 - CH2 - CH2 - NH3+## Number of atoms 20N1 -2.319 1.847 1.099 14.0070 -0.3000 3.2963 0.8374 NH3 1H1a -1.985 2.719 0.663 1.0080 0.3300 0.4000 0.1926 HC 2H1b -3.348 1.886 1.114 1.0080 0.3300 0.4000 0.1926 HC 3H1c -1.998 1.861 2.078 1.0080 0.3300 0.4000 0.1926 HC 4C2 0.289 -0.609 -0.367 12.0110 0.1300 3.8754 0.2302 CT2 5H2a -0.097 -1.539 0.113 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 6H2b -0.083 -0.610 -1.418 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 7C3 1.823 -0.620 -0.360 12.0110 -0.1800 3.8754 0.2302 CT2 8H3a 2.255 0.270 -0.874 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 9H3b 2.241 -0.669 0.673 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 10C4 -0.284 0.612 0.369 12.0110 -0.1800 3.8754 0.2302 CT2 11H4a 0.102 1.542 -0.112 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 12H4b 0.088 0.613 1.420 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 13C5 -1.818 0.623 0.362 12.0110 0.1300 3.8754 0.2302 CT2 14H5a -2.236 0.672 -0.671 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 15H5b -2.250 -0.267 0.876 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 16N6 2.324 -1.844 -1.097 14.0070 -0.3000 3.2963 0.8374 NH3 17H6a 3.353 -1.883 -1.112 1.0080 0.3300 0.4000 0.1926 HC 18H6b 1.990 -2.716 -0.661 1.0080 0.3300 0.4000 0.1926 HC 19H6c 2.003 -1.858 -2.076 1.0080 0.3300 0.4000 0.1926 HC 20 5 Putrescine NH3+ - (CH2)*4 - NH3+ CHARMM ff File created by utility MAKEMOL, package MDynaMix Coordinates taken from file putricine.alc Force field from file generic.ff # Number of bonds 19 0 5 8 1.53000 944.00 # CT2 -CT2 0 5 11 1.53000 944.00 # CT2 -CT2 0 5 6 1.11100 1294.00 # CT2 -HA 0 5 7 1.11100 1294.00 # CT2 -HA 0 8 17 1.48000 837.40 # CT2 -NH3 0 8 9 1.11100 1294.00 # CT2 -HA 0 8 10 1.11100 1294.00 # CT2 -HA 0 11 14 1.53000 944.00 # CT2 -CT2 0 11 12 1.11100 1294.00 # CT2 -HA 0 11 13 1.11100 1294.00 # CT2 -HA 0 14 1 1.48000 837.40 # CT2 -NH3 0 14 15 1.11100 1294.00 # CT2 -HA 0 14 16 1.11100 1294.00 # CT2 -HA 0 1 3 1.04000 1687.00 # NH3 -HC 0 1 4 1.04000 1687.00 # NH3 -HC 0 1 2 1.04000 1687.00 # NH3 -HC 0 17 18 1.04000 1687.00 # NH3 -HC 0 17 19 1.04000 1687.00 # NH3 -HC 0 17 20 1.04000 1687.00 # NH3 -HC # Number of angles 36 14 1 3 109.5000 125.60 # CT2 -NH3 -HC 14 1 4 109.5000 125.60 # CT2 -NH3 -HC 14 1 2 109.5000 125.60 # CT2 -NH3 -HC 3 1 4 109.5000 184.20 # HC -NH3 -HC 3 1 2 109.5000 184.20 # HC -NH3 -HC 4 1 2 109.5000 184.20 # HC -NH3 -HC 8 5 11 113.6000 244.30 # CT2 -CT2 -CT2 8 5 6 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 8 5 7 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 11 5 6 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 11 5 7 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 6 5 7 109.0000 148.60 # HA -CT2 -HA 5 8 17 110.0000 283.50 # CT2 -CT2 -NH3 5 8 9 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 5 8 10 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 17 8 9 107.5000 188.40 # NH3 -CT2 -HA 17 8 10 107.5000 188.40 # NH3 -CT2 -HA 9 8 10 109.0000 148.60 # HA -CT2 -HA 5 11 14 113.6000 244.30 # CT2 -CT2 -CT2 5 11 12 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 5 11 13 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 14 11 12 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 14 11 13 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 12 11 13 109.0000 148.60 # HA -CT2 -HA 11 14 1 110.0000 283.50 # CT2 -CT2 -NH3 11 14 15 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 11 14 16 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 1 14 15 107.5000 188.40 # NH3 -CT2 -HA 1 14 16 107.5000 188.40 # NH3 -CT2 -HA 15 14 16 109.0000 148.60 # HA -CT2 -HA 8 17 18 109.5000 125.60 # CT2 -NH3 -HC 8 17 19 109.5000 125.60 # CT2 -NH3 -HC 8 17 20 109.5000 125.60 # CT2 -NH3 -HC 18 17 19 109.5000 184.20 # HC -NH3 -HC 18 17 20 109.5000 184.20 # HC -NH3 -HC 19 17 20 109.5000 184.20 # HC -NH3 -HC # Number of torsions 45 11 5 8 17 0.000 0.816 3 #CT2 -CT2 -CT2 -NH3 11 5 8 9 0.000 0.816 3 #CT2 -CT2 -CT2 -HA 11 5 8 10 0.000 0.816 3 #CT2 -CT2 -CT2 -HA 6 5 8 17 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -NH3 6 5 8 9 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -HA 6 5 8 10 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -HA 7 5 8 17 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -NH3 7 5 8 9 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -HA 7 5 8 10 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -HA 8 5 11 14 0.000 0.816 3 #CT2 -CT2 -CT2 -CT2 8 5 11 12 0.000 0.816 3 #CT2 -CT2 -CT2 -HA 8 5 11 13 0.000 0.816 3 #CT2 -CT2 -CT2 -HA 6 5 11 14 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -CT2 6 5 11 12 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -HA 6 5 11 13 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -HA 7 5 11 14 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -CT2 7 5 11 12 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -HA 7 5 11 13 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -HA 5 8 17 18 0.000 0.419 3 #CT2 -CT2 -NH3 -HC 5 8 17 19 0.000 0.419 3 #CT2 -CT2 -NH3 -HC 5 8 17 20 0.000 0.419 3 #CT2 -CT2 -NH3 -HC 9 8 17 18 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH3 -HC 9 8 17 19 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH3 -HC 9 8 17 20 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH3 -HC 10 8 17 18 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH3 -HC 10 8 17 19 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH3 -HC 10 8 17 20 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH3 -HC 5 11 14 1 0.000 0.816 3 #CT2 -CT2 -CT2 -NH3 5 11 14 15 0.000 0.816 3 #CT2 -CT2 -CT2 -HA 5 11 14 16 0.000 0.816 3 #CT2 -CT2 -CT2 -HA 12 11 14 1 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -NH3 12 11 14 15 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -HA 12 11 14 16 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -HA 13 11 14 1 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -NH3 13 11 14 15 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -HA 13 11 14 16 0.000 0.816 3 #HA -CT2 -CT2 -HA 11 14 1 3 0.000 0.419 3 #CT2 -CT2 -NH3 -HC 11 14 1 4 0.000 0.419 3 #CT2 -CT2 -NH3 -HC 11 14 1 2 0.000 0.419 3 #CT2 -CT2 -NH3 -HC 15 14 1 3 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH3 -HC 15 14 1 4 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH3 -HC 15 14 1 2 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH3 -HC 16 14 1 3 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH3 -HC 16 14 1 4 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH3 -HC 16 14 1 2 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH3 -HC # Special 1-4 interactions special 4# I Sig14 Eps14 5 3.3854 0.0418 8 3.3854 0.0418 11 3.3854 0.0418 14 3.3854 0.0418⌨️ 快捷键说明
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