📄 dmpc_45a3.mol
字号:
# DMPC united atom model# adjusted for GROMAS 45A3 force field parameters## Number of atoms 46C33 8.227 -0.852 17.737 15.0110 0.4000 3.7480 0.8672 CH3 1C34 10.178 -2.392 17.374 15.0110 0.4000 3.7480 0.8672 CH3 2C35 7.989 -3.333 17.840 15.0110 0.4000 3.7480 0.8672 CH3 3N 8.748 -2.181 17.120 14.0070 -0.5000 3.2500 0.1700 N 4C32 8.566 -2.295 15.689 14.0110 0.3000 4.0700 0.4105 CH2 5C31 7.217 -1.886 15.035 14.0110 0.4000 4.0700 0.4105 CH2 6O32 6.216 -2.731 15.512 15.9994 -0.8000 2.6260 1.7260 OA 7P 4.845 -2.093 15.977 30.9740 1.7000 3.7400 0.2000 P 8O33 4.861 -0.631 15.679 15.9994 -0.8000 2.6260 1.7260 OM 9O34 4.756 -2.492 17.394 15.9994 -0.8000 2.6260 1.7260 OM 10O31 3.707 -2.786 15.095 15.9994 -0.7000 2.6260 1.7260 OA 11C3 3.738 -2.873 13.644 14.0110 0.4000 4.0700 0.4105 CH2 12C2 2.243 -2.827 13.200 13.0110 0.3000 5.0190 0.0949 CH1 13O21 2.339 -3.120 11.782 15.9994 -0.7000 2.6260 1.7260 OA 14C21 1.289 -3.588 11.147 12.0110 0.7000 3.3610 0.4059 C 15O22 0.153 -3.831 11.605 15.9994 -0.7000 2.9600 0.2100 O 16C22 1.673 -3.971 9.736 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 17C23 1.294 -2.848 8.709 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 18C24 -0.181 -2.632 8.689 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 19C25 -0.475 -1.660 7.570 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 20C26 -1.976 -1.331 7.537 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 21C27 -2.210 -0.604 6.211 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 22C28 -3.670 -0.199 5.865 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 23C29 -3.849 0.012 4.347 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 24C210 -5.283 0.554 4.047 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 25C211 -5.277 1.207 2.682 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 26C212 -6.564 1.488 2.030 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 27C213 -6.384 1.904 0.539 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 28C214 -7.769 1.896 -0.208 15.0110 0.0000 3.7480 0.8672 CH3 29C1 1.655 -1.406 13.630 14.0110 0.5000 4.0700 0.4105 CH2 30O11 0.329 -1.200 13.100 15.9994 -0.7000 2.6260 1.7260 OA 31C11 0.222 -0.353 12.080 12.0110 0.8000 3.3610 0.4059 C 32O12 1.106 -0.079 11.290 15.9994 -0.6000 2.9600 0.2100 O 33C12 -1.278 -0.126 11.925 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 34C13 -1.439 1.080 10.993 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 35C14 -2.878 1.502 10.901 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 36C15 -3.314 2.153 9.608 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 37C16 -4.865 2.125 9.422 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 38C17 -5.424 3.164 8.405 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 39C18 -6.703 2.831 7.778 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 40C19 -7.257 4.068 7.098 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 41C110 -8.331 3.691 6.114 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 42C111 -8.462 4.848 5.103 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 43C112 -9.050 4.592 3.754 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 44C113 -9.702 5.863 3.142 14.0110 0.0000 4.0700 0.4105 CH2 45C114 -10.635 5.331 2.013 15.0110 0.0000 3.7480 0.8672 CH3 46 3 File created by utility MAKEMOL, package MDynaMix Coordinates taken from file dmpc_45A3.smol Force field from file 45A3.ff # Number of bonds 45 0 1 4 1.47000 1884.00 # CH3 -N 0 2 4 1.47000 1884.00 # CH3 -N 0 3 4 1.47000 1884.00 # CH3 -N 0 4 5 1.47000 1884.00 # N -CH2 0 5 6 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 6 7 1.43000 1674.00 # CH2 -OA 0 7 8 1.61000 1256.00 # OA -P 0 8 9 1.48000 1884.00 # P -OM 0 8 10 1.48000 1884.00 # P -OM 0 8 11 1.61000 1256.00 # P -OA 0 11 12 1.43000 1674.00 # OA -CH2 0 12 13 