📄 bensylam.smol
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# bensylamine C6H5-CH2-NH2# atoms# Number of atoms 17C1 -0.994 1.005 0.291 12.0110 -0.0900 3.5490 0.2930 CA 1H1 -0.959 2.103 0.390 1.0080 0.0900 2.4200 0.1260 HP 2C2 -2.182 0.388 0.202 12.0110 -0.0900 3.5490 0.2930 CA 3H2 -3.114 0.979 0.229 1.0080 0.0900 2.4200 0.1260 HP 4C3 -2.238 -0.946 0.082 12.0110 -0.0900 3.5490 0.2930 CA 5H3 -3.216 -1.455 0.010 1.0080 0.0900 2.4200 0.1260 HP 6C4 -1.105 -1.662 0.053 12.0110 -0.0900 3.5490 0.2930 CA 7H4 -1.149 -2.761 -0.044 1.0080 0.0900 2.4200 0.1260 HP 8C5 0.082 -1.044 0.141 12.0110 -0.0900 3.5490 0.2930 CA 9H5 1.009 -1.642 0.117 1.0080 0.0900 2.4200 0.1260 HP 10C6 0.150 0.296 0.259 12.0110 -0.0900 3.5490 0.2930 CA 11C7 1.498 0.996 0.364 12.0110 -0.0900 3.8754 0.2302 CT2 12H71 1.412 1.910 0.996 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 13H71 2.236 0.341 0.881 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 14N 2.012 1.362 -0.941 14.0070 -0.7100 3.2963 0.8374 NH2 15HN1 2.129 0.552 -1.543 1.0080 0.3100 0.4000 0.1926 HC 16HN2 1.378 1.980 -1.439 1.0080 0.3100 0.4000 0.1926 HC 17 3 File created by utility MAKEMOL, package MDynaMix Coordinates taken from file bensylam.smol Force field from file generic.ff # Number of bonds 34 0 1 2 1.08000 1423.00 # CA -HP 0 1 3 1.37500 1277.00 # CA -CA 0 3 4 1.08000 1423.00 # CA -HP 0 3 5 1.37500 1277.00 # CA -CA 0 5 6 1.08000 1423.00 # CA -HP 0 5 7 1.37500 1277.00 # CA -CA 0 7 8 1.08000 1423.00 # CA -HP 0 7 9 1.37500 1277.00 # CA -CA 0 9 10 1.08000 1423.00 # CA -HP 0 9 11 1.37500 1277.00 # CA -CA 0 1 11 1.37500 1277.00 # CA -CA 0 11 12 1.49000 963.00 # CA -CT2 0 12 13 1.11100 1294.00 # CT2 -HA 0 12 14 1.11100 1294.00 # CT2 -HA 0 12 15 1.45500 1005.00 # CT2 -NH2 0 15 16 1.00000 1926.00 # NH2 -HC 0 15 17 1.00000 1926.00 # NH2 -HC # Urey-Bradley terms (for 1-3 neigbours) 0 2 3 2.15200 92.11 # NH2 -HC 0 2 11 2.15200 92.11 # NH2 -HC 0 3 11 2.41620 146.50 # NH2 -HC 0 1 4 2.15200 92.11 # NH2 -HC 0 1 5 2.41620 146.50 # NH2 -HC 0 4 5 2.15200 92.11 # NH2 -HC 0 3 6 2.15200 92.11 # NH2 -HC 0 3 7 2.41620 146.50 # NH2 -HC 0 6 7 2.15200 92.11 # NH2 -HC 0 5 8 2.15200 92.11 # NH2 -HC 0 5 9 2.41620 146.50 # NH2 -HC 0 8 9 2.15200 92.11 # NH2 -HC 0 7 10 2.15200 92.11 # NH2 -HC 0 7 11 2.41620 146.50 # NH2 -HC 0 10 11 2.15200 92.11 # NH2 -HC 0 9 1 2.41620 146.50 # NH2 -HC 0 13 14 1.80200 22.60 # NH2 -HC # Number of angles 27 2 1 3 120.0000 125.60 # HP -CA -CA 2 1 11 120.0000 125.60 # HP -CA -CA 3 1 11 120.0000 167.50 # CA -CA -CA 1 3 4 120.0000 125.60 # CA -CA -HP 1 3 5 120.0000 167.50 # CA -CA -CA 4 3 5 120.0000 125.60 # HP -CA -CA 3 5 6 120.0000 125.60 # CA -CA -HP 3 5 7 120.0000 167.50 # CA -CA -CA 6 5 7 120.0000 125.60 # HP -CA -CA 5 7 8 120.0000 125.60 # CA -CA -HP 5 7 9 120.0000 167.50 # CA -CA -CA 8 7 9 120.0000 125.60 # HP -CA -CA 7 9 10 120.0000 125.60 # CA -CA -HP 7 9 11 120.0000 167.50 # CA -CA -CA 10 9 11 120.0000 125.60 # HP -CA -CA 9 11 1 120.0000 167.50 # CA -CA -CA 9 11 12 122.3000 191.80 # CA -CA -CT2 1 11 12 122.3000 191.80 # CA -CA -CT2 11 12 13 107.5000 206.40 # CA -CT2 -HA 11 12 14 107.5000 206.40 # CA -CT2 -HA 11 12 15 109.0000 184.00 # CA -CT2 -NH2 13 12 14 109.0000 148.60 # HA -CT2 -HA 13 12 15 109.5000 159.10 # HA -CT2 -NH2 14 12 15 109.5000 159.10 # HA -CT2 -NH2 12 15 16 111.0000 209.30 # CT2 -NH2 -HC 12 15 17 111.0000 209.30 # CT2 -NH2 -HC 16 15 17 120.0000 104.70 # HC -NH2 -HC # Number of torsions 36 2 1 3 4 180.000 10.000 2 #HP -CA -CA -HP 2 1 3 5 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CA 11 1 3 4 180.000 17.600 2 #CA -CA -CA -HP 11 1 3 5 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CA 1 3 5 6 180.000 17.600 2 #CA -CA -CA -HP 1 3 5 7 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CA 4 3 5 6 180.000 10.000 2 #HP -CA -CA -HP 4 3 5 7 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CA 3 5 7 8 180.000 17.600 2 #CA -CA -CA -HP 3 5 7 9 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CA 6 5 7 8 180.000 10.000 2 #HP -CA -CA -HP 6 5 7 9 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CA 5 7 9 10 180.000 17.600 2 #CA -CA -CA -HP 5 7 9 11 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CA 8 7 9 10 180.000 10.000 2 #HP -CA -CA -HP 8 7 9 11 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CA 7 9 11 1 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CA 7 9 11 12 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CT2 10 9 11 1 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CA 10 9 11 12 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CT2 2 1 11 9 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CA 2 1 11 12 180.000 17.600 2 #HP -CA -CA -CT2 3 1 11 9 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CA 3 1 11 12 180.000 13.000 2 #CA -CA -CA -CT2 9 11 12 13 0.000 0.000 0 #CA -CA -CT2 -HA 9 11 12 14 0.000 0.000 0 #CA -CA -CT2 -HA 9 11 12 15 0.000 0.000 0 #CA -CA -CT2 -NH2 1 11 12 13 0.000 0.000 0 #CA -CA -CT2 -HA 1 11 12 14 0.000 0.000 0 #CA -CA -CT2 -HA 1 11 12 15 0.000 0.000 0 #CA -CA -CT2 -NH2 11 12 15 16 0.000 0.419 3 #CA -CT2 -NH2 -HC 11 12 15 17 0.000 0.419 3 #CA -CT2 -NH2 -HC 13 12 15 16 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH2 -HC 13 12 15 17 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH2 -HC 14 12 15 16 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH2 -HC 14 12 15 17 0.000 0.419 3 #HA -CT2 -NH2 -HC # Special 1-4 interactions special 1# I Sig14 Eps14 12 3.3854 0.0418⌨️ 快捷键说明
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