sm_pam70.c

ncbi源码

/*
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 * PRODUCTION $Log: sm_pam70.c,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 16:04:34  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.1
 * PRODUCTION
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 */

/*  $Id: sm_pam70.c,v 1000.0 2003/10/29 16:04:34 gouriano Exp $
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*               National Center for Biotechnology Information
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* Author:  Aaron Ucko (via ./convert_scoremat.pl)
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* File Description:
*   Protein alignment score matrices; shared between the two toolkits.
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*/

#include <util/tables/raw_scoremat.h>

/* This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] */
/* PAM 70 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 */
/* Expected score = -2.77, Entropy = 1.60 bits */
/* Lowest score = -11, Highest score = 13 */

static const TNCBIScore s_Pam70PSM[24][24] = {
    /*       A,  R,  N,  D,  C,  Q,  E,  G,  H,  I,  L,  K,
             M,  F,  P,  S,  T,  W,  Y,  V,  B,  Z,  X,  * */
    /*A*/ {  5, -4, -2, -1, -4, -2, -1,  0, -4, -2, -4, -4,
            -3, -6,  0,  1,  1, -9, -5, -1, -1, -1, -2,-11 },
    /*R*/ { -4,  8, -3, -6, -5,  0, -5, -6,  0, -3, -6,  2,
            -2, -7, -2, -1, -4,  0, -7, -5, -4, -2, -3,-11 },
    /*N*/ { -2, -3,  6,  3, -7, -1,  0, -1,  1, -3, -5,  0,
            -5, -6, -3,  1,  0, -6, -3, -5,  5, -1, -2,-11 },
    /*D*/ { -1, -6,  3,  6, -9,  0,  3, -1, -1, -5, -8, -2,
            -7,-10, -4, -1, -2,-10, -7, -5,  5,  2, -3,-11 },
    /*C*/ { -4, -5, -7, -9,  9, -9, -9, -6, -5, -4,-10, -9,
            -9, -8, -5, -1, -5,-11, -2, -4, -8, -9, -6,-11 },
    /*Q*/ { -2,  0, -1,  0, -9,  7,  2, -4,  2, -5, -3, -1,
            -2, -9, -1, -3, -3, -8, -8, -4, -1,  5, -2,-11 },
    /*E*/ { -1, -5,  0,  3, -9,  2,  6, -2, -2, -4, -6, -2,
            -4, -9, -3, -2, -3,-11, -6, -4,  2,  5, -3,-11 },
    /*G*/ {  0, -6, -1, -1, -6, -4, -2,  6, -6, -6, -7, -5,
            -6, -7, -3,  0, -3,-10, -9, -3, -1, -3, -3,-11 },
    /*H*/ { -4,  0,  1, -1, -5,  2, -2, -6,  8, -6, -4, -3,
            -6, -4, -2, -3, -4, -5, -1, -4,  0,  1, -3,-11 },
    /*I*/ { -2, -3, -3, -5, -4, -5, -4, -6, -6,  7,  1, -4,
             1,  0, -5, -4, -1, -9, -4,  3, -4, -4, -3,-11 },
    /*L*/ { -4, -6, -5, -8,-10, -3, -6, -7, -4,  1,  6, -5,
             2, -1, -5, -6, -4, -4, -4,  0, -6, -4, -4,-11 },
    /*K*/ { -4,  2,  0, -2, -9, -1, -2, -5, -3, -4, -5,  6,
             0, -9, -4, -2, -1, -7, -7, -6, -1, -2, -3,-11 },
    /*M*/ { -3, -2, -5, -7, -9, -2, -4, -6, -6,  1,  2,  0,
            10, -2, -5, -3, -2, -8, -7,  0, -6, -3, -3,-11 },
    /*F*/ { -6, -7, -6,-10, -8, -9, -9, -7, -4,  0, -1, -9,
            -2,  8, -7, -4, -6, -2,  4, -5, -7, -9, -5,-11 },
    /*P*/ {  0, -2, -3, -4, -5, -1, -3, -3, -2, -5, -5, -4,
            -5, -7,  7,  0, -2, -9, -9, -3, -4, -2, -3,-11 },
    /*S*/ {  1, -1,  1, -1, -1, -3, -2,  0, -3, -4, -6, -2,
            -3, -4,  0,  5,  2, -3, -5, -3,  0, -2, -1,-11 },
    /*T*/ {  1, -4,  0, -2, -5, -3, -3, -3, -4, -1, -4, -1,
            -2, -6, -2,  2,  6, -8, -4, -1, -1, -3, -2,-11 },
    /*W*/ { -9,  0, -6,-10,-11, -8,-11,-10, -5, -9, -4, -7,
            -8, -2, -9, -3, -8, 13, -3,-10, -7,-10, -7,-11 },
    /*Y*/ { -5, -7, -3, -7, -2, -8, -6, -9, -1, -4, -4, -7,
            -7,  4, -9, -5, -4, -3,  9, -5, -4, -7, -5,-11 },
    /*V*/ { -1, -5, -5, -5, -4, -4, -4, -3, -4,  3,  0, -6,
             0, -5, -3, -3, -1,-10, -5,  6, -5, -4, -2,-11 },
    /*B*/ { -1, -4,  5,  5, -8, -1,  2, -1,  0, -4, -6, -1,
            -6, -7, -4,  0, -1, -7, -4, -5,  5,  1, -2,-11 },
    /*Z*/ { -1, -2, -1,  2, -9,  5,  5, -3,  1, -4, -4, -2,
            -3, -9, -2, -2, -3,-10, -7, -4,  1,  5, -3,-11 },
    /*X*/ { -2, -3, -2, -3, -6, -2, -3, -3, -3, -3, -4, -3,
            -3, -5, -3, -1, -2, -7, -5, -2, -2, -3, -3,-11 },
    /***/ {-11,-11,-11,-11,-11,-11,-11,-11,-11,-11,-11,-11,
           -11,-11,-11,-11,-11,-11,-11,-11,-11,-11,-11,  1 }
};
const SNCBIPackedScoreMatrix NCBISM_Pam70 = {
    "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*",
    s_Pam70PSM[0],
    -11
};