1.53000 1674.00 # CH2 -CH1 0 13 14 1.43000 1674.00 # CH1 -OA 0 14 15 1.33000 1884.00 # OA -C 0 15 16 1.23000 2512.00 # C -O 0 15 17 1.48000 1674.00 # C -CH2 0 17 18 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 18 19 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 19 20 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 20 21 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 21 22 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 22 23 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 23 24 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 24 25 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 25 26 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 26 27 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 27 28 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 28 29 1.53000 1674.00 # CH2 -CH3 0 13 30 1.53000 1674.00 # CH1 -CH2 0 30 31 1.43000 1674.00 # CH2 -OA 0 31 32 1.33000 1884.00 # OA -C 0 32 33 1.23000 2512.00 # C -O 0 32 34 1.48000 1674.00 # C -CH2 0 34 35 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 35 36 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 36 37 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 37 38 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 38 39 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 39 40 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 40 41 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 41 42 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 42 43 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 43 44 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 44 45 1.53000 1674.00 # CH2 -CH2 0 45 46 1.53000 1674.00 # CH2 -CH3 # Number of angles 53 1 4 2 109.5000 260.00 # CH3 -N -CH3 1 4 3 109.5000 260.00 # CH3 -N -CH3 1 4 5 109.5000 260.00 # CH3 -N -CH2 2 4 3 109.5000 260.00 # CH3 -N -CH3 2 4 5 109.5000 260.00 # CH3 -N -CH2 3 4 5 109.5000 260.00 # CH3 -N -CH2 4 5 6 109.5000 260.00 # N -CH2 -CH2 5 6 7 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -OA 6 7 8 120.0000 265.00 # CH2 -OA -P 7 8 9 109.6000 225.00 # OA -P -OM 7 8 10 109.6000 225.00 # OA -P -OM 7 8 11 103.0000 210.00 # OA -P -OA 9 8 10 120.0000 390.00 # OM -P -OM 9 8 11 109.6000 225.00 # OM -P -OA 10 8 11 109.6000 225.00 # OM -P -OA 8 11 12 120.0000 265.00 # P -OA -CH2 11 12 13 111.0000 265.00 # OA -CH2 -CH1 12 13 14 111.0000 265.00 # CH2 -CH1 -OA 12 13 30 111.0000 265.00 # CH2 -CH1 -CH2 14 13 30 111.0000 265.00 # OA -CH1 -CH2 13 14 15 117.0000 318.00 # CH1 -OA -C 14 15 16 122.0000 350.00 # OA -C -O 14 15 17 113.0000 272.00 # OA -C -CH2 16 15 17 125.0000 375.00 # O -C -CH2 15 17 18 111.0000 265.00 # C -CH2 -CH2 17 18 19 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 18 19 20 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 19 20 21 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 20 21 22 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 21 22 23 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 22 23 24 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 23 24 25 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 24 25 26 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 25 26 27 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 26 27 28 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 27 28 29 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH3 13 30 31 111.0000 265.00 # CH1 -CH2 -OA 30 31 32 117.0000 318.00 # CH2 -OA -C 31 32 33 122.0000 350.00 # OA -C -O 31 32 34 113.0000 272.00 # OA -C -CH2 33 32 34 125.0000 375.00 # O -C -CH2 32 34 35 111.0000 265.00 # C -CH2 -CH2 34 35 36 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 35 36 37 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 36 37 38 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 37 38 39 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 