sm_blosum62.c

ncbi源码

/*
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 * PRODUCTION $Log: sm_blosum62.c,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 16:04:09  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.1
 * PRODUCTION
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 */

/*  $Id: sm_blosum62.c,v 1000.0 2003/10/29 16:04:09 gouriano Exp $
* ===========================================================================
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*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
*               National Center for Biotechnology Information
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*
*  Please cite the author in any work or product based on this material.
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* Author:  Aaron Ucko (via ./convert_scoremat.pl)
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* File Description:
*   Protein alignment score matrices; shared between the two toolkits.
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*/

#include <util/tables/raw_scoremat.h>

/* Matrix made by matblas from blosum62.iij */
/* * column uses minimum score */
/* BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units */
/* Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat */
/* Cluster Percentage: >= 62 */
/* Entropy =   0.6979, Expected =  -0.5209 */

static const TNCBIScore s_Blosum62PSM[24][24] = {
    /*       A,  R,  N,  D,  C,  Q,  E,  G,  H,  I,  L,  K,
             M,  F,  P,  S,  T,  W,  Y,  V,  B,  Z,  X,  * */
    /*A*/ {  4, -1, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -2, -1, -1, -1,
            -1, -2, -1,  1,  0, -3, -2,  0, -2, -1,  0, -4 },
    /*R*/ { -1,  5,  0, -2, -3,  1,  0, -2,  0, -3, -2,  2,
            -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2, -3, -1,  0, -1, -4 },
    /*N*/ { -2,  0,  6,  1, -3,  0,  0,  0,  1, -3, -3,  0,
            -2, -3, -2,  1,  0, -4, -2, -3,  3,  0, -1, -4 },
    /*D*/ { -2, -2,  1,  6, -3,  0,  2, -1, -1, -3, -4, -1,
            -3, -3, -1,  0, -1, -4, -3, -3,  4,  1, -1, -4 },
    /*C*/ {  0, -3, -3, -3,  9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3,
            -1, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4 },
    /*Q*/ { -1,  1,  0,  0, -3,  5,  2, -2,  0, -3, -2,  1,
             0, -3, -1,  0, -1, -2, -1, -2,  0,  3, -1, -4 },
    /*E*/ { -1,  0,  0,  2, -4,  2,  5, -2,  0, -3, -3,  1,
            -2, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1,  4, -1, -4 },
    /*G*/ {  0, -2,  0, -1, -3, -2, -2,  6, -2, -4, -4, -2,
            -3, -3, -2,  0, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -1, -4 },
    /*H*/ { -2,  0,  1, -1, -3,  0,  0, -2,  8, -3, -3, -1,
            -2, -1, -2, -1, -2, -2,  2, -3,  0,  0, -1, -4 },
    /*I*/ { -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3,  4,  2, -3,
             1,  0, -3, -2, -1, -3, -1,  3, -3, -3, -1, -4 },
    /*L*/ { -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3,  2,  4, -2,
             2,  0, -3, -2, -1, -2, -1,  1, -4, -3, -1, -4 },
    /*K*/ { -1,  2,  0, -1, -3,  1,  1, -2, -1, -3, -2,  5,
            -1, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  0,  1, -1, -4 },
    /*M*/ { -1, -1, -2, -3, -1,  0, -2, -3, -2,  1,  2, -1,
             5,  0, -2, -1, -1, -1, -1,  1, -3, -1, -1, -4 },
    /*F*/ { -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1,  0,  0, -3,
             0,  6, -4, -2, -2,  1,  3, -1, -3, -3, -1, -4 },
    /*P*/ { -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1,
            -2, -4,  7, -1, -1, -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4 },
    /*S*/ {  1, -1,  1,  0, -1,  0,  0,  0, -1, -2, -2,  0,
            -1, -2, -1,  4,  1, -3, -2, -2,  0,  0,  0, -4 },
    /*T*/ {  0, -1,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1,
            -1, -2, -1,  1,  5, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -4 },
    /*W*/ { -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3,
            -1,  1, -4, -3, -2, 11,  2, -3, -4, -3, -2, -4 },
    /*Y*/ { -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3,  2, -1, -1, -2,
            -1,  3, -3, -2, -2,  2,  7, -1, -3, -2, -1, -4 },
    /*V*/ {  0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3,  3,  1, -2,
             1, -1, -2, -2,  0, -3, -1,  4, -3, -2, -1, -4 },
    /*B*/ { -2, -1,  3,  4, -3,  0,  1, -1,  0, -3, -4,  0,
            -3, -3, -2,  0, -1, -4, -3, -3,  4,  1, -1, -4 },
    /*Z*/ { -1,  0,  0,  1, -3,  3,  4, -2,  0, -3, -3,  1,
            -1, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1,  4, -1, -4 },
    /*X*/ {  0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
            -1, -1, -2,  0,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4 },
    /***/ { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
            -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,  1 }
};
const SNCBIPackedScoreMatrix NCBISM_Blosum62 = {
    "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*",
    s_Blosum62PSM[0],
    -4
};