38 39 40 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 39 40 41 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 40 41 42 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 41 42 43 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 42 43 44 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 43 44 45 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH2 44 45 46 111.0000 265.00 # CH2 -CH2 -CH3 # Number of torsions 51 1 4 5 6 0.000 3.770 3 #CH3 -N -CH2 -CH2 2 4 5 6 0.000 3.770 3 #CH3 -N -CH2 -CH2 3 4 5 6 0.000 3.770 3 #CH3 -N -CH2 -CH2 4 5 6 7 0.000 5.860 3 #N -CH2 -CH2 -OA 5 6 7 8 0.000 3.770 3 #CH2 -CH2 -OA -P 6 7 8 9 0.0 0.0 1 #CH2 -OA -P -OM 6 7 8 10 0.0 0.0 1 #CH2 -OA -P -OM 6 7 8 11 0.000 3.140 2 #CH2 -OA -P -OA 6 7 8 11 0.000 1.050 3 #CH2 -OA -P -OA 7 8 11 12 0.000 3.140 2 #OA -P -OA -CH2 7 8 11 12 0.000 1.050 3 #OA -P -OA -CH2 9 8 11 12 0.0 0.0 1 #OM -P -OA -CH2 10 8 11 12 0.0 0.0 1 #OM -P -OA -CH2 8 11 12 13 0.000 3.770 3 #P -OA -CH2 -CH1 11 12 13 14 0.0 0.0 1 #OA -CH2 -CH1 -OA 11 12 13 30 0.000 5.920 3 #OA -CH2 -CH1 -CH2 12 13 14 15 0.000 3.770 3 #CH2 -CH1 -OA -C 30 13 14 15 0.000 3.770 3 #CH2 -CH1 -OA -C 13 14 15 16 0.0 0.0 1 #CH1 -OA -C -O 13 14 15 17 180.000 16.700 2 #CH1 -OA -C -CH2 14 15 17 18 0.000 1.000 6 #OA -C -CH2 -CH2 16 15 17 18 0.0 0.0 1 #O -C -CH2 -CH2 15 17 18 19 0.000 5.920 3 #C -CH2 -CH2 -CH2 17 18 19 20 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 18 19 20 21 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 19 20 21 22 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 20 21 22 23 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 21 22 23 24 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 22 23 24 25 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 23 24 25 26 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 24 25 26 27 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 25 26 27 28 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 26 27 28 29 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH3 12 13 30 31 0.000 5.920 3 #CH2 -CH1 -CH2 -OA 14 13 30 31 0.0 0.0 1 #OA -CH1 -CH2 -OA 13 30 31 32 0.000 3.770 3 #CH1 -CH2 -OA -C 30 31 32 33 0.0 0.0 1 #CH2 -OA -C -O 30 31 32 34 180.000 16.700 2 #CH2 -OA -C -CH2 31 32 34 35 0.000 1.000 6 #OA -C -CH2 -CH2 33 32 34 35 0.0 0.0 1 #O -C -CH2 -CH2 32 34 35 36 0.000 5.920 3 #C -CH2 -CH2 -CH2 34 35 36 37 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 35 36 37 38 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 36 37 38 39 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 37 38 39 40 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 38 39 40 41 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 39 40 41 42 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 40 41 42 43 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 41 42 43 44 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 42 43 44 45 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH2 43 44 45 46 0.000 5.920 3 #CH2 -CH2 -CH2 -CH3 # Special 1-4 interactions special 34# I Sig14 Eps14 1 3.0958 1.9462 2 3.0958 1.9462 3 3.0958 1.9462 5 3.1645 1.1760 6 3.1645 1.1760 12 3.1645 1.1760 13 3.2965 0.5672 17 3.1645 1.1760 18 3.1645 1.1760 19 3.1645 1.1760 20 3.1645 1.1760 21 3.1645 1.1760 22 3.1645 1.1760 23 3.1645 1.1760 24 3.1645 1.1760 25 3.1645 1.1760 26 3.1645 1.1760 27 3.1645 1.1760 28 3.1645 1.1760 29 3.0958 1.9462 30 3.1645 1.1760 34 3.1645 1.1760 35 3.1645 1.1760 36 3.1645 1.1760 37 3.1645 1.1760 38 3.1645 1.1760 39 3.1645 1.1760 40 3.1645 1.1760 41 3.1645 1.1760 42 3.1645 1.1760 43 3.1645 1.1760 44 3.1645 1.1760 45 3.1645 1.1760 46 3.0958 1.9462improper3# added manually32 31 34 33 0. 0.025515 14 17 16 0. 0.025513 30 12 14 35.26 0.051⌨️ 快捷键说明